272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2057 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_2057  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
279 aa  541  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0800707  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.07 
 
 
282 aa  373  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000186214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1617  phosphonate ABC transporter permease  73.74 
 
 
284 aa  374  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.36633  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2238  phosphonate ABC transporter permease  75.09 
 
 
281 aa  355  5e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.13 
 
 
275 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141056  normal  0.676785 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3336  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  56.78 
 
 
521 aa  259  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.45187 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1689  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  56.41 
 
 
523 aa  258  7e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.365245 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.25 
 
 
523 aa  257  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1824  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  53.7 
 
 
518 aa  256  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.147268 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.91 
 
 
275 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19770  phosphonate ABC transporter, permease component  57.62 
 
 
276 aa  253  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0593864  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3199  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  57.62 
 
 
275 aa  253  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0131264 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1804  ABC transporter permease  57.56 
 
 
277 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.3 
 
 
275 aa  231  9e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0773426  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0826  phosphate ABC transporter, permease protein, putative  56.83 
 
 
275 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107681  normal  0.0222039 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2432  phosphonate ABC transporter permease  55.47 
 
 
275 aa  228  6e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.0603094 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0852  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  57.27 
 
 
431 aa  225  8e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0789  phosphonate ABC transporter, permease protein, putative  56.93 
 
 
275 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21150  ABC transporter permease  62.56 
 
 
277 aa  221  7e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.454841  normal  0.839555 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0456  ABC phosphonate transporter, fused inner membrane subunits  46.15 
 
 
576 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0490  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  46.86 
 
 
576 aa  155  6e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3945  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.02 
 
 
294 aa  154  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.351226  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0485  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  48.54 
 
 
576 aa  153  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0261  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.72 
 
 
271 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0745614 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3857  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.32 
 
 
277 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.32 
 
 
277 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.482347 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1280  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.1 
 
 
276 aa  135  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.61484  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3991  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.1 
 
 
276 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608155  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3240  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.1 
 
 
276 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655899  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0868  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.89 
 
 
255 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1803  phosphonate ABC transporter permease PhnE  48.57 
 
 
256 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6356  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.32 
 
 
298 aa  132  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.690717  normal  0.762824 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21140  ABC transporter permease  48.57 
 
 
256 aa  132  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0807284  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2875  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.98 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1342  phosphonate ABC transporter permease  34.36 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0476359 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2796  phosphonate ABC transporter, permease protein  33.98 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2012  putative ABC transporter inner membrane component  37.04 
 
 
271 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.100736  decreased coverage  0.00339933 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1418  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.48 
 
 
266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0367  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.36 
 
 
272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0692  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.85 
 
 
255 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.056532  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0827  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  37.27 
 
 
255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0220667 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0788  phosphonate ABC transporter, permease protein, putative  46.15 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3257  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.91 
 
 
272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.814913  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0853  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.73 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2431  phosphonate ABC transporter permease  36.99 
 
 
255 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0629355  normal  0.0565288 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3326  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  36.07 
 
 
365 aa  126  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3200  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.37 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0198653 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3965  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.77 
 
 
272 aa  126  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.692533 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0423  ABC type permease  38.27 
 
 
261 aa  125  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.436548  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0459  ABC type permease  38.27 
 
 
261 aa  125  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.110388  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19760  phosphonate ABC transporter, permease component  47.14 
 
 
252 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.092761  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5856  putative PhnE protein, phosphonate ABC transporter, putative membrane protein  38.07 
 
 
294 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0234805  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4036  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.27 
 
 
341 aa  123  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.311979  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0216  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.27 
 
 
341 aa  123  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6365  phosphonate ABC transporter, permease component  39.35 
 
 
289 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2993  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  38.16 
 
 
266 aa  122  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.388647 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2674  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.16 
 
 
266 aa  122  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1925  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  32.85 
 
 
272 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.77597  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2681  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.37 
 
 
288 aa  122  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2185  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.51 
 
 
290 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2966  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.58 
 
 
266 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3348  phosphonates ABC transporter, permease protein  35.45 
 
 
271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3302  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.45 
 
 
271 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314465  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1319  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.2 
 
 
287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758207  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3336  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.45 
 
 
271 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2409  phosphonates ABC transporter, permease protein  35 
 
 
271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1523  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.13 
 
 
267 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137606  normal  0.0137345 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0326  phosphonates ABC transporter, permease protein  35 
 
 
271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2596  phosphonates ABC transporter, permease protein  35 
 
 
271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1187  phosphonates ABC transporter, permease protein  35 
 
 
271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3822  phosphonate ABC transporter permease  41.83 
 
 
300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.571251  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3792  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.67 
 
 
267 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3743  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.13 
 
 
267 aa  119  7e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000033324  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3389  phosphonate ABC transporter, permease  39.13 
 
 
267 aa  118  9e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00227176  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3370  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.13 
 
 
267 aa  118  9e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000747615  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2888  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.83 
 
 
263 aa  118  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.117638  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0912  phosphate ABC transporter permease  36.14 
 
 
275 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.166132  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3472  phosphonate ABC transporter permease  39.13 
 
 
267 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.153404  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3438  phosphonate ABC transporter, permease  39.13 
 
 
267 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.573649  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3747  phosphonate ABC transporter permease  39.13 
 
 
267 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.375049  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3701  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.13 
 
 
267 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000177586 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3720  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.59 
 
 
267 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0181873  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3473  phosphonate ABC transporter permease  30.13 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.410084  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3390  phosphonate ABC transporter, permease  30.13 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0936447  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0307  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  31.73 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.685305  normal  0.115805 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3748  phosphonate ABC transporter permease  30.13 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1413  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.32 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3702  phosphonate ABC transporter, permease protein  30.13 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000191718 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3439  phosphonate ABC transporter, permease  30.13 
 
 
264 aa  116  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2680  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
298 aa  116  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000232167  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3236  phosphonate ABC transporter permease  32.72 
 
 
276 aa  116  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2914  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.48 
 
 
269 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.263053  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4605  phosphonate ABC transporter, permease protein  32.92 
 
 
259 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0250  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  36.5 
 
 
277 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1322  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.61 
 
 
533 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.497345  normal  0.731542 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3020  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  46.08 
 
 
570 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5875  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.23 
 
 
277 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03975  phosphonate/organophosphate ester transporter  32.92 
 
 
272 aa  115  6e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3721  phosphonate ABC transporter, permease protein  31 
 
 
264 aa  115  6e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.254444  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3860  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.74 
 
 
293 aa  115  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.206995  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>