More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0286 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0286  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
191 aa  389  1e-107  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00181466  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1968  50S ribosomal protein L3  69.79 
 
 
192 aa  280  9e-75  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000162789  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1875  50S ribosomal protein L3  66.49 
 
 
191 aa  272  3e-72  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  unclonable  0.000188213  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2081  50S ribosomal protein L3  66.49 
 
 
191 aa  272  3e-72  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  unclonable  0.00000000000497274  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0001  50S ribosomal protein L3  66.49 
 
 
191 aa  272  3e-72  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  unclonable  0.0000000000000708799  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0034  50S ribosomal protein L3  65.62 
 
 
192 aa  263  2e-69  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000482612  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0059  50S ribosomal protein L3  62.3 
 
 
191 aa  258  3e-68  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  6.39539e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1032  50S ribosomal protein L3  61.98 
 
 
192 aa  254  5e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000312086  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2326  50S ribosomal protein L3  61.46 
 
 
192 aa  250  9.000000000000001e-66  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000428305  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0084  50S ribosomal protein L3  59.69 
 
 
191 aa  243  8e-64  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000000354525  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  40.69 
 
 
205 aa  125  5e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000660439  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  37.44 
 
 
207 aa  120  8e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  37.44 
 
 
207 aa  120  8e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263563  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  37.88 
 
 
213 aa  115  3e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  38.38 
 
 
207 aa  114  7.999999999999999e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000858376  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0489  50S ribosomal protein L3  38.71 
 
 
206 aa  102  3e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.525282  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  36.32 
 
 
210 aa  102  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  37.44 
 
 
210 aa  100  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  41.33 
 
 
207 aa  100  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  32.32 
 
 
206 aa  99.8  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  35.75 
 
 
209 aa  99  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  42.55 
 
 
212 aa  98.6  5e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0304  ribosomal protein L3  33.65 
 
 
211 aa  97.8  7e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.234109  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  36.41 
 
 
212 aa  97.4  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0719  ribosomal protein L3  35.9 
 
 
212 aa  97.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000525785  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  37.5 
 
 
212 aa  97.4  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2619  50S ribosomal protein L3  37.14 
 
 
214 aa  96.7  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0132285  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  34.67 
 
 
214 aa  96.7  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000003338  unclonable  0.000000102958 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  36.87 
 
 
212 aa  95.9  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000509154  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0337  50S ribosomal protein L3  37.06 
 
 
217 aa  95.5  4e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000773756  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  35.82 
 
 
211 aa  95.1  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  34.98 
 
 
214 aa  94.7  6e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0497  50S ribosomal protein L3  33.85 
 
 
210 aa  94.7  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.443535  hitchhiker  0.00000000471094 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  38 
 
 
206 aa  94.7  7e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0327  50S ribosomal protein L3  33.85 
 
 
210 aa  94.7  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.322183  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  34.33 
 
 
213 aa  94.4  8e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  35.23 
 
 
209 aa  94.4  9e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  34.01 
 
 
209 aa  92.8  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000562685  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  33.67 
 
 
210 aa  93.2  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000331463  hitchhiker  0.000000000000331617 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1854  50S ribosomal protein L3  35.53 
 
 
217 aa  93.6  2e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000292484  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  35.26 
 
 
211 aa  92.8  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  35.9 
 
 
209 aa  93.2  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  33.85 
 
 
209 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  33.85 
 
 
209 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  35.03 
 
 
212 aa  92.4  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  33.85 
 
 
209 aa  92.4  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030519  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  33.85 
 
 
209 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  33.85 
 
 
209 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000338592  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  33.85 
 
 
209 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  33.85 
 
 
209 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  33.85 
 
 
209 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  33.85 
 
 
209 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  34.36 
 
 
212 aa  92  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000808775  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0680  50S ribosomal protein L3  38.93 
 
 
209 aa  92.4  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.620206  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  31.41 
 
 
211 aa  91.7  6e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2318  50S ribosomal protein L3  34.47 
 
 
220 aa  91.7  7e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000223614  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0451  50S ribosomal protein L3  30.61 
 
 
205 aa  91.3  7e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000154888  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  33.16 
 
 
209 aa  91.3  7e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  34.54 
 
 
209 aa  91.3  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  33.16 
 
 
209 aa  91.3  8e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0319  50S ribosomal protein L3  34.87 
 
 
212 aa  91.3  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.147880000000001e-24  hitchhiker  0.0000384813 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  35.44 
 
 
209 aa  90.9  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000117498  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0226  ribosomal protein L3  32.64 
 
 
216 aa  90.5  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  34.36 
 
 
209 aa  90.9  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  34.38 
 
 
209 aa  90.5  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000354089  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  34.69 
 
 
209 aa  90.9  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  36.16 
 
 
210 aa  90.5  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  36.18 
 
 
209 aa  89.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3328  50S ribosomal protein L3  31.98 
 
 
211 aa  89.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000332976 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  35.05 
 
 
211 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2324  ribosomal protein L3  32.32 
 
 
215 aa  89.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000235705  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_417  ribosomal protein L3  30.1 
 
 
205 aa  90.1  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000036263  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  33.16 
 
 
209 aa  90.1  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3338  50S ribosomal protein L3  35.2 
 
 
212 aa  89.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000254045  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0474  50S ribosomal protein L3  30.1 
 
 
205 aa  89.4  3e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00148542  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  33.17 
 
 
210 aa  89.4  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  35.05 
 
 
211 aa  89  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3636  50S ribosomal protein L3  32.82 
 
 
209 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145749  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0494  50S ribosomal protein L3  34.67 
 
 
215 aa  89.4  3e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000368377  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3636  50S ribosomal protein L3  32.82 
 
 
209 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000330914  normal  0.241535 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3744  50S ribosomal protein L3  32.82 
 
 
209 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00311101  normal  0.0177476 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3709  50S ribosomal protein L3  32.82 
 
 
209 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000323926  normal  0.640658 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0933  50S ribosomal protein L3  32.14 
 
 
211 aa  89.4  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00137042  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3807  50S ribosomal protein L3  32.82 
 
 
209 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000142393  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0433  50S ribosomal protein L3  34.67 
 
 
210 aa  89  4e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000241052  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  35.05 
 
 
211 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  34.87 
 
 
218 aa  89  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  34.03 
 
 
209 aa  89  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1831  50S ribosomal protein L3  35 
 
 
220 aa  88.2  6e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000207996  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1678  50S ribosomal protein L3  35.03 
 
 
242 aa  88.6  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0571094  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  32.65 
 
 
214 aa  88.2  7e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  34.52 
 
 
211 aa  87.8  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  34.52 
 
 
211 aa  87.8  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  34.52 
 
 
211 aa  87.8  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  34.38 
 
 
209 aa  87.8  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  34.38 
 
 
209 aa  87.8  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  34.38 
 
 
209 aa  87.8  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04521  50S ribosomal protein L3  34.02 
 
 
207 aa  87.8  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000554969  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  34.98 
 
 
216 aa  87  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  33.98 
 
 
217 aa  87  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10406 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>