262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3114 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 137 aa  274  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  59.4 
 
 		 134 aa  148  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  57.89 
 
 		 134 aa  144  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.68 
 
 		 129 aa  134  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  57.38 
 
 		 133 aa  132  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  52.63 
 
 		 133 aa  131  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  56.56 
 
 		 137 aa  130  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  62.65 
 
 		 95 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  52.22 
 
 		 104 aa  94.7  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.01 
 
 		 99 aa  93.2  9e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  45.38 
 
 		 144 aa  92  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  52.38 
 
 		 93 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.8 
 
 		 131 aa  85.5  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  40.87 
 
 		 108 aa  82.8  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  41.46 
 
 		 124 aa  81.6  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 102 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26490  heat shock protein Hsp15  41.32 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.468539  normal  0.352785 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  40.83 
 
 		 135 aa  76.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  50 
 
 		 89 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.879286 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5459  RNA-binding S4 domain protein  39.84 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507195  normal  0.0728213 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3883  RNA-binding S4 domain protein  43.7 
 
 		 293 aa  75.5  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0134863  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  39.68 
 
 		 136 aa  75.9  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.45 
 
 		 91 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.2 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  45.45 
 
 		 91 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0783  RNA-binding S4 domain protein  42.37 
 
 		 117 aa  75.1  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0491  RNA-binding S4 domain protein  47.56 
 
 		 89 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0549  RNA-binding S4  46.34 
 
 		 89 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213997  normal  0.0613086 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  44.19 
 
 		 91 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  46.25 
 
 		 91 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  41.67 
 
 		 122 aa  73.9  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.05 
 
 		 98 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1408  RNA-binding S4 domain protein  37.19 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  37.69 
 
 		 131 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.53 
 
 		 95 aa  73.6  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3582  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.13 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  38.02 
 
 		 125 aa  72.8  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3749  RNA-binding S4 domain protein  39.37 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1306  RNA-binding S4 domain protein  41.94 
 
 		 124 aa  72  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.424308  decreased coverage  0.000297946 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1642  RNA-binding S4  41.88 
 
 		 147 aa  70.9  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.605711  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  36.09 
 
 		 167 aa  70.9  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  35.04 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.04 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  42.86 
 
 		 98 aa  70.9  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.13 
 
 		 100 aa  70.9  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4803  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.19 
 
 		 93 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0850807  decreased coverage  0.0000637783 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  34.29 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  34.29 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  34.31 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.04 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  34.29 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  34.29 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  34.29 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  34.29 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  34.29 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  43.02 
 
 		 97 aa  70.1  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  34.31 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  37.59 
 
 		 141 aa  69.7  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.82 
 
 		 157 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  37.4 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.14 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12510  heat shock protein Hsp15  41.88 
 
 		 135 aa  68.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.314217  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0879  RNA-binding S4 domain protein  39.84 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.04 
 
 		 135 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.94 
 
 		 98 aa  68.6  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  33.57 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0188  RNA-binding S4 domain protein  41.18 
 
 		 120 aa  68.6  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.327144  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  34.56 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6407  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.5 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0756783  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0859  RNA-binding S4 domain protein  38.84 
 
 		 132 aa  67.4  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617037 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.96 
 
 		 93 aa  67  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0122  RNA-binding S4  39.13 
 
 		 96 aa  66.2  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0142  RNA-binding S4 domain protein  39.62 
 
 		 124 aa  65.9  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3766  RNA-binding S4 domain protein  41.38 
 
 		 122 aa  66.2  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  39.2 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 89 aa  64.7  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  39.2 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2398  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.136626  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  36.72 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.65 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  35.94 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  38.21 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.8 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2663  RNA-binding S4  39.62 
 
 		 120 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.173796  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  40 
 
 		 131 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2708  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.62 
 
 		 120 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0322974 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.76 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2693  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.62 
 
 		 120 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.375467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2104  RNA-binding S4 domain protein  35.2 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1468  RNA-binding S4  33.83 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.369867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2740  RNA-binding S4  40.74 
 
 		 116 aa  62.4  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.944293 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0950  heat shock RNA-binding protein  33.08 
 
 		 146 aa  61.6  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1038  RNA-binding S4  41.86 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  35.94 
 
 		 131 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7545  hypothetical protein  41.89 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  35.25 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0280  RNA-binding S4  45.78 
 
 		 89 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.16081 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2572  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.94 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000329633 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  36.8 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  36.22 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>