More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2011 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2011  putative ABC transporter inner membrane component  100 
 
 
270 aa  529  1e-149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.050434  normal  0.0106691 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3263  phosphonate ABC transporter, ATPase subunit  62.93 
 
 
265 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.857467  normal  0.639309 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3259  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  65.52 
 
 
272 aa  302  4.0000000000000003e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.966074  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0249  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  60.92 
 
 
270 aa  292  4e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.181465  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3964  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  64.34 
 
 
268 aa  280  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.945334 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3864  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  59.38 
 
 
280 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1926  phosphonate ABC transporter ATPase  56.81 
 
 
269 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.749096  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3235  phosphonate ABC transporter permease  46.1 
 
 
268 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2368  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  46.74 
 
 
277 aa  196  4.0000000000000005e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0858  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  45.53 
 
 
261 aa  168  9e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00704551  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4576  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  44.95 
 
 
269 aa  161  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.92 
 
 
511 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00115761  normal  0.0544773 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0367  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
272 aa  158  8e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3725  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  39 
 
 
262 aa  156  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0596  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.77 
 
 
262 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00848061 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1322  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.73 
 
 
533 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.497345  normal  0.731542 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2675  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.95 
 
 
297 aa  149  5e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0563966 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0423  ABC type permease  40.84 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.436548  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0459  ABC type permease  40.84 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.110388  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1232  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  43.96 
 
 
265 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.917781  normal  0.196342 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4577  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.88 
 
 
271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0999  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.47 
 
 
264 aa  146  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2298  ABC phosphonate permease  37.99 
 
 
271 aa  145  5e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4605  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.44 
 
 
259 aa  145  8.000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5616  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.23 
 
 
259 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4036  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.59 
 
 
341 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.311979  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0216  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.59 
 
 
341 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03975  phosphonate/organophosphate ester transporter  39.44 
 
 
272 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3991  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.86 
 
 
276 aa  143  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608155  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3240  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.86 
 
 
276 aa  143  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655899  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3923  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  39.44 
 
 
259 aa  143  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4657  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.44 
 
 
259 aa  143  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0859  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.71 
 
 
263 aa  144  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0148333  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3965  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  41.36 
 
 
272 aa  143  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.692533 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4569  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.44 
 
 
259 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4344  phosphonate ABC transporter, permease protein  39.44 
 
 
259 aa  143  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0307  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.97 
 
 
259 aa  142  5e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.685305  normal  0.115805 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0912  phosphate ABC transporter permease  38.35 
 
 
275 aa  142  5e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.166132  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1280  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.38 
 
 
276 aa  142  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.61484  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3793  phosphonate ABC transporter, permease protein  33.72 
 
 
264 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.893389  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3473  phosphonate ABC transporter permease  34.05 
 
 
264 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.410084  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3748  phosphonate ABC transporter permease  34.05 
 
 
264 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3702  phosphonate ABC transporter, permease protein  34.05 
 
 
264 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000191718 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3439  phosphonate ABC transporter, permease  34.05 
 
 
264 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1522  phosphonate ABC transporter, permease protein  33.2 
 
 
264 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0252842  normal  0.0146163 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3236  phosphonate ABC transporter permease  39.05 
 
 
276 aa  139  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3390  phosphonate ABC transporter, permease  33.62 
 
 
264 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0936447  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3721  phosphonate ABC transporter, permease protein  34.21 
 
 
264 aa  138  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.254444  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3371  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.62 
 
 
264 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0022523  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3744  phosphonate ABC transporter, permease protein  34.05 
 
 
264 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0250  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  42.33 
 
 
277 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.435435  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3693  ABC phosphonate transporter inner membrane protein  39.68 
 
 
335 aa  137  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1925  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  37.5 
 
 
272 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.77597  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4995  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.12 
 
 
245 aa  136  4e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.250762  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2012  putative ABC transporter inner membrane component  39.7 
 
 
271 aa  136  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.100736  decreased coverage  0.00339933 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1451  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.41 
 
 
269 aa  135  5e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.349089  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2338  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.91 
 
 
265 aa  135  5e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000033517  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2888  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.97 
 
 
263 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.117638  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3857  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.49 
 
 
277 aa  135  9e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3906  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.49 
 
 
277 aa  135  9e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.482347 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1418  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.29 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1233  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.22 
 
 
266 aa  133  3e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.702272  normal  0.203861 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0837  ABC phosphonate transporter, inner membrane subunit PhnE  37.21 
 
 
280 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0879001 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0261  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.11 
 
 
271 aa  133  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0745614 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6089  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.68 
 
 
270 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4522  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.74 
 
 
280 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2081  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  37.56 
 
 
335 aa  132  5e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4996  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.16 
 
 
264 aa  132  5e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0396446  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0998  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.44 
 
 
265 aa  132  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4959  phosphonate ABC transporter inner membrane subunit  38.42 
 
 
588 aa  132  7.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0127  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.61 
 
 
266 aa  132  9e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0132  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  33.61 
 
 
266 aa  132  9e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.734689  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2914  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.71 
 
 
269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.263053  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6356  phosphonate ABC transporter, permease protein  32.82 
 
 
298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.690717  normal  0.762824 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3348  phosphonates ABC transporter, permease protein  35.98 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3336  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.98 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3302  phosphonate ABC transporter, permease protein  35.98 
 
 
271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314465  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2966  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.71 
 
 
266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2596  phosphonates ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 
271 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0326  phosphonates ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 
271 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2409  phosphonates ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 
271 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3260  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.93 
 
 
271 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.904694  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1187  phosphonates ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 
271 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4621  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  37.67 
 
 
280 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.438003 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5875  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.78 
 
 
277 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4151  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  36.19 
 
 
274 aa  128  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3257  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  32.46 
 
 
272 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.814913  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3326  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  33.2 
 
 
365 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6365  phosphonate ABC transporter, permease component  32.65 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0563067  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1321  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  40.21 
 
 
288 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2674  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.33 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2876  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  38.62 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2993  phosphonate ABC transporter inner membrane protein  38.33 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.388647 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2797  phosphonate ABC transporter, permease protein  38.62 
 
 
286 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2287  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  35.71 
 
 
274 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0873  phosphonate ABC transporter inner membrane subunit  37.89 
 
 
265 aa  126  3e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.122179 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1343  phosphonate ABC transporter permease  38.62 
 
 
286 aa  127  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0495626 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2297  ABC phosphonate permease  31.9 
 
 
268 aa  125  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3262  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  42.71 
 
 
267 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.616884 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0595  phosphonate ABC transporter, inner membrane subunit  34.48 
 
 
264 aa  125  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808391 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>