245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1794 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.64 
 
 
509 aa  677    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.841093  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
510 aa  1024    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134566  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.4 
 
 
501 aa  754    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.213097  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2345  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.92 
 
 
504 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3311  putative phosphonate ABC transporter, permease protein  57 
 
 
503 aa  555  1e-157  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.251777  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.69 
 
 
505 aa  551  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1768  ABC transporter complex for phosphonate inner membrane binding subunit  57.64 
 
 
496 aa  545  1e-154  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0117243  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1545  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.8 
 
 
499 aa  534  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.440289  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.76 
 
 
496 aa  521  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.65 
 
 
506 aa  372  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.539581  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.58 
 
 
488 aa  370  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0381583  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
539 aa  343  4e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.687292  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
543 aa  316  7e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1824  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  27.72 
 
 
518 aa  128  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.147268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3336  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.65 
 
 
521 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.45187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
282 aa  99.4  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000186214 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2057  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.41 
 
 
279 aa  99.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0800707  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1617  phosphonate ABC transporter permease  34.21 
 
 
284 aa  99  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.36633  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0456  ABC phosphonate transporter, fused inner membrane subunits  26.46 
 
 
576 aa  97.4  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2238  phosphonate ABC transporter permease  34.84 
 
 
281 aa  97.1  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
523 aa  93.6  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0485  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.05 
 
 
576 aa  93.6  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0490  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.03 
 
 
576 aa  93.2  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1689  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  31.34 
 
 
523 aa  93.2  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.365245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.28 
 
 
275 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141056  normal  0.676785 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2409  phosphonates ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 
271 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2596  phosphonates ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 
271 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1187  phosphonates ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 
271 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0326  phosphonates ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 
271 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0103  ABC-type phosphate/phosphonate transport system permease component  27.04 
 
 
516 aa  84  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3348  phosphonates ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 
271 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3336  phosphonate ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 
271 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3302  phosphonate ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 
271 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314465  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  23.08 
 
 
511 aa  83.6  0.000000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00115761  normal  0.0544773 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.37 
 
 
277 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.482347 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3857  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.37 
 
 
277 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0826  phosphate ABC transporter, permease protein, putative  34.82 
 
 
275 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107681  normal  0.0222039 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2432  phosphonate ABC transporter permease  34.82 
 
 
275 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.0603094 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19770  phosphonate ABC transporter, permease component  34.21 
 
 
276 aa  82  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0593864  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3199  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.71 
 
 
275 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0131264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21150  ABC transporter permease  35.71 
 
 
277 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.454841  normal  0.839555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1804  ABC transporter permease  35.71 
 
 
277 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
275 aa  80.5  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0852  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.82 
 
 
431 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14291  putative phosphonate ABC transporter  28.16 
 
 
521 aa  80.1  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2888  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.64 
 
 
263 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.117638  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1418  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.78 
 
 
266 aa  78.6  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2966  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.4 
 
 
266 aa  78.2  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.93 
 
 
275 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0773426  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0789  phosphonate ABC transporter, permease protein, putative  35.09 
 
 
275 aa  77  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3390  phosphonate ABC transporter, permease  27.59 
 
 
264 aa  77  0.0000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0936447  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3473  phosphonate ABC transporter permease  27.59 
 
 
264 aa  76.6  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.410084  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3702  phosphonate ABC transporter, permease protein  27.59 
 
 
264 aa  76.6  0.0000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000191718 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3748  phosphonate ABC transporter permease  27.59 
 
 
264 aa  76.6  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1522  phosphonate ABC transporter, permease protein  27.59 
 
 
264 aa  76.6  0.0000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0252842  normal  0.0146163 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2914  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.14 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.263053  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4522  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.92 
 
 
280 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2783  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.5 
 
 
556 aa  76.3  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3439  phosphonate ABC transporter, permease  27.09 
 
 
264 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
535 aa  75.9  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3744  phosphonate ABC transporter, permease protein  27.59 
 
 
264 aa  75.1  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5616  phosphonate ABC transporter, permease protein  27.84 
 
 
259 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03975  phosphonate/organophosphate ester transporter  27.84 
 
 
272 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4657  phosphonate ABC transporter, permease protein  27.84 
 
 
259 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07841  putative phosphonate ABC transporter  26.28 
 
 
510 aa  74.3  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00360834 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3923  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.84 
 
 
259 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4569  phosphonate ABC transporter, permease protein  27.84 
 
 
259 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4344  phosphonate ABC transporter, permease protein  27.84 
 
 
259 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0261  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.44 
 
 
271 aa  73.9  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0745614 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3257  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.69 
 
 
272 aa  73.6  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.814913  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4605  phosphonate ABC transporter, permease protein  27.75 
 
 
259 aa  73.6  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0837  ABC phosphonate transporter, inner membrane subunit PhnE  26.92 
 
 
280 aa  73.6  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0879001 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6089  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.63 
 
 
270 aa  72.8  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2993  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  26.38 
 
 
266 aa  72.8  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.388647 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3020  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  25.73 
 
 
570 aa  73.2  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3371  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.59 
 
 
264 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0022523  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2674  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.38 
 
 
266 aa  72.8  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0827  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  30.06 
 
 
255 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0220667 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3721  phosphonate ABC transporter, permease protein  26.6 
 
 
264 aa  72.4  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.254444  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4621  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  29.82 
 
 
280 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.438003 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3793  phosphonate ABC transporter, permease protein  26.6 
 
 
264 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.893389  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3945  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  23.66 
 
 
294 aa  72.8  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.351226  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0868  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.64 
 
 
255 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0853  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.06 
 
 
255 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2675  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.68 
 
 
297 aa  71.6  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0563966 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2338  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  23.74 
 
 
265 aa  71.6  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000033517  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0307  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.7 
 
 
259 aa  72  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.685305  normal  0.115805 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl571  phosphonate ABC transporter permease component  29.59 
 
 
871 aa  71.2  0.00000000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.720919  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2011  putative ABC transporter inner membrane component  26.4 
 
 
270 aa  70.5  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.050434  normal  0.0106691 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0827  alkylphosphonate ABC transporter, permease protein  28.06 
 
 
911 aa  70.1  0.00000000009  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0384777  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0127  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  24.4 
 
 
266 aa  69.3  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20330  phosphonate ABC tranporter permease protein  28.11 
 
 
264 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.293398  normal  0.582568 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0132  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  24.4 
 
 
266 aa  69.3  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.734689  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1747  phosphonate ABC transporter permease PhnE  28.11 
 
 
264 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.415612  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1322  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.63 
 
 
533 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.497345  normal  0.731542 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3720  phosphonate ABC transporter, permease protein  28.26 
 
 
267 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0181873  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4577  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.17 
 
 
271 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3472  phosphonate ABC transporter permease  28.66 
 
 
267 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.153404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3438  phosphonate ABC transporter, permease  28.66 
 
 
267 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.573649  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3701  phosphonate ABC transporter, permease protein  28.66 
 
 
267 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000177586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>