243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2345 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2345  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
504 aa  1003    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.92 
 
 
510 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134566  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.84 
 
 
509 aa  590  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.841093  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.94 
 
 
501 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.213097  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1545  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.29 
 
 
499 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.440289  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.33 
 
 
505 aa  526  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3311  putative phosphonate ABC transporter, permease protein  54.15 
 
 
503 aa  523  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.251777  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1768  ABC transporter complex for phosphonate inner membrane binding subunit  58.44 
 
 
496 aa  513  1e-144  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0117243  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.99 
 
 
496 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
488 aa  395  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0381583  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.84 
 
 
506 aa  389  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.539581  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
539 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.687292  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.71 
 
 
543 aa  330  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3336  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.26 
 
 
521 aa  136  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.45187 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.91 
 
 
523 aa  125  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1689  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  29.69 
 
 
523 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.365245 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1824  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  28.67 
 
 
518 aa  119  9e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.147268 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2057  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
279 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0800707  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
282 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000186214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1617  phosphonate ABC transporter permease  39.39 
 
 
284 aa  103  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.36633  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2238  phosphonate ABC transporter permease  40.15 
 
 
281 aa  99.4  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3199  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.86 
 
 
275 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0131264 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.5 
 
 
275 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141056  normal  0.676785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21150  ABC transporter permease  39.17 
 
 
277 aa  90.5  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.454841  normal  0.839555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1804  ABC transporter permease  39.17 
 
 
277 aa  90.1  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2966  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  29.19 
 
 
266 aa  90.1  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0826  phosphate ABC transporter, permease protein, putative  38.52 
 
 
275 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107681  normal  0.0222039 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3857  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.84 
 
 
277 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.84 
 
 
277 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.482347 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19770  phosphonate ABC transporter, permease component  33.33 
 
 
276 aa  89  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0593864  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2914  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.29 
 
 
269 aa  88.6  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.263053  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2432  phosphonate ABC transporter permease  37.5 
 
 
275 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.0603094 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
275 aa  87  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4344  phosphonate ABC transporter, permease protein  25.84 
 
 
259 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4569  phosphonate ABC transporter, permease protein  25.84 
 
 
259 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5616  phosphonate ABC transporter, permease protein  28.04 
 
 
259 aa  86.3  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2888  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.75 
 
 
263 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.117638  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03975  phosphonate/organophosphate ester transporter  25.84 
 
 
272 aa  85.9  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3923  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  25.84 
 
 
259 aa  85.9  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2409  phosphonates ABC transporter, permease protein  30.63 
 
 
271 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1292  putative phosphonate ABC transporter  27.11 
 
 
510 aa  85.5  0.000000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.871722  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2596  phosphonates ABC transporter, permease protein  30.63 
 
 
271 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0852  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.52 
 
 
431 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1187  phosphonates ABC transporter, permease protein  30.63 
 
 
271 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4605  phosphonate ABC transporter, permease protein  26.9 
 
 
259 aa  85.9  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0326  phosphonates ABC transporter, permease protein  30.63 
 
 
271 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4657  phosphonate ABC transporter, permease protein  25.84 
 
 
259 aa  85.9  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3302  phosphonate ABC transporter, permease protein  30.63 
 
 
271 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314465  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3336  phosphonate ABC transporter, permease protein  30.63 
 
 
271 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.33 
 
 
275 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0773426  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3348  phosphonates ABC transporter, permease protein  30.63 
 
 
271 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6089  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.63 
 
 
270 aa  84.7  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0307  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  24.4 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.685305  normal  0.115805 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3020  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.18 
 
 
570 aa  83.2  0.000000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0789  phosphonate ABC transporter, permease protein, putative  36.89 
 
 
275 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0261  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.87 
 
 
271 aa  82.8  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0745614 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14291  putative phosphonate ABC transporter  26.27 
 
 
521 aa  83.2  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  24.12 
 
 
511 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00115761  normal  0.0544773 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07841  putative phosphonate ABC transporter  28.61 
 
 
510 aa  82.4  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00360834 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0490  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.28 
 
 
576 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0456  ABC phosphonate transporter, fused inner membrane subunits  32.91 
 
 
576 aa  82.4  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1322  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  22.25 
 
 
533 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.497345  normal  0.731542 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0485  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.91 
 
 
576 aa  82  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
535 aa  80.1  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3257  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.5 
 
 
272 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.814913  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21140  ABC transporter permease  31.91 
 
 
256 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0807284  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4522  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  29.32 
 
 
280 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1319  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.51 
 
 
287 aa  78.6  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758207  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0837  ABC phosphonate transporter, inner membrane subunit PhnE  29.32 
 
 
280 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0879001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1803  phosphonate ABC transporter permease PhnE  31.21 
 
 
256 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0367  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.23 
 
 
272 aa  78.2  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2338  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  23.15 
 
 
265 aa  77  0.0000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000033517  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3945  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  24.4 
 
 
294 aa  76.3  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.351226  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1522  phosphonate ABC transporter, permease protein  24.66 
 
 
264 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0252842  normal  0.0146163 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4621  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.24 
 
 
280 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.438003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3473  phosphonate ABC transporter permease  24.3 
 
 
264 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.410084  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3748  phosphonate ABC transporter permease  24.3 
 
 
264 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3702  phosphonate ABC transporter, permease protein  24.3 
 
 
264 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000191718 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0868  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  31.53 
 
 
255 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0853  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  31.03 
 
 
255 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3390  phosphonate ABC transporter, permease  24.77 
 
 
264 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0936447  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2081  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  25.81 
 
 
335 aa  74.3  0.000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3720  phosphonate ABC transporter, permease protein  31.93 
 
 
267 aa  73.9  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0181873  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6356  phosphonate ABC transporter, permease protein  26.47 
 
 
298 aa  73.9  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.690717  normal  0.762824 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2993  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  29.03 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.388647 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2674  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  29.03 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3744  phosphonate ABC transporter, permease protein  24.3 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3792  phosphonate ABC transporter, permease protein  29 
 
 
267 aa  73.9  0.000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3793  phosphonate ABC transporter, permease protein  24 
 
 
264 aa  73.6  0.000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.893389  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3370  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.12 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000747615  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3472  phosphonate ABC transporter permease  30.57 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.153404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3439  phosphonate ABC transporter, permease  23.83 
 
 
264 aa  73.2  0.000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3747  phosphonate ABC transporter permease  30.57 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.375049  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3701  phosphonate ABC transporter, permease protein  30.57 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000177586 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0827  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  31 
 
 
255 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0220667 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3438  phosphonate ABC transporter, permease  30.57 
 
 
267 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.573649  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0177  phosphonate ABC transporter permease  28.33 
 
 
264 aa  72.8  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000132377  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3743  phosphonate ABC transporter, permease protein  30.57 
 
 
267 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000033324  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1747  phosphonate ABC transporter permease PhnE  26.7 
 
 
264 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.415612  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5875  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.39 
 
 
277 aa  73.2  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>