More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5663 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5663  acyl-CoA dehydrogenase type 2  100 
 
 
407 aa  819    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7189  acyl-CoA dehydrogenase  60.25 
 
 
412 aa  500  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6195  acyl-CoA dehydrogenase type 2  52.83 
 
 
405 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7082  Acyl-CoA dehydrogenase-like  52.83 
 
 
405 aa  430  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254723  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1241  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like  52.58 
 
 
405 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6591  acyl-CoA dehydrogenase type 2  52.58 
 
 
405 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1853  acyl-CoA dehydrogenase type 2  54.23 
 
 
416 aa  422  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1567  putative acyl-CoA dehydrogenase  54.21 
 
 
405 aa  422  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0137  hypothetical protein  52.89 
 
 
405 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209836  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0104  putative acyl-CoA dehydrogenase  40.05 
 
 
412 aa  259  6e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0140414 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3296  putative acyl-CoA dehydrogenase  37.84 
 
 
409 aa  257  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.187192 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43640  Acyl-CoA dehydrogenase  37.57 
 
 
412 aa  236  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.21996  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2992  acyl-CoA dehydrogenase family protein  38.12 
 
 
412 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270684  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3496  acyl-CoA dehydrogenase type 2  37.16 
 
 
437 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1775  acyl-CoA dehydrogenase type 2  37.5 
 
 
436 aa  233  5e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3804  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  37.81 
 
 
420 aa  231  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0722359  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2873  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  38.28 
 
 
412 aa  230  4e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.2483 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3858  putative acyl-CoA dehydrogenase  37.37 
 
 
451 aa  229  5e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.99682 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1517  Acyl-CoA dehydrogenases  36.68 
 
 
419 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0186344  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0026  acyl-CoA dehydrogenase-family protein  36.68 
 
 
419 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1171  acyl-CoA dehydrogenase-family protein  37.09 
 
 
419 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.350252  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1431  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  37.09 
 
 
419 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453095  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0129  acyl-CoA dehydrogenase  37.09 
 
 
419 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0377174  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0410  DszC family monooxygenase  37.09 
 
 
419 aa  225  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.993874  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34580  hypothetical protein  37.28 
 
 
419 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.797215  normal  0.181748 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0553  acyl-CoA dehydrogenase type 2  37.37 
 
 
413 aa  224  3e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3878  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  37.31 
 
 
416 aa  222  7e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.16806 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1379  acyl-CoA dehydrogenase family protein  35.99 
 
 
419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0461984  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2935  hypothetical protein  37.01 
 
 
419 aa  220  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3354  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  36.39 
 
 
415 aa  218  1e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0251625  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2116  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  36.34 
 
 
403 aa  217  2e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.708611  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3467  acyl-CoA dehydrogenase type 2  37.83 
 
 
409 aa  217  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.745706 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2768  acyl-CoA dehydrogenase type 2  34.52 
 
 
407 aa  215  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3947  acyl-CoA dehydrogenase type 2  35.84 
 
 
403 aa  212  9e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0180672 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4006  acyl-CoA dehydrogenase type 2  35.84 
 
 
400 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3932  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  35.84 
 
 
400 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.435478  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4855  putative acyl-CoA dehydrogenase  32.98 
 
 
408 aa  210  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.411014 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3336  acyl-CoA dehydrogenase type 2  34.03 
 
 
407 aa  209  6e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7500  Acyl-CoA dehydrogenase-like  36.63 
 
 
423 aa  209  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.282108  normal  0.253258 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2991  acyl-CoA dehydrogenase type 2  33.85 
 
 
412 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715106  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1907  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  35.55 
 
 
406 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.740935  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2762  hypothetical protein  33.85 
 
 
412 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2667  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  35.31 
 
 
407 aa  207  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3661  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  34.46 
 
 
407 aa  207  3e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.454274  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2550  acyl-CoA dehydrogenase type 2  33.16 
 
 
416 aa  206  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.815294  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43800  hypothetical protein  36.34 
 
 
412 aa  206  5e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.402332  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7712  Acyl-CoA dehydrogenase, central region  34.58 
 
 
425 aa  206  7e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6515  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like  32.84 
 
