More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3342 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3342  acyl-CoA dehydrogenase type 2  100 
 
 
410 aa  830    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7712  Acyl-CoA dehydrogenase, central region  42.24 
 
 
425 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1544  hypothetical protein  41.62 
 
 
420 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.86549 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0240  Acyl-CoA dehydrogenase-like  39.39 
 
 
413 aa  274  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5185  acyl-CoA dehydrogenase family protein  40.78 
 
 
401 aa  273  6e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31480  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  39.44 
 
 
424 aa  272  6e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0353  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  40.52 
 
 
401 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.758482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0239  acyl-CoA dehydrogenase type 2  39.39 
 
 
413 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4988  acyl-CoA dehydrogenase type 2  39.04 
 
 
413 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0247  acyl-CoA dehydrogenase type 2  41.56 
 
 
393 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6515  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like  38.54 
 
 
412 aa  269  7e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6749  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.54 
 
 
412 aa  269  7e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.144379 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6338  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.54 
 
 
412 aa  269  8e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0223  DszC family monooxygenase  41.41 
 
 
406 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00885592  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0238  acyl-CoA dehydrogenase type 2  41.41 
 
 
393 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.679999  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0248  acyl-CoA dehydrogenase type 2  39.39 
 
 
413 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34300  DszC family monooxygenase  41.49 
 
 
405 aa  266  5e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.803163  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0224  DszC family monooxygenase  38.89 
 
 
413 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.88641  hitchhiker  0.00688358 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2254  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  39.56 
 
 
451 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2915  hypothetical protein  41.94 
 
 
405 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.281087  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2677  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  39.64 
 
 
433 aa  264  2e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.3001  normal  0.883174 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1742  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  39.16 
 
 
412 aa  264  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469598  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1148  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  39.56 
 
 
412 aa  264  3e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0091  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  39.56 
 
 
412 aa  264  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1523  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  39.56 
 
 
412 aa  264  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1013  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  39.56 
 
 
412 aa  264  3e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153934  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0928  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  39.56 
 
 
412 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0398526  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2362  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.78 
 
 
399 aa  261  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00266653  hitchhiker  0.00112869 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5156  acyl-CoA dehydrogenase  37.22 
 
 
420 aa  261  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0718281  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4989  acyl-CoA dehydrogenase type 2  39.58 
 
 
393 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2009  acyl-CoA dehydrogenase type 2  40.1 
 
 
411 aa  258  1e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0963467  hitchhiker  0.00351271 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1779  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.77 
 
 
430 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.392008  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1778  acyl-CoA dehydrogenase type 2  40.4 
 
 
425 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.251662  normal  0.768767 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5184  acyl-CoA dehydrogenase family protein  39.18 
 
 
440 aa  256  7e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.995233  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6565  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  39.29 
 
 
405 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.191589  normal  0.316976 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1370  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  38.89 
 
 
413 aa  254  3e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.478253  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0239  Acyl-CoA dehydrogenase-like  38.4 
 
 
397 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2053  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.89 
 
 
403 aa  252  9.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2551  putative acyl-CoA dehydrogenase  38.82 
 
 
416 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.285917  normal  0.436959 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0554  acyl-CoA dehydrogenase type 2  36.79 
 
 
417 aa  251  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1370  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  39.74 
 
 
395 aa  250  3e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0354  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  38.46 
 
 
440 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7499  Acyl-CoA dehydrogenase  39.55 
 
 
412 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140498  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2916  hypothetical protein  38.01 
 
 
411 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34320  DszC family monooxygenase  38.01 
 
 
411 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.404084  normal  0.0301883 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1545  hypothetical protein  39.65 
 
 
416 aa  246  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.828601  normal  0.5845 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1903  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  39.8 
 
 
417 aa  246  6.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5014  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  36.72 
 
 
415 aa  244  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31490  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  38.44 
 
 
402 aa  243  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2361  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.78 
 
 
412 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00969514  hitchhiker  0.0011963 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2549  putative acyl-CoA dehydrogenase  36.2 
 
