240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1545 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1545  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
499 aa  988    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.440289  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.28 
 
 
509 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.841093  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.23 
 
 
501 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.213097  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.8 
 
 
510 aa  559  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134566  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2345  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.29 
 
 
504 aa  553  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.3 
 
 
505 aa  534  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1768  ABC transporter complex for phosphonate inner membrane binding subunit  59.38 
 
 
496 aa  521  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0117243  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.65 
 
 
496 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3311  putative phosphonate ABC transporter, permease protein  50.81 
 
 
503 aa  503  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.251777  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.52 
 
 
506 aa  389  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.539581  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.07 
 
 
488 aa  385  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0381583  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.29 
 
 
539 aa  331  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.687292  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.57 
 
 
543 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1824  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  30.12 
 
 
518 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.147268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3336  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.27 
 
 
521 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.45187 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2057  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
279 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0800707  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.74 
 
 
523 aa  104  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1689  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.74 
 
 
523 aa  104  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.365245 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1617  phosphonate ABC transporter permease  41.98 
 
 
284 aa  101  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.36633  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
282 aa  99.8  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000186214 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.31 
 
 
275 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141056  normal  0.676785 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3348  phosphonates ABC transporter, permease protein  31.43 
 
 
271 aa  94.7  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3302  phosphonate ABC transporter, permease protein  31.43 
 
 
271 aa  94.7  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314465  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3336  phosphonate ABC transporter, permease protein  31.43 
 
 
271 aa  94.7  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2409  phosphonates ABC transporter, permease protein  31.46 
 
 
271 aa  94.4  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2596  phosphonates ABC transporter, permease protein  31.46 
 
 
271 aa  94.4  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2238  phosphonate ABC transporter permease  38.93 
 
 
281 aa  94.4  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1187  phosphonates ABC transporter, permease protein  31.46 
 
 
271 aa  94.4  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0326  phosphonates ABC transporter, permease protein  31.46 
 
 
271 aa  94.4  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0456  ABC phosphonate transporter, fused inner membrane subunits  28.01 
 
 
576 aa  92  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.19 
 
 
511 aa  92  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00115761  normal  0.0544773 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0485  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.12 
 
 
576 aa  91.3  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3199  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.5 
 
 
275 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0131264 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3857  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.94 
 
 
277 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19770  phosphonate ABC transporter, permease component  31.79 
 
 
276 aa  89.7  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0593864  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.94 
 
 
277 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.482347 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2432  phosphonate ABC transporter permease  40.35 
 
 
275 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.0603094 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1322  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  23.69 
 
 
533 aa  89  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.497345  normal  0.731542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2914  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.4 
 
 
269 aa  88.2  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.263053  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0867  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
275 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0490  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.6 
 
 
576 aa  87  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0826  phosphate ABC transporter, permease protein, putative  37.72 
 
 
275 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107681  normal  0.0222039 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2888  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  29.27 
 
 
263 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.117638  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21150  ABC transporter permease  38.6 
 
 
277 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.454841  normal  0.839555 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2966  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  29.5 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2081  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  30.41 
 
 
335 aa  84.7  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1804  ABC transporter permease  38.6 
 
 
277 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0789  phosphonate ABC transporter, permease protein, putative  38.6 
 
 
275 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.6 
 
 
275 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0773426  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5616  phosphonate ABC transporter, permease protein  28.29 
 
 
259 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4569  phosphonate ABC transporter, permease protein  28.29 
 
 
259 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4522  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  31.09 
 
 
280 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4657  phosphonate ABC transporter, permease protein  28.29 
 
 
259 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4344  phosphonate ABC transporter, permease protein  28.29 
 
 
259 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3923  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.29 
 
 
259 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2011  putative ABC transporter inner membrane component  27.78 
 
 
270 aa  84.3  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.050434  normal  0.0106691 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4605  phosphonate ABC transporter, permease protein  27.49 
 
 
259 aa  84.7  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0307  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.32 
 
 
259 aa  84.3  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.685305  normal  0.115805 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03975  phosphonate/organophosphate ester transporter  28.29 
 
 
272 aa  84  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0852  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.09 
 
 
431 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0837  ABC phosphonate transporter, inner membrane subunit PhnE  30.57 
 
 
280 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0879001 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6089  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.15 
 
 
270 aa  81.3  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0827  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  33.9 
 
 
255 aa  80.1  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0220667 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0853  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.9 
 
 
255 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0868  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.9 
 
 
255 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4621  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.5 
 
 
280 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.438003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3257  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.39 
 
 
272 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.814913  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0261  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  28.22 
 
 
271 aa  78.2  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0745614 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07841  putative phosphonate ABC transporter  25.78 
 
 
510 aa  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00360834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1803  phosphonate ABC transporter permease PhnE  34.97 
 
 
256 aa  77.4  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2431  phosphonate ABC transporter permease  34.51 
 
 
255 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0629355  normal  0.0565288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1747  phosphonate ABC transporter permease PhnE  30.48 
 
 
264 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.415612  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20330  phosphonate ABC tranporter permease protein  30.48 
 
 
264 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.293398  normal  0.582568 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21140  ABC transporter permease  34.97 
 
 
256 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0807284  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0692  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.3 
 
 
255 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.056532  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0788  phosphonate ABC transporter, permease protein, putative  36.67 
 
 
255 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2249  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.55 
 
 
262 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.859646  normal  0.75616 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4179  phosphonate ABC transporter permease  28.78 
 
 
288 aa  75.1  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2298  ABC phosphonate permease  27.4 
 
 
271 aa  74.3  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3200  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.95 
 
 
253 aa  74.3  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0198653 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2557  phosphonates ABC transporter, permease protein  30.95 
 
 
262 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.108995  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4996  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  27.18 
 
 
264 aa  73.9  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0396446  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0183  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  31.15 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.685184  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0127  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  21.53 
 
 
266 aa  73.2  0.000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0132  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  21.53 
 
 
266 aa  73.2  0.000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.734689  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0766  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.91 
 
 
293 aa  73.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688417  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0773  phosphonate ABC transporter permease  29.27 
 
 
292 aa  73.2  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.741951  normal  0.989098 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14291  putative phosphonate ABC transporter  27.08 
 
 
521 aa  72.4  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3945  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.52 
 
 
294 aa  71.6  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.351226  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3707  phosphonate ABC transporter permease  29.73 
 
 
292 aa  72  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.324444 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3693  ABC phosphonate transporter inner membrane protein  27.13 
 
 
335 aa  72  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3472  phosphonate ABC transporter permease  32.07 
 
 
267 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.153404  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1523  phosphonate ABC transporter, permease protein  32.07 
 
 
267 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137606  normal  0.0137345 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3747  phosphonate ABC transporter permease  32.07 
 
 
267 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.375049  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3236  phosphonate ABC transporter permease  24 
 
 
276 aa  70.9  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1319  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  26.7 
 
 
287 aa  70.5  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758207  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3701  phosphonate ABC transporter, permease protein  32.07 
 
 
267 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000177586 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3792  phosphonate ABC transporter, permease protein  32.07 
 
 
267 aa  70.9  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3370  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.07 
 
 
267 aa  70.5  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000747615  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3438  phosphonate ABC transporter, permease  32.07 
 
 
267 aa  70.5  0.00000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.573649  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>