More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2012 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2012  putative ABC transporter inner membrane component  100 
 
 
271 aa  524  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.100736  decreased coverage  0.00339933 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3965  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  70.96 
 
 
272 aa  375  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.692533 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1925  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  68.56 
 
 
272 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.77597  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0250  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  66.41 
 
 
277 aa  335  3.9999999999999995e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3262  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  67.31 
 
 
267 aa  319  3e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.616884 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3260  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  67.31 
 
 
271 aa  318  7e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.904694  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3863  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  64.1 
 
 
273 aa  315  7e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3236  phosphonate ABC transporter permease  49.23 
 
 
276 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4577  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  45.04 
 
 
271 aa  206  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0998  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.83 
 
 
265 aa  204  9e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0859  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.7 
 
 
263 aa  203  3e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0148333  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0595  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  43.66 
 
 
264 aa  193  3e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808391 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2369  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  45.95 
 
 
265 aa  189  5e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1233  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  45.35 
 
 
266 aa  188  8e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.702272  normal  0.203861 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3240  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.49 
 
 
276 aa  167  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655899  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3991  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.49 
 
 
276 aa  167  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608155  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1280  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.49 
 
 
276 aa  166  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.61484  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3724  phosphonate ABC transporter permease  44.12 
 
 
265 aa  166  5e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0912  phosphate ABC transporter permease  38.02 
 
 
275 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.166132  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1418  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.74 
 
 
266 aa  155  9e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3257  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.71 
 
 
272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.814913  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3721  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.23 
 
 
264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.254444  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3793  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.67 
 
 
264 aa  152  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.893389  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3371  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.21 
 
 
264 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0022523  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2338  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.76 
 
 
265 aa  151  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000033517  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5875  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.19 
 
 
277 aa  150  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1522  phosphonate ABC transporter, permease protein  37.8 
 
 
264 aa  149  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0252842  normal  0.0146163 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2674  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.09 
 
 
266 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3439  phosphonate ABC transporter, permease  37.33 
 
 
264 aa  150  3e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2993  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  40.09 
 
 
266 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.388647 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2284  phosphonate ABC transporter, permease protein  36.52 
 
 
266 aa  149  4e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0852833  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3744  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.28 
 
 
264 aa  149  5e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0127  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.33 
 
 
266 aa  148  8e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0132  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.33 
 
 
266 aa  148  8e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.734689  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3473  phosphonate ABC transporter permease  37.33 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.410084  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3748  phosphonate ABC transporter permease  37.33 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3702  phosphonate ABC transporter, permease protein  37.33 
 
 
264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000191718 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3390  phosphonate ABC transporter, permease  37.8 
 
 
264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0936447  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1322  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.46 
 
 
533 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.497345  normal  0.731542 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1319  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.61 
 
 
287 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758207  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0873  phosphonate ABC transporter inner membrane subunit  37.82 
 
 
265 aa  144  1e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.122179 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3472  phosphonate ABC transporter permease  39.71 
 
 
267 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.153404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3438  phosphonate ABC transporter, permease  39.71 
 
 
267 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.573649  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3389  phosphonate ABC transporter, permease  39.71 
 
 
267 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00227176  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3370  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.29 
 
 
267 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000747615  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1523  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.71 
 
 
267 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137606  normal  0.0137345 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3747  phosphonate ABC transporter permease  39.71 
 
 
267 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.375049  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3701  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.71 
 
 
267 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000177586 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3743  phosphonate ABC transporter, permease protein  36.11 
 
 
267 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000033324  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0367  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.35 
 
 
272 aa  144  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3792  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.71 
 
 
267 aa  143  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0337  ABC-type phosphate/phosphonate transport system, permease component  39.27 
 
 
269 aa  142  6e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.38 
 
 
511 aa  142  7e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00115761  normal  0.0544773 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3720  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.71 
 
 
267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0181873  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1451  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.51 
 
 
269 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.349089  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2298  ABC phosphonate permease  37.56 
 
 
271 aa  138  8.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0896  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.51 
 
 
295 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.418792  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5855  putative PhnE protein, phosphonate ABC transporter, putative membrane protein  44.28 
 
 
282 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0463216  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2011  putative ABC transporter inner membrane component  39.7 
 
 
270 aa  136  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.050434  normal  0.0106691 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17510  Phosphonate transport systems inner membrane component  34.86 
 
 
269 aa  136  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246448  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2337  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.61 
 
 
268 aa  136  5e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000326587  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.22 
 
 
277 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.482347 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2675  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.81 
 
 
297 aa  134  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0563966 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3857  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.22 
 
 
277 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3380  putative phosphonate transport system permease protein htxC phnE  38.14 
 
 
273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1321  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.74 
 
 
288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1450  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.65 
 
 
273 aa  133  3e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.126194  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2876  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.51 
 
 
286 aa  132  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3326  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 
365 aa  132  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2368  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  43.48 
 
 
277 aa  131  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1343  phosphonate ABC transporter permease  35.51 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0495626 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2797  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0131  ABC-type phosphate/phosphonate transport system, permease component  37.56 
 
 
289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0113761  hitchhiker  0.00000772966 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2057  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
279 aa  129  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0800707  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4995  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.27 
 
 
245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250762  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0459  ABC type permease  37.31 
 
 
261 aa  129  6e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.110388  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0423  ABC type permease  37.31 
 
 
261 aa  129  6e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.436548  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6356  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.54 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.690717  normal  0.762824 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0336  ABC-type phosphate/phosphonate transport system, permease component  36.1 
 
 
270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0132  ABC-type phosphate/phosphonate transport system, permease component  36.61 
 
 
270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.320501  hitchhiker  0.0000582729 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4430  phosphonate ABC transporter permease  37.23 
 
 
293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1320  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.68 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4569  phosphonate ABC transporter, permease protein  31.76 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4151  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.68 
 
 
274 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0307  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  31.37 
 
 
259 aa  126  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.685305  normal  0.115805 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0765  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.19 
 
 
288 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.460298  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4605  phosphonate ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
259 aa  125  8.000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0261  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.15 
 
 
271 aa  125  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0745614 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03975  phosphonate/organophosphate ester transporter  33.33 
 
 
272 aa  125  9e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4344  phosphonate ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
259 aa  125  9e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2287  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.68 
 
 
274 aa  125  9e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3923  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
259 aa  125  9e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4657  phosphonate ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
259 aa  125  9e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4959  phosphonate ABC transporter inner membrane subunit  38.92 
 
 
588 aa  124  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2681  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.47 
 
 
288 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5616  phosphonate ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
259 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0182  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.32 
 
 
542 aa  124  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6089  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.89 
 
 
270 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3235  phosphonate ABC transporter permease  35.57 
 
 
268 aa  123  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2966  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.89 
 
 
266 aa  123  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>