More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3988 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3988  ABC transporter related  100 
 
 		 547 aa  1104    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.704503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4026  ABC transporter related  58.61 
 
 		 546 aa  638    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.393631  normal  0.697509 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5352  ABC transporter related  71.08 
 
 		 544 aa  772    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.692209 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5404  ABC transporter related  71.08 
 
 		 544 aa  773    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.235507  decreased coverage  0.00147169 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5077  ABC transporter related  57.33 
 
 		 549 aa  605  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.704503  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1379  ABC transporter ATP-binding protein  49.2 
 
 		 627 aa  508  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2402  ABC transporter related  49.2 
 
 		 615 aa  509  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001228  ABC transporter ATP-binding protein  49.91 
 
 		 543 aa  509  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05094  hypothetical protein  50.09 
 
 		 543 aa  507  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3002  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.21 
 
 		 625 aa  506  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0261  ABC transporter, ATP-binding protein  50.19 
 
 		 539 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.854245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1490  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.85 
 
 		 633 aa  504  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.281538  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3871  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  48.03 
 
 		 617 aa  503  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7329  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  49.29 
 
 		 626 aa  503  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.148864  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0609  ABC transporter related  50.45 
 
 		 609 aa  504  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0436309  normal  0.62528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4590  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  49.3 
 
 		 625 aa  499  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0191447  normal  0.806618 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5559  ABC transporter related  48.65 
 
 		 570 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.153225  normal  0.0799333 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6678  ABC transporter related  49.46 
 
 		 562 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1252  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.96 
 
 		 629 aa  500  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0894712  normal  0.866591 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4108  ABC transporter related  48.22 
 
 		 612 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0463  ABC transporter, ATP-binding protein  43.5 
 
 		 609 aa  499  1e-140  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1819  ATPase components of various ABC-type transport systems contain duplicated ATPase  49.55 
 
 		 593 aa  498  1e-139  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0376212  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2975  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  48.32 
 
 		 633 aa  496  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4397  ABC transporter related protein  48.93 
 
 		 623 aa  495  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0655491  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0900  glutathione transporter ATP-binding protein  48.94 
 
 		 623 aa  495  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1407  oligopeptide/dipeptide ABC transporter ATP-binding protein-like protein  47.96 
 
 		 630 aa  496  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0243275  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0625  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.27 
 
 		 623 aa  498  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2606  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  50.09 
 
 		 619 aa  498  1e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.865206  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00796  fused predicted peptide transport subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  49.02 
 
 		 612 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.885832  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2813  ABC transporter related protein  49.03 
 
 		 623 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.666718  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0980  glutathione transporter ATP-binding protein  49.03 
 
 		 629 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00813  hypothetical protein  49.02 
 
 		 612 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.991571  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3377  ABC transporter related  48.38 
 
 		 575 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.169433  normal  0.0551648 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3273  acetamidase/formamidase  52.63 
 
 		 592 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1323  glutathione transporter ATP-binding protein  47.72 
 
 		 623 aa  492  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1353  ABC transporter related  49.19 
 
 		 613 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5758  ABC transporter related  47.77 
 
 		 611 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1528  ABC transporter related  47.5 
 
 		 583 aa  492  9.999999999999999e-139  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2519  glutathione transporter ATP-binding protein  48.85 
 
 		 623 aa  493  9.999999999999999e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503965  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0140  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  48.06 
 
 		 632 aa  494  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.403478 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1617  ABC transporter-related protein  51.8 
 
 		 547 aa  492  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3646  ABC transporter related  47.15 
 
 		 609 aa  492  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3570  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.98 
 
 		 633 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.15689 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2991  ABC transporter related  46.02 
 
 		 611 aa  493  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2815  glutathione transporter ATP-binding protein  49.03 
 
 		 623 aa  491  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.990596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0999  glutathione transporter ATP-binding protein  49.64 
 
 		 623 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.666718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6665  ABC transporter related  47.23 
 
 		 611 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00669103 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0978  glutathione transporter ATP-binding protein  49.82 
 
 		 623 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3244  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.89 
 
 		 637 aa  490  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.181718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0889  glutathione transporter ATP-binding protein  49.82 
 
