280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6296 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA0292  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  72.09 
 
 		 504 aa  740    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3118  UbiD family decarboxylase  70.48 
 
 		 504 aa  724    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.207471  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0268  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  71.69 
 
 		 504 aa  736    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974118  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4478  carboxylyase-like protein  64.62 
 
 		 512 aa  639    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0662178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4781  carboxylyase-like protein  62.93 
 
 		 508 aa  637    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.588855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4328  carboxylyase-like protein  62.75 
 
 		 512 aa  653    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6296  UbiD family decarboxylase  100 
 
 		 502 aa  1010    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1001  UbiD family decarboxylase  63.8 
 
 		 512 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1315  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  55.42 
 
 		 492 aa  570  1e-161  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0561345  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0637  UbiD family decarboxylase  55.73 
 
 		 508 aa  568  1e-161  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0354  UbiD family decarboxylase  55.62 
 
 		 512 aa  565  1e-160  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0574  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  55.24 
 
 		 507 aa  555  1e-157  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2251  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  54.23 
 
 		 502 aa  552  1e-156  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.202201 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0826  UbiD family decarboxylase  55.71 
 
 		 496 aa  548  1e-155  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3657  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  53.96 
 
 		 490 aa  551  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670347  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69150  hypothetical protein  53.36 
 
 		 488 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03475  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxylyase  53.25 
 
 		 488 aa  544  1e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298736  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0302  carboxylyase-like protein  54.07 
 
 		 492 aa  544  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5980  hypothetical protein  52.95 
 
 		 488 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467424  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0310  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  54.07 
 
 		 488 aa  542  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0585  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  54.27 
 
 		 522 aa  541  1e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.168345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47400  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  54.47 
 
 		 488 aa  542  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5241  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  53.86 
 
 		 488 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4444  UbiD family decarboxylase  53.85 
 
 		 493 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  53.85 
 
 		 493 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0521  UbiD family decarboxylase  53.85 
 
 		 493 aa  536  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0177  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  51.83 
 
 		 497 aa  535  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2610  carboxylyase-like protein  53.46 
 
 		 487 aa  537  1e-151  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3525  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  53.85 
 
 		 493 aa  538  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0506  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  53.85 
 
 		 493 aa  538  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0426  carboxylyase-related protein  53.44 
 
 		 493 aa  538  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5122  UbiD family decarboxylase  52.85 
 
 		 488 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5213  UbiD family decarboxylase  52.85 
 
 		 550 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0280  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  52.12 
 
 		 498 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0506  hypothetical protein  53.77 
 
 		 488 aa  533  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0415  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  54.88 
 
 		 487 aa  533  1e-150  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.138941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5036  UbiD family decarboxylase  52.85 
 
 		 488 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0211  carboxylyase-like protein  52.64 
 
 		 487 aa  532  1e-150  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.995594  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5454  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  52.64 
 
 		 488 aa  532  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00849207 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0465  UbiD family decarboxylase  53.44 
 
 		 493 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3352  UbiD family decarboxylase  53.24 
 
 		 493 aa  531  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3936  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  51.81 
 
 		 506 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1909  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  52.44 
 
 		 495 aa  532  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00500341 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  51.92 
 
 		 506 aa  534  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.13548 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0008  UbiD family decarboxylase  54.27 
 
 		 487 aa  534  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.815187 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3059  carboxylyase-like protein  53.97 
 
 		 493 aa  533  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2383  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  55.62 
 
 		 490 aa  532  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3985  UbiD family decarboxylase  53.44 
 
 		 493 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3803  UbiD family decarboxylase  53.44 
 
 		 493 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3859  UbiD family decarboxylase  53.44 
 
 		 493 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2013  UbiD family decarboxylase  55.62 
 
 		 490 aa  532  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.920349 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3188  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  51.83 
 
 		 489 aa  530  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  hitchhiker  0.00754697 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0505  UbiD family decarboxylase  52.23 
 
 		 493 aa  528  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3001  hypothetical protein  53.05 
 
 		 488 aa  529  1e-149  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2862  hypothetical protein  53.25 
 
 		 488 aa  530  1e-149  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5274  UbiD family decarboxylase  52.85 
 
 		 488 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0482  UbiD family decarboxylase  53.05 
 
 		 495 aa  531  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.283568  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3906  UbiD family decarboxylase  52.12 
 
 		 498 aa  527  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.462133  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0104  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  55.69 
 
 		 487 aa  526  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.226437  normal  0.0216284 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0360  UbiD family decarboxylase  52.43 
 
 		 493 aa  527  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.375206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3389  UbiD family decarboxylase  52.74 
 
 		 493 aa  526  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0008  UbiD family decarboxylase  52.44 
 
 		 487 aa  519  1e-146  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4293  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  54.1 
 
 		 502 aa  519  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2282  UbiD family decarboxylase  52.83 
 
 		 488 aa  518  1e-146  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03734  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  51.02 
 
 		 497 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4138  UbiD family decarboxylase  51.02 
 
 		 497 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3063  hypothetical protein  53.25 
 
 		 498 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2578  UbiD family decarboxylase  54.87 
 
 		 494 aa  517  1.0000000000000001e-145  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4047  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  50.2 
 
 		 498 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4313  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  51.02 
 
 		 497 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4362  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  51.02 
 
 		 497 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.452343  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3754  UbiD family decarboxylase  51.92 
 
 		 498 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03683  hypothetical protein  51.02 
 
 		 497 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4238  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  50.2 
 
 		 498 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4224  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  51.02 
 
 		 497 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514143  hitchhiker  0.00200609 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0474  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  50 
 
 		 491 aa  518  1.0000000000000001e-145  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2531  UbiD family decarboxylase  51.83 
 
 		 488 aa  518  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.853758 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4167  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  51.02 
 
 		 497 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000604115 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3225  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  54.67 
 
 		 494 aa  517  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5282  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  50.61 
 
 		 497 aa  514  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.064348 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2388  UbiD family decarboxylase  54.08 
 
 		 497 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.0671796 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4053  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  51.63 
 
 		 518 aa  512  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3952  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  50.61 
 
 		 501 aa  511  1e-144  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0510318 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4065  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  50.81 
 
 		 497 aa  513  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0467  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  53.35 
 
 		 497 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.719328  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0822  UbiD family decarboxylase  51.43 
 
 		 518 aa  511  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.246371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4305  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  50.2 
 
 		 492 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0701  UbiD family decarboxylase  52.29 
 
 		 503 aa  508  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2445  UbiD family decarboxylase  51.05 
 
 		 518 aa  509  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0914  UbiD family decarboxylase  51.43 
 
 		 518 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4258  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  50.2 
 
 		 492 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.772564  normal  0.840563 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0473  carboxylyase-like protein  51.43 
 
 		 551 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0811  UbiD family decarboxylase  51.43 
 
 		 518 aa  511  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2119  UbiD family decarboxylase  53.14 
 
 		 497 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.381426  normal  0.478377 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0952  UbiD family decarboxylase  51.43 
 
 		 518 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0345381  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4209  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  50.41 
 
 		 492 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4186  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase  50.2 
 
 		 492 aa  508  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0856044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3106  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  50.48 
 
 		 578 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3075  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase  50.48 
 
 		 519 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0888  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  50.47 
 
 		 522 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>