119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2911 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2911  hypothetical protein  100 
 
 
162 aa  338  2.9999999999999998e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121231  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2808  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  86.42 
 
 
162 aa  297  4e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3157  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  86.42 
 
 
162 aa  297  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000990307 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1037  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  63.35 
 
 
161 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.102528  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5493  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  63.06 
 
 
157 aa  214  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.317787  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0038  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  63.35 
 
 
210 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0018  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  63.35 
 
 
161 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.187871  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0394  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  63.35 
 
 
161 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1535  YbaK  63.35 
 
 
161 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.101769  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1448  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  63.35 
 
 
161 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1189  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  63.35 
 
 
161 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.31432  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1369  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  61.49 
 
 
161 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.388098  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1541  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  60.49 
 
 
162 aa  209  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.699288 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3187  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  61.78 
 
 
157 aa  207  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5009  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  61.25 
 
 
161 aa  206  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.483603  normal  0.195058 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6360  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  59.88 
 
 
162 aa  205  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.444519  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1719  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  59.88 
 
 
162 aa  205  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1733  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  59.88 
 
 
162 aa  205  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.285708 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1641  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  59.38 
 
 
162 aa  204  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0015255  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1640  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  59.38 
 
 
162 aa  204  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.850648 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5840  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  60 
 
 
161 aa  203  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5904  hypothetical protein  55.41 
 
 
157 aa  187  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.515734 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5372  hypothetical protein  51.92 
 
 
162 aa  165  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000389201  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0089  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.45 
 
 
156 aa  150  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4739  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  50.33 
 
 
159 aa  140  6e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.708243 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4731  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.45 
 
 
167 aa  135  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0225  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.37 
 
 
152 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2992  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.56 
 
 
155 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1121  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.51 
 
 
156 aa  132  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3112  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.21 
 
 
156 aa  130  6.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0222  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.71 
 
 
152 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0168  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.71 
 
 
153 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0269  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.38 
 
 
152 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0256  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.97 
 
 
159 aa  128  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00658602 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0201  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.05 
 
 
163 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387657  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3384  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.26 
 
 
156 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195094  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1354  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.85 
 
 
156 aa  123  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.154586  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3402  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.94 
 
 
159 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0707  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.58 
 
 
159 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1260  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.67 
 
 
159 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0160426 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1849  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.58 
 
 
173 aa  106  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000316279  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0677  YbaK-like protein  35.42 
 
 
162 aa  102  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.289419  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0986  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.91 
 
 
159 aa  102  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.015482  normal  0.28852 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1361  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.94 
 
 
159 aa  98.2  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.153741  hitchhiker  0.000577706 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1756  hypothetical protein  38.76 
 
 
152 aa  97.8  6e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4653  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  33.96 
 
 
159 aa  97.1  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321898  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2082  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.69 
 
 
154 aa  95.5  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.184179  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2156  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35 
 
 
154 aa  95.1  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.284719  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1215  hypothetical protein  35 
 
 
151 aa  94  8e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1758  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.57 
 
 
154 aa  92.4  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1914  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.38 
 
 
154 aa  91.7  4e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1209  hypothetical protein  34.29 
 
 
151 aa  90.5  8e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2116  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.48 
 
 
153 aa  90.5  8e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0022261  decreased coverage  0.00203199 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1929  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.38 
 
 
170 aa  90.1  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0303  hypothetical protein  36.43 
 
 
161 aa  89.4  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000014956  unclonable  0.000000628456 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000268  hypothetical protein  36.13 
 
 
159 aa  89.4  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.09 
 
 
156 aa  88.2  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3621  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.37 
 
 
199 aa  87  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2657  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.25 
 
 
169 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.941629  normal  0.15794 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2070  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.82 
 
 
163 aa  82.8  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0237486  normal  0.038928 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3691  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.08 
 
 
173 aa  81.6  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1791  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.66 
 
 
163 aa  80.9  0.000000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2839  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.88 
 
 
156 aa  76.6  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.604466  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3064  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.43 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.39899 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0795  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  27.86 
 
 
156 aa  72  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.630497  hitchhiker  0.00199357 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0933  hypothetical cytosolic protein  27.46 
 
 
151 aa  71.2  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0757  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.58 
 
 
156 aa  70.5  0.000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.447705  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1810  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.8 
 
 
155 aa  67.4  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.0063966  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1734  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.8 
 
 
155 aa  67.4  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0465271  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2147  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32 
 
 
155 aa  67  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0310098  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2233  putative signal transduction protein  28.3 
 
 
456 aa  62.8  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0804  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.17 
 
 
156 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.299415  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0808  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  28.17 
 
 
156 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.171786  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6123  hypothetical protein  27.41 
 
 
469 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70580  hypothetical protein  27.27 
 
 
469 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1237  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30 
 
 
160 aa  52.4  0.000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1005  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.17 
 
 
158 aa  52  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09630  ybaK/ebsC protein  27.36 
 
 
161 aa  49.7  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443287  hitchhiker  0.00251062 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4879  ybaK/ebsC protein  24.67 
 
 
162 aa  49.3  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.262878  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5859  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  26.17 
 
 
173 aa  48.9  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284913  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48460  signal transduction protein  29.91 
 
 
373 aa  48.5  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4341  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  27.7 
 
 
173 aa  48.5  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4234  ybaK/ebsC protein  27.87 
 
 
160 aa  48.1  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.253359  normal  0.089415 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3920  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  26.17 
 
 
174 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3880  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  27.03 
 
 
176 aa  48.1  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.745877  normal  0.0848334 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4448  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  26.17 
 
 
173 aa  48.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5220  putative signal transduction protein  20.77 
 
 
467 aa  47.8  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.312002  normal  0.743433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5311  putative signal transduction protein  20.77 
 
 
467 aa  47.4  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0528676 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5359  putative signal transduction protein  22.45 
 
 
467 aa  47.4  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.42347 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5754  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  25.66 
 
 
163 aa  47.4  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.036925  hitchhiker  0.00000000000572699 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3402  YbaK/prolyl-tRNA synthetase-like protein  26.03 
 
 
162 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.702018  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1495  hypothetical protein  25.69 
 
 
167 aa  45.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.301949  normal  0.1168 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3090  ybaK/ebsC protein  28.28 
 
 
155 aa  45.1  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00342065  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3720  putative signal transduction protein  20.87 
 
 
464 aa  45.1  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0064  hypothetical protein  22.9 
 
 
465 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3844  ybaK/ebsC protein  26.23 
 
 
160 aa  44.7  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2906  YbaK/EbsC protein  26.79 
 
 
166 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334796  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0200  hypothetical protein  21.37 
 
 
465 aa  43.9  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.41443  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4590  hypothetical protein  25.19 
 
 
156 aa  43.9  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.938781  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2065  ybaK/ebsC protein  26.32 
 
 
154 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>