 		 623 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.448185  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3970  ABC transporter related  49.82 
 
 		 640 aa  489  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1824  ABC transporter related  49.17 
 
 		 542 aa  491  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.160839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0716  ABC transporter related  47.22 
 
 		 606 aa  489  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.953426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4108  ABC transporter related  48.39 
 
 		 623 aa  490  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.486076  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0021  ABC transporter related  46.11 
 
 		 610 aa  491  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0245  ABC transporter related  48.78 
 
 		 542 aa  489  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5450  ABC transporter related  48.8 
 
 		 583 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0152019 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5181  ABC transporter related  48.8 
 
 		 573 aa  489  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.141279  normal  0.292066 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5362  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  47.58 
 
 		 611 aa  488  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0887  glutathione transporter ATP-binding protein  49.03 
 
 		 623 aa  491  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4226  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.1 
 
 		 632 aa  489  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2209  ABC transporter related  48.81 
 
 		 542 aa  490  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4135  ABC transporter related  49.16 
 
 		 545 aa  486  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0854  glutathione transporter ATP-binding protein  48.5 
 
 		 623 aa  485  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2045  ABC transporter-like  44.66 
 
 		 627 aa  488  1e-136  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0344887  normal  0.804601 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2425  ABC transporter-like protein  48.26 
 
 		 568 aa  487  1e-136  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0817  ABC transporter related  49.63 
 
 		 545 aa  486  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252314  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1318  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.45 
 
 		 629 aa  487  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0144402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4449  ABC transporter related  49.44 
 
 		 545 aa  488  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.875798 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2636  ABC transporter related  48.98 
 
 		 547 aa  487  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.723017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3102  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  48.25 
 
 		 643 aa  485  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.94565  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3986  ABC transporter related  52.26 
 
 		 592 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4390  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein-like  48.01 
 
 		 619 aa  486  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.394233 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1550  ABC transporter-related protein  48.93 
 
 		 625 aa  488  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0658  ABC peptide transporter  48.41 
 
 		 533 aa  485  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3002  ABC transporter related  49.81 
 
 		 531 aa  486  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4251  ABC transporter related  49.72 
 
 		 558 aa  487  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5116  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (oligopeptide)  47.55 
 
 		 555 aa  486  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3131  ABC transporter related  47.57 
 
 		 640 aa  486  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.022829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1933  ABC transporter related  48.63 
 
 		 542 aa  488  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.120655  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0949  glutathione transporter ATP-binding protein  49.64 
 
 		 623 aa  487  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0916  glutathione transporter ATP-binding protein  49.64 
 
 		 623 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0011  ABC transporter related  48.77 
 
 		 553 aa  486  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0129  ABC transporter related  50.94 
 
 		 539 aa  488  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0006  ABC transporter, ATP-binding protein  47.84 
 
 		 541 aa  482  1e-135  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1927  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, C-terminal  47.87 
 
 		 629 aa  482  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.831202  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0701  peptide ABC transporter ATPase  48.48 
 
 		 543 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1478  ABC oligopeptide transporter, fused ATPase subunits  50.75 
 
 		 539 aa  485  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0559812  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3252  peptide ABC transporter ATPase  52.07 
 
 		 592 aa  484  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1868  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter ATPase  47.31 
 
 		 633 aa  483  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.425351  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4582  ABC transporter related  48.92 
 
 		 619 aa  482  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3919  ABC transporter related  49.53 
 
 		 543 aa  483  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2031  ABC transporter ATP-binding protein  46.12 
 
 		 539 aa  482  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00115375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3805  ABC transporter related  47.08 
 
 		 611 aa  483  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.503567  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3317  ABC transporter related  48.21 
 
 		 545 aa  483  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0279839  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0021  ABC transporter related protein  45.76 
 
 		 601 aa  484  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2537  ABC transporter related  47.5 
 
 		 573 aa  482  1e-135  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000203549 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1755  ABC transporter  48.41 
 
 		 536 aa  478  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0108432 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2286  ABC transporter related  44.26 
 
 		 617 aa  479  1e-134  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.411723 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4790  ABC transporter-like protein protein  43.95 
 
 		 617 aa  480  1e-134  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.918505  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>