More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2998 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2755  hypothetical protein  98.29 
 
 
414 aa  810    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2998  acyl-CoA dehydrogenase type 2  100 
 
 
410 aa  824    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2985  acyl-CoA dehydrogenase family protein  66.67 
 
 
426 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.280885  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2550  putative acyl-CoA dehydrogenase  60.83 
 
 
413 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405659  normal  0.31936 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6338  acyl-CoA dehydrogenase type 2  57.42 
 
 
412 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6515  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like  56.69 
 
 
412 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6749  acyl-CoA dehydrogenase type 2  56.69 
 
 
412 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.144379 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2254  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  58.04 
 
 
451 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1523  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  57.79 
 
 
412 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1013  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  57.79 
 
 
412 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153934  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0928  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  58.04 
 
 
412 aa  451  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0398526  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1148  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  57.79 
 
 
412 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1742  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  57.43 
 
 
412 aa  450  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469598  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43650  Acyl-CoA dehydrogenase  57.35 
 
 
414 aa  449  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0618443  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0091  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  57.79 
 
 
412 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2551  putative acyl-CoA dehydrogenase  60.1 
 
 
416 aa  448  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.285917  normal  0.436959 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2934  hypothetical protein  60.15 
 
 
411 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34550  hypothetical protein  60.15 
 
 
411 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7712  Acyl-CoA dehydrogenase, central region  54.59 
 
 
425 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0554  acyl-CoA dehydrogenase type 2  56.49 
 
 
417 aa  438  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5155  acyl-CoA dehydrogenase  52.15 
 
 
422 aa  430  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2054  acyl-CoA dehydrogenase type 2  55.24 
 
 
415 aa  427  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.876427  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5014  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  54.43 
 
 
415 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2362  acyl-CoA dehydrogenase type 2  55.84 
 
 
399 aa  420  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00266653  hitchhiker  0.00112869 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7499  Acyl-CoA dehydrogenase  56.45 
 
 
412 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140498  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34300  DszC family monooxygenase  56.52 
 
 
405 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.803163  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2915  hypothetical protein  55.75 
 
 
405 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.281087  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0877  acyl-CoA dehydrogenase type 2  54.68 
 
 
429 aa  412  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485998  normal  0.261313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3157  acyl-CoA dehydrogenase type 2  51.66 
 
 
407 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5156  acyl-CoA dehydrogenase  50.89 
 
 
420 aa  398  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0718281  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2549  putative acyl-CoA dehydrogenase  51.84 
 
 
434 aa  395  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.354355  normal  0.569351 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0239  Acyl-CoA dehydrogenase-like  54.15 
 
 
397 aa  393  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0223  DszC family monooxygenase  53.11 
 
 
406 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00885592  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0238  acyl-CoA dehydrogenase type 2  53.25 
 
 
393 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.679999  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1903  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  51.32 
 
 
417 aa  385  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0247  acyl-CoA dehydrogenase type 2  52.59 
 
 
393 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5185  acyl-CoA dehydrogenase family protein  52.42 
 
 
401 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4989  acyl-CoA dehydrogenase type 2  51.95 
 
 
393 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31490  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  52.43 
 
 
402 aa  383  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0024  acyl-CoA dehydrogenase type 2  54.18 
 
 
418 aa  382  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.641341 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0353  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  51.65 
 
 
401 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.758482 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1544  hypothetical protein  53.32 
 
 
420 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.86549 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2053  acyl-CoA dehydrogenase type 2  50.52 
 
 
403 aa  377  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0240  Acyl-CoA dehydrogenase-like  47.33 
 
 
413 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3951  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  52.84 
 
 
419 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.865313 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3664  acyl-CoA dehydrogenase type 2  52.41 
 
 
419 aa  372  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.952309  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3957  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  51.9 
 
 
419 aa  371  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0790683  normal  0.786977 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1545  hypothetical protein  51.84 
 
 
416 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.828601  normal  0.5845 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31480  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  47.24 
 
 
424 aa  363  2e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0239  acyl-CoA dehydrogenase type 2  49.39 
 
 
413 aa  362  8e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2916  hypothetical protein  48.41 
 
 
411 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34320  DszC family monooxygenase  47.8 
 
 
411 aa  358  7e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.404084  normal  0.0301883 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6565  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  50.38 
 
