More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4604 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4604  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 351 aa  699    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3448  transcriptional regulator, LacI family  72.21 
 
 		 347 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.832183 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3158  transcriptional regulator, LacI family  70.78 
 
 		 348 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0309  LacI family transcription regulator  38.24 
 
 		 342 aa  176  6e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543523  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3013  transcriptional regulator, LacI family  36.83 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.168933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  34.82 
 
 		 350 aa  149  6e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3091  LacI family transcription regulator  36.43 
 
 		 328 aa  149  9e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.19 
 
 		 336 aa  146  6e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  28.96 
 
 		 336 aa  146  6e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  36.07 
 
 		 335 aa  142  8e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07090  transcriptional regulator  34.53 
 
 		 344 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.72012 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  34.59 
 
 		 333 aa  139  7e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  29.24 
 
 		 338 aa  139  1e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3944  transcriptional regulator, LacI family  28.75 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.912483  normal  0.813544 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 348 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0329  LacI family transcription regulator  30.06 
 
 		 347 aa  138  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16025  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2753  transcriptional regulator, LacI family  34.72 
 
 		 344 aa  137  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  29.45 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  28.05 
 
 		 329 aa  136  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  32.12 
 
 		 391 aa  136  4e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  31.23 
 
 		 332 aa  136  5e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0300  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 339 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.742054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  29.71 
 
 		 349 aa  135  8e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0271  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 342 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  28.23 
 
 		 335 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1692  LacI family transcription regulator  30.14 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1905  LacI family transcription regulator  33.82 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0201  transcriptional regulator, LacI family  33.06 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0642992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4596  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0502076 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29250  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 651 aa  134  3e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  31.63 
 
 		 340 aa  133  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3679  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 340 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  29.7 
 
 		 353 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6389  transcriptional regulator, LacI family  32.12 
 
 		 342 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3140  transcriptional regulator, LacI family  32.43 
 
 		 344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.636128 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3381  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289071 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  30.45 
 
 		 339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 346 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  30.29 
 
 		 337 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  27.91 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  29.3 
 
 		 335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05320  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3340  LacI family transcription regulator  34.75 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1821  LacI family transcription regulator  29.79 
 
 		 338 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5102  transcriptional regulator, LacI family  34.65 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  30.86 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0372  transcriptional regulator, LacI family  35.82 
 
 		 325 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.23 
 
 		 339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.54 
 
 		 333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  30.68 
 
 		 346 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1286  LacI family transcription regulator  28.02 
 
 		 338 aa  130  5.0000000000000004e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000013505  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  27.21 
 
 		 333 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.91 
 
 		 330 aa  129  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 		 332 aa  129  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6994  LacI family transcription regulator  30.25 
 
 		 359 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  27.83 
 
 		 355 aa  129  6e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  28.78 
 
 		 348 aa  129  8.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0074  LacI family transcription regulator  30.62 
 
 		 351 aa  129  8.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.840414  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  32.26 
 
 		 362 aa  129  9.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2249  LacI family transcription regulator  27.36 
 
 		 333 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00326004  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0983  ribose operon repressor, putative  30.2 
 
 		 363 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  27.36 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  27.36 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  27.63 
 
 		 331 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  27.36 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1640  LacI family transcription regulator  25.98 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  27.36 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3792  transcriptional regulator LacI family  31.67 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.190437  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  27.51 
 
 		 366 aa  127  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  25.44 
 
 		 346 aa  127  3e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  29.68 
 
 		 353 aa  127  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2764  alanine racemase  32.08 
 
 		 340 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0923309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  31.21 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1093  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 		 351 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137161  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0297  degradation activator  27.39 
 
 		 334 aa  126  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0303599  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2486  ribose operon repressor RbsR  30.18 
 
 		 331 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.008295 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  27.43 
 
 		 347 aa  126  6e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4573  LacI family transcription regulator  28.77 
 
 		 350 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.119042 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  26.76 
 
 		 324 aa  126  6e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0794  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 332 aa  126  7e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0126496 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2376  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 352 aa  125  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 		 338 aa  125  9e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  28.94 
 
 		 351 aa  125  9e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  30.86 
 
 		 337 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  31.43 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  30.54 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5195  transcriptional regulator LacI family  31.71 
 
 		 358 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5418  transcriptional regulator, LacI family  29.39 
 
 		 356 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263593 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  27.6 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  30.11 
 
 		 357 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  30.81 
 
 		 332 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  29.33 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0495  LacI family transcription regulator  29.36 
 
 		 354 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1882  LacI family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.711539 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.53 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  28.24 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4670  transcriptional regulator, LacI family  31.23 
 
 		 328 aa  124  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.659427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0593  transcriptional regulator, LacI family  34.49 
 
 		 328 aa  124  3e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0805  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.88 
 
 		 364 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00229  putative GalR repressor of contiguous operon, likely to bind a galactoside  30.04 
 
 		 351 aa  124  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>