More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3707 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3707  phosphonate ABC transporter permease  100 
 
 
292 aa  584  1e-166  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.324444 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4785  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  63.97 
 
 
280 aa  357  1.9999999999999998e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.161487  normal  0.0587654 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4666  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.8 
 
 
320 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00096025 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0282  ABC transporter membrane spanning protein (phosphonate)  39.53 
 
 
320 aa  192  5e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4429  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.86 
 
 
319 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4115  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.2 
 
 
319 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0766  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.83 
 
 
293 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.688417  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4086  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  39.92 
 
 
293 aa  175  8e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0261465  normal  0.0836049 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4430  phosphonate ABC transporter permease  40.76 
 
 
293 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1320  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.79 
 
 
294 aa  172  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5856  putative PhnE protein, phosphonate ABC transporter, putative membrane protein  40.69 
 
 
294 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0234805  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3822  phosphonate ABC transporter permease  41.41 
 
 
300 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.571251  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2185  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  45.69 
 
 
290 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3860  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  47.71 
 
 
293 aa  158  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.206995  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2918  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.5 
 
 
294 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1343  phosphonate ABC transporter permease  33.81 
 
 
286 aa  149  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0495626 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2797  phosphonate ABC transporter, permease protein  33.81 
 
 
286 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.71 
 
 
277 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.482347 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3857  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.71 
 
 
277 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2876  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.45 
 
 
286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4203  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.42 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.852389  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0423  ABC type permease  39.38 
 
 
261 aa  146  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.436548  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0459  ABC type permease  39.38 
 
 
261 aa  146  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.110388  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2681  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.16 
 
 
288 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0896  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
295 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.418792  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1321  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.1 
 
 
288 aa  142  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4996  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.48 
 
 
264 aa  142  6e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0396446  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2914  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
269 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.263053  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6089  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.09 
 
 
270 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3240  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.69 
 
 
276 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655899  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3991  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.69 
 
 
276 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608155  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0261  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.46 
 
 
271 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0745614 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2675  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.4 
 
 
297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0563966 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0912  phosphate ABC transporter permease  35.75 
 
 
275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.166132  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2081  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  33.48 
 
 
335 aa  136  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1280  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.32 
 
 
276 aa  136  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.61484  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5616  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.07 
 
 
259 aa  135  9e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2298  ABC phosphonate permease  36.23 
 
 
271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4657  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.07 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4569  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.07 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4344  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.07 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3923  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.07 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4605  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.07 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03975  phosphonate/organophosphate ester transporter  38.07 
 
 
272 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2888  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.76 
 
 
263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.117638  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2966  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.58 
 
 
266 aa  132  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0307  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.06 
 
 
259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.685305  normal  0.115805 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3693  ABC phosphonate transporter inner membrane protein  34.91 
 
 
335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4522  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.2 
 
 
280 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3257  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.17 
 
 
272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.814913  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0183  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  44.52 
 
 
267 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.685184  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3326  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  33.74 
 
 
365 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3439  phosphonate ABC transporter, permease  31.64 
 
 
264 aa  126  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3348  phosphonates ABC transporter, permease protein  38.62 
 
 
271 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3302  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.62 
 
 
271 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314465  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2202  phosphonate ABC transporter inner membrane subunit  40.21 
 
 
542 aa  126  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3336  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.62 
 
 
271 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2409  phosphonates ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
271 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0326  phosphonates ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
271 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2596  phosphonates ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
271 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1412  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.77 
 
 
287 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4621  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.11 
 
 
280 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.438003 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1187  phosphonates ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
271 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3702  phosphonate ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 
264 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000191718 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3473  phosphonate ABC transporter permease  31.25 
 
 
264 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.410084  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0827  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.31 
 
 
267 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.152622  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3748  phosphonate ABC transporter permease  31.25 
 
 
264 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1747  phosphonate ABC transporter permease PhnE  40.83 
 
 
264 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.415612  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0837  ABC phosphonate transporter, inner membrane subunit PhnE  38.38 
 
 
280 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0879001 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1522  phosphonate ABC transporter, permease protein  30.95 
 
 
264 aa  124  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0252842  normal  0.0146163 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20330  phosphonate ABC tranporter permease protein  40.83 
 
 
264 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.293398  normal  0.582568 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0216  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.87 
 
 
341 aa  123  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3793  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.05 
 
 
264 aa  123  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.893389  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4036  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.87 
 
 
341 aa  123  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.311979  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3390  phosphonate ABC transporter, permease  30.86 
 
 
264 aa  122  6e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0936447  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0367  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.68 
 
 
272 aa  122  7e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0182  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.66 
 
 
542 aa  122  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3721  phosphonate ABC transporter, permease protein  34.02 
 
 
264 aa  122  8e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.254444  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.03 
 
 
511 aa  122  8e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00115761  normal  0.0544773 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3371  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.05 
 
 
264 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0022523  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3744  phosphonate ABC transporter, permease protein  30.47 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1322  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.72 
 
 
533 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.497345  normal  0.731542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1418  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.21 
 
 
266 aa  120  3e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2993  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  32.81 
 
 
266 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.388647 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4995  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.16 
 
 
245 aa  120  3e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250762  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2674  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.81 
 
 
266 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2338  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.02 
 
 
265 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000033517  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0132  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  31.02 
 
 
266 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.734689  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2249  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.58 
 
 
262 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.859646  normal  0.75616 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0127  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  31.02 
 
 
266 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0131  ABC-type phosphate/phosphonate transport system, permease component  37.65 
 
 
289 aa  118  9.999999999999999e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0113761  hitchhiker  0.00000772966 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2557  phosphonates ABC transporter, permease protein  42.58 
 
 
262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.108995  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0998  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.16 
 
 
265 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1450  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.51 
 
 
273 aa  117  3e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.126194  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3965  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  30.88 
 
 
272 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.692533 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0250  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  31.67 
 
 
277 aa  116  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0868  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.59 
 
 
255 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2284  phosphonate ABC transporter, permease protein  33.5 
 
 
266 aa  115  6e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0852833  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4577  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.91 
 
 
271 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5875  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  31.74 
 
 
277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>