 
412 aa  206  9e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6749  acyl-CoA dehydrogenase type 2  32.84 
 
 
412 aa  206  9e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.144379 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1175  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  36.62 
 
 
438 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2443  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  36.62 
 
 
438 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6338  acyl-CoA dehydrogenase type 2  32.6 
 
 
412 aa  204  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1742  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  33.97 
 
 
412 aa  204  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469598  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7162  thermophilic desulfurizing enzyme  33.77 
 
 
408 aa  204  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6339  acyl-CoA dehydrogenase type 2  36.48 
 
 
415 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5871  acyl-CoA dehydrogenase type 2  34.67 
 
 
407 aa  202  6e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.356381  normal  0.211038 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1248  Acyl-CoA dehydrogenases  36.11 
 
 
438 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6516  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like  36.22 
 
 
423 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6750  acyl-CoA dehydrogenase type 2  36.22 
 
 
423 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.12749 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0721  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  36.36 
 
 
438 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130444  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0741  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  36.36 
 
 
438 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2524  putative acyl-CoA dehydrogenase  32.71 
 
 
417 aa  201  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2362  acyl-CoA dehydrogenase type 2  34.86 
 
 
399 aa  199  9e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00266653  hitchhiker  0.00112869 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1121  acyl-CoA dehydrogenase type 2  33.59 
 
 
413 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1523  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  33.96 
 
 
412 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1148  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  33.96 
 
 
412 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2254  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  33.96 
 
 
451 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0091  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  33.96 
 
 
412 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1013  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  33.96 
 
 
412 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153934  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0928  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  33.96 
 
 
412 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0398526  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1593  acyl-CoA dehydrogenase type 2  35.05 
 
 
407 aa  195  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.513495 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1793  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  36.15 
 
 
420 aa  194  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.298522 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31480  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  34.43 
 
 
424 aa  192  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5260  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  33.85 
 
 
426 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.997637  normal  0.924081 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7499  Acyl-CoA dehydrogenase  33.78 
 
 
412 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140498  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1358  hypothetical protein  33.59 
 
 
434 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992963  normal  0.0243206 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0223  DszC family monooxygenase  33.16 
 
 
406 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00885592  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0238  acyl-CoA dehydrogenase type 2  33.16 
 
 
393 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.679999  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0247  acyl-CoA dehydrogenase type 2  33.15 
 
 
393 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0239  acyl-CoA dehydrogenase type 2  33.6 
 
 
413 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6565  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  33.61 
 
 
405 aa  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.191589  normal  0.316976 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0248  acyl-CoA dehydrogenase type 2  33.33 
 
 
413 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0240  Acyl-CoA dehydrogenase-like  32.88 
 
 
413 aa  186  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5184  acyl-CoA dehydrogenase family protein  33.24 
 
 
440 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.995233  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2053  acyl-CoA dehydrogenase type 2  32.8 
 
 
403 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0224  DszC family monooxygenase  33.07 
 
 
413 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.88641  hitchhiker  0.00688358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4989  acyl-CoA dehydrogenase type 2  32.88 
 
 
393 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6150  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  34.15 
 
 
405 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00426369  hitchhiker  0.00144914 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0354  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  32.78 
 
 
440 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2054  acyl-CoA dehydrogenase type 2  31.33 
 
 
415 aa  184  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.876427  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3157  acyl-CoA dehydrogenase type 2  32.09 
 
 
407 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31490  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  34.84 
 
 
402 aa  181  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0984  hypothetical protein  32.9 
 
 
408 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5014  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  30.89 
 
 
415 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1136  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  36.03 
 
 
422 aa  179  5.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0618918 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5185  acyl-CoA dehydrogenase family protein  32.19 
 
 
401 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2635  putative Acyl-CoA dehydrogenase  33.16 
 
 
404 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0578024  hitchhiker  0.0000107423 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2998  acyl-CoA dehydrogenase type 2  33.6 
 
 
410 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4988  acyl-CoA dehydrogenase type 2  32.7 
 
 
413 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34300  DszC family monooxygenase  33.51 
 
 
405 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.803163  normal  0.0145718 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>