More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_417 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_417  ribosomal protein L3  100 
 
 
205 aa  414  9.999999999999999e-116  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000036263  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0474  50S ribosomal protein L3  99.51 
 
 
205 aa  411  1e-114  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00148542  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0451  50S ribosomal protein L3  97.07 
 
 
205 aa  402  1e-111  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000154888  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  55.77 
 
 
212 aa  241  3.9999999999999997e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  54.11 
 
 
210 aa  229  2e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  53.17 
 
 
210 aa  224  5.0000000000000005e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0715  ribosomal protein L3  51.49 
 
 
204 aa  224  7e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  51.71 
 
 
210 aa  222  2e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000729954 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
211 aa  209  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
210 aa  209  3e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
211 aa  208  5e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17491  50S ribosomal protein L3  53.66 
 
 
217 aa  208  5e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 
209 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17651  50S ribosomal protein L3  53.17 
 
 
217 aa  206  2e-52  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.884364  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1650  50S ribosomal protein L3  53.17 
 
 
217 aa  206  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0397  50S ribosomal protein L3  53.66 
 
 
205 aa  205  3e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  48.28 
 
 
209 aa  203  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000117498  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 
210 aa  203  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  52.15 
 
 
210 aa  203  2e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17401  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 
217 aa  202  3e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3328  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
211 aa  201  5e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000332976 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1955  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 
218 aa  201  6e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  47.32 
 
 
206 aa  201  7e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0933  50S ribosomal protein L3  48.79 
 
 
211 aa  200  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00137042  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  47.85 
 
 
210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000331463  hitchhiker  0.000000000000331617 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  48.33 
 
 
209 aa  199  3e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3012  50S ribosomal protein L3  48.86 
 
 
227 aa  199  3e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00913494 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  45.67 
 
 
222 aa  199  3e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  48.33 
 
 
209 aa  198  3.9999999999999996e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  46.89 
 
 
210 aa  198  3.9999999999999996e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  45.85 
 
 
206 aa  198  5e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
207 aa  197  6e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0376  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
218 aa  197  7e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0079  50S ribosomal protein L3  46.8 
 
 
209 aa  197  9e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.145283 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  47.34 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05715  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
205 aa  195  3e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.499117  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16781  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 
219 aa  196  3e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  47.06 
 
 
218 aa  196  3e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0215  50S ribosomal protein L3  48.33 
 
 
209 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000370606  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  47.78 
 
 
219 aa  193  1e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  48.54 
 
 
212 aa  192  3e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0680  50S ribosomal protein L3  48.99 
 
 
209 aa  192  3e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.620206  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0289  50S ribosomal protein L3  46.38 
 
 
209 aa  192  4e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  47.37 
 
 
211 aa  191  6e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20031  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 
218 aa  191  7e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1129  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 
218 aa  190  1e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1147  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
205 aa  190  1e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000530687  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  48.74 
 
 
207 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0962  ribosomal protein L3  48.78 
 
 
206 aa  189  2.9999999999999997e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000608869  hitchhiker  0.0000000000269964 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0691  50S ribosomal protein L3  49.06 
 
 
211 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208666  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0180  50S ribosomal protein L3  47.76 
 
 
209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00021825  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  46.53 
 
 
209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000562685  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  48.74 
 
 
207 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263563  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0602  ribosomal protein L3  46.7 
 
 
205 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  49.25 
 
 
205 aa  188  4e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000660439  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  46.89 
 
 
210 aa  188  5e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23021  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 
218 aa  187  5.999999999999999e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  45.97 
 
 
212 aa  188  5.999999999999999e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  48.24 
 
 
217 aa  187  1e-46  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  45.32 
 
 
216 aa  187  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  44.83 
 
 
209 aa  187  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837732  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  47.6 
 
 
212 aa  186  2e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000233446  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  45.93 
 
 
215 aa  186  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  45.37 
 
 
214 aa  186  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  45.19 
 
 
209 aa  186  3e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  44.55 
 
 
214 aa  185  4e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2229  50S ribosomal protein L3  45.27 
 
 
209 aa  184  6e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000790762  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1938  50S ribosomal protein L3  45.75 
 
 
205 aa  184  7e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  44.19 
 
 
211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0497  50S ribosomal protein L3  44.88 
 
 
210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.443535  hitchhiker  0.00000000471094 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  45.1 
 
 
218 aa  183  1.0000000000000001e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0252  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
212 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  45.15 
 
 
208 aa  183  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0249  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
212 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.587373  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  44.19 
 
 
211 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0327  50S ribosomal protein L3  44.88 
 
 
210 aa  183  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.322183  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  42.79 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  47.03 
 
 
209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  46.89 
 
 
211 aa  182  3e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  45.77 
 
 
207 aa  182  3e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000858376  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2559  50S ribosomal protein L3  47.37 
 
 
211 aa  182  3e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.101168  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  45.1 
 
 
216 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1226  50S ribosomal protein L3  44.95 
 
 
244 aa  181  5.0000000000000004e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0600156  unclonable  0.00000985108 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2064  50S ribosomal protein L3  45.71 
 
 
209 aa  181  6e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000717701  normal  0.401636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1615  ribosomal protein L3  46.23 
 
 
205 aa  181  8.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  43.63 
 
 
216 aa  181  8.000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  41.38 
 
 
210 aa  181  9.000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  45.15 
 
 
227 aa  181  9.000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  43.6 
 
 
212 aa  181  9.000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  45.02 
 
 
212 aa  180  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0719  ribosomal protein L3  45.02 
 
 
212 aa  180  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000525785  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0842  ribosomal protein L3  48.56 
 
 
210 aa  179  2e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3179  50S ribosomal protein L3  44.66 
 
 
216 aa  179  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000128128  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2324  ribosomal protein L3  44.08 
 
 
215 aa  179  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000235705  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  43.75 
 
 
213 aa  179  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0858  ribosomal protein L3  43.26 
 
 
216 aa  179  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.451508  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2232  50S ribosomal protein L3  46.08 
 
 
213 aa  178  4e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.422626 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  46.04 
 
 
209 aa  178  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  45.15 
 
 
218 aa  178  4e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  43 
 
 
209 aa  178  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>