 
405 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.191589  normal  0.316976 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0224  DszC family monooxygenase  48.66 
 
 
413 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.88641  hitchhiker  0.00688358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4988  acyl-CoA dehydrogenase type 2  48.54 
 
 
413 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0248  acyl-CoA dehydrogenase type 2  49.49 
 
 
413 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5184  acyl-CoA dehydrogenase family protein  47.57 
 
 
440 aa  353  4e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.995233  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1779  acyl-CoA dehydrogenase type 2  47.24 
 
 
430 aa  347  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.392008  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0354  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  46.52 
 
 
440 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6150  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  50.9 
 
 
405 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00426369  hitchhiker  0.00144914 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2255  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  51.1 
 
 
400 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0930  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  51.1 
 
 
404 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0316102  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1778  acyl-CoA dehydrogenase type 2  51.9 
 
 
425 aa  340  2.9999999999999998e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.251662  normal  0.768767 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1015  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  50.83 
 
 
404 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1521  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  50.83 
 
 
404 aa  339  5e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.954011  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0092  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  50.83 
 
 
404 aa  339  5e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.362932  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2009  acyl-CoA dehydrogenase type 2  48.43 
 
 
411 aa  339  5e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0963467  hitchhiker  0.00351271 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1147  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  50.83 
 
 
400 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6061  acyl-CoA dehydrogenase  50.61 
 
 
326 aa  339  5.9999999999999996e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2572  putative acyl-CoA dehydrogenase  50.51 
 
 
393 aa  336  5e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.275239 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2361  acyl-CoA dehydrogenase type 2  48.98 
 
 
412 aa  328  8e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00969514  hitchhiker  0.0011963 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2008  acyl-CoA dehydrogenase type 2  51.51 
 
 
425 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.200025  hitchhiker  0.00322208 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1370  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  47.33 
 
 
413 aa  318  2e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.478253  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2439  acyl-CoA dehydrogenase family protein  44.82 
 
 
403 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.267155  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4228  acyl-CoA dehydrogenase type 2  50.82 
 
 
412 aa  301  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0568392 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2677  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  43.73 
 
 
433 aa  300  4e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.3001  normal  0.883174 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2571  putative acyl-CoA dehydrogenase  47.98 
 
 
420 aa  297  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.517153  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4516  acyl-CoA dehydrogenase type 2  44.16 
 
 
395 aa  292  6e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.130533 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2440  acyl-CoA dehydrogenase family protein  43.92 
 
 
395 aa  292  1e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0806323  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1370  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  43.7 
 
 
395 aa  290  3e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4227  acyl-CoA dehydrogenase type 2  49.36 
 
 
418 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0340079 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3100  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  39.07 
 
 
392 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0895  acyl-CoA dehydrogenase type 2  44.42 
 
 
398 aa  263  3e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0424541 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0889  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  44.42 
 
 
398 aa  263  4e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0906  acyl-CoA dehydrogenase type 2  44.42 
 
 
398 aa  263  4e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1581  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  39.69 
 
 
413 aa  261  1e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.217261  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1495  hypothetical protein  41.27 
 
 
403 aa  232  8.000000000000001e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0879599  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1377  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.94 
 
 
409 aa  225  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0469267  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3342  acyl-CoA dehydrogenase type 2  35.88 
 
 
410 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3173  acyl-CoA dehydrogenase type 2  37.77 
 
 
415 aa  207  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.203103  normal  0.0489615 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7189  acyl-CoA dehydrogenase  32.71 
 
 
412 aa  196  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3336  acyl-CoA dehydrogenase type 2  37.23 
 
 
407 aa  192  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3110  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  35.53 
 
 
375 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.464185 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3661  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  37.23 
 
 
407 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.454274  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3296  putative acyl-CoA dehydrogenase  31.98 
 
 
409 aa  187  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.187192 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1241  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like  32.03 
 
 
405 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6591  acyl-CoA dehydrogenase type 2  32.03 
 
 
405 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3858  putative acyl-CoA dehydrogenase  34.76 
 
 
451 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.99682 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6195  acyl-CoA dehydrogenase type 2  31.77 
 
 
405 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3501  acyl-CoA dehydrogenase type 2  36.59 
 
 
411 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102842  normal  0.83486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>