 
434 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.354355  normal  0.569351 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43650  Acyl-CoA dehydrogenase  36.43 
 
 
414 aa  241  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0618443  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2054  acyl-CoA dehydrogenase type 2  36.96 
 
 
415 aa  241  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.876427  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6150  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  39.12 
 
 
405 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00426369  hitchhiker  0.00144914 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3157  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.13 
 
 
407 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2572  putative acyl-CoA dehydrogenase  38.58 
 
 
393 aa  236  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.275239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2550  putative acyl-CoA dehydrogenase  37.69 
 
 
413 aa  235  9e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405659  normal  0.31936 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2934  hypothetical protein  35.71 
 
 
411 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34550  hypothetical protein  35.71 
 
 
411 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2439  acyl-CoA dehydrogenase family protein  35.38 
 
 
403 aa  229  6e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.267155  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3173  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.81 
 
 
415 aa  228  1e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.203103  normal  0.0489615 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2985  acyl-CoA dehydrogenase family protein  35.82 
 
 
426 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.280885  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5155  acyl-CoA dehydrogenase  33.59 
 
 
422 aa  226  8e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3664  acyl-CoA dehydrogenase type 2  35.73 
 
 
419 aa  225  9e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.952309  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3501  acyl-CoA dehydrogenase type 2  37.53 
 
 
411 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102842  normal  0.83486 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3488  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  37.53 
 
 
411 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3551  acyl-CoA dehydrogenase type 2  37.53 
 
 
411 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.058709  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3951  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  35.61 
 
 
419 aa  224  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.865313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3957  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  35.22 
 
 
419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0790683  normal  0.786977 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0877  acyl-CoA dehydrogenase type 2  35.71 
 
 
429 aa  220  3.9999999999999997e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485998  normal  0.261313 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2008  acyl-CoA dehydrogenase type 2  39.34 
 
 
425 aa  219  5e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.200025  hitchhiker  0.00322208 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1581  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  36.95 
 
 
413 aa  219  7e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.217261  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6061  acyl-CoA dehydrogenase  36.22 
 
 
326 aa  218  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3100  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  31.04 
 
 
392 aa  218  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0930  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.84 
 
 
404 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0316102  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2255  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.84 
 
 
400 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2571  putative acyl-CoA dehydrogenase  39.39 
 
 
420 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.517153  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2755  hypothetical protein  35.62 
 
 
414 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1015  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.57 
 
 
404 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1521  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.57 
 
 
404 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.954011  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0092  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.57 
 
 
404 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.362932  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1147  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  38.57 
 
 
400 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2998  acyl-CoA dehydrogenase type 2  35.88 
 
 
410 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0024  acyl-CoA dehydrogenase type 2  36.32 
 
 
418 aa  212  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.641341 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4228  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.46 
 
 
412 aa  211  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0568392 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4227  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.15 
 
 
418 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0340079 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0895  acyl-CoA dehydrogenase type 2  35.84 
 
 
398 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0424541 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0889  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  35.59 
 
 
398 aa  196  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0906  acyl-CoA dehydrogenase type 2  35.59 
 
 
398 aa  196  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1495  hypothetical protein  34.94 
 
 
403 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0879599  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4334  acyl-CoA dehydrogenase type 2  33.33 
 
 
409 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4516  acyl-CoA dehydrogenase type 2  32.99 
 
 
395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.130533 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2440  acyl-CoA dehydrogenase family protein  32.64 
 
 
395 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0806323  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2935  hypothetical protein  32.64 
 
 
419 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34580  hypothetical protein  32.72 
 
 
419 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.797215  normal  0.181748 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1358  hypothetical protein  31.27 
 
 
434 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992963  normal  0.0243206 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2762  hypothetical protein  30.02 
 
 
412 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7189  acyl-CoA dehydrogenase  31.42 
 
 
412 aa  172  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5260  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  31.9 
 
 
426 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.997637  normal  0.924081 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0855  putative monooxygenase  30.1 
 
 
400 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.110147  normal  0.0297622 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>