269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1617 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1617  phosphonate ABC transporter permease  100 
 
 
284 aa  553  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.36633  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2057  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.74 
 
 
279 aa  407  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0800707  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2238  phosphonate ABC transporter permease  76.36 
 
 
281 aa  368  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.89 
 
 
282 aa  356  2.9999999999999997e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000186214 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.97 
 
 
275 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141056  normal  0.676785 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1824  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  55.19 
 
 
518 aa  262  4e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.147268 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19770  phosphonate ABC transporter, permease component  57.97 
 
 
276 aa  254  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0593864  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58 
 
 
275 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.65 
 
 
523 aa  251  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3199  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  58.21 
 
 
275 aa  250  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0131264 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1689  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  53.9 
 
 
523 aa  249  4e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.365245 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3336  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  53.73 
 
 
521 aa  246  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.45187 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2432  phosphonate ABC transporter permease  56.98 
 
 
275 aa  230  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.0603094 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0826  phosphate ABC transporter, permease protein, putative  59.91 
 
 
275 aa  228  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107681  normal  0.0222039 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.14 
 
 
275 aa  224  9e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0773426  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1804  ABC transporter permease  56.88 
 
 
277 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0852  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  59.91 
 
 
431 aa  222  4e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0789  phosphonate ABC transporter, permease protein, putative  58.27 
 
 
275 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21150  ABC transporter permease  62.07 
 
 
277 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.454841  normal  0.839555 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3945  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.25 
 
 
294 aa  153  4e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.351226  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0456  ABC phosphonate transporter, fused inner membrane subunits  42.51 
 
 
576 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0485  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  43.15 
 
 
576 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0490  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.91 
 
 
576 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0261  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.6 
 
 
271 aa  142  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0745614 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.32 
 
 
277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.482347 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3857  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.32 
 
 
277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3257  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.01 
 
 
272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.814913  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1280  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.24 
 
 
276 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.61484  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3991  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.24 
 
 
276 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608155  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3240  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.24 
 
 
276 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655899  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1803  phosphonate ABC transporter permease PhnE  38.46 
 
 
256 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0868  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.45 
 
 
255 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1418  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.86 
 
 
266 aa  122  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21140  ABC transporter permease  39.09 
 
 
256 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0807284  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2875  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.58 
 
 
293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0423  ABC type permease  36.68 
 
 
261 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.436548  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0459  ABC type permease  36.68 
 
 
261 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.110388  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1342  phosphonate ABC transporter permease  35 
 
 
293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0476359 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2431  phosphonate ABC transporter permease  41.61 
 
 
255 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0629355  normal  0.0565288 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2796  phosphonate ABC transporter, permease protein  34.58 
 
 
293 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2680  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.41 
 
 
298 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000232167  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6356  phosphonate ABC transporter, permease protein  34.86 
 
 
298 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.690717  normal  0.762824 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2966  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.38 
 
 
266 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2914  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.48 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.263053  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0788  phosphonate ABC transporter, permease protein, putative  42.66 
 
 
255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1413  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.82 
 
 
299 aa  119  7e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0853  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.09 
 
 
255 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0827  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  34.58 
 
 
255 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0220667 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2409  phosphonates ABC transporter, permease protein  35 
 
 
271 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0692  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.96 
 
 
255 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.056532  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2674  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.38 
 
 
266 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2596  phosphonates ABC transporter, permease protein  35 
 
 
271 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0326  phosphonates ABC transporter, permease protein  35 
 
 
271 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1187  phosphonates ABC transporter, permease protein  35 
 
 
271 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2993  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  38.38 
 
 
266 aa  117  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.388647 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2012  putative ABC transporter inner membrane component  32.87 
 
 
271 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.100736  decreased coverage  0.00339933 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3200  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.36 
 
 
253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0198653 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2888  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.94 
 
 
263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.117638  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4605  phosphonate ABC transporter, permease protein  32.92 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3473  phosphonate ABC transporter permease  30.36 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.410084  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3439  phosphonate ABC transporter, permease  30.36 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3390  phosphonate ABC transporter, permease  30.36 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0936447  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3348  phosphonates ABC transporter, permease protein  35 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3336  phosphonate ABC transporter, permease protein  35 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3702  phosphonate ABC transporter, permease protein  30.36 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000191718 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3748  phosphonate ABC transporter permease  30.36 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3302  phosphonate ABC transporter, permease protein  35 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314465  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4621  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.21 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.438003 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2298  ABC phosphonate permease  34.65 
 
 
271 aa  116  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2185  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.44 
 
 
290 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0367  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.74 
 
 
272 aa  117  3e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4569  phosphonate ABC transporter, permease protein  32.08 
 
 
259 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.29 
 
 
543 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0912  phosphate ABC transporter permease  36.14 
 
 
275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.166132  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03975  phosphonate/organophosphate ester transporter  32.5 
 
 
272 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5616  phosphonate ABC transporter, permease protein  32.77 
 
 
259 aa  115  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4344  phosphonate ABC transporter, permease protein  32.5 
 
 
259 aa  115  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3923  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.5 
 
 
259 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4657  phosphonate ABC transporter, permease protein  32.5 
 
 
259 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4577  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.45 
 
 
271 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1720  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.08 
 
 
278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000362895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3721  phosphonate ABC transporter, permease protein  31.94 
 
 
264 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.254444  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3326  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  33.64 
 
 
365 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1522  phosphonate ABC transporter, permease protein  31.48 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0252842  normal  0.0146163 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2345  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.65 
 
 
504 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0307  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.19 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.685305  normal  0.115805 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
539 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.687292  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6089  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.63 
 
 
270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3793  phosphonate ABC transporter, permease protein  31.02 
 
 
264 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.893389  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1322  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  31.8 
 
 
533 aa  113  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.497345  normal  0.731542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6365  phosphonate ABC transporter, permease component  39.17 
 
 
289 aa  113  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19760  phosphonate ABC transporter, permease component  42.86 
 
 
252 aa  113  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.092761  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3744  phosphonate ABC transporter, permease protein  29.91 
 
 
264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3020  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  43.89 
 
 
570 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1925  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  31.02 
 
 
272 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.77597  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3371  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  31.48 
 
 
264 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0022523  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4036  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.69 
 
 
341 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.311979  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0216  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.69 
 
 
341 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20330  phosphonate ABC tranporter permease protein  34.21 
 
 
264 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.293398  normal  0.582568 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3822  phosphonate ABC transporter permease  39.86 
 
 
300 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.571251  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>