199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3883 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3883  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 
293 aa  589  1e-167  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0134863  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3882  hypothetical protein  58.93 
 
 
187 aa  193  4e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00858874  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0783  RNA-binding S4 domain protein  76.52 
 
 
117 aa  181  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5459  RNA-binding S4 domain protein  64.96 
 
 
127 aa  158  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507195  normal  0.0728213 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11300  lipoprotein lprB  47.59 
 
 
185 aa  145  6e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6407  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.39 
 
 
140 aa  145  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0756783  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26490  heat shock protein Hsp15  61.86 
 
 
127 aa  143  4e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.468539  normal  0.352785 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1642  RNA-binding S4  64.1 
 
 
147 aa  142  9e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.605711  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2738  RNA-binding S4 domain protein  64.15 
 
 
132 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000217923  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12510  heat shock protein Hsp15  61.86 
 
 
135 aa  140  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.314217  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1306  RNA-binding S4 domain protein  66.38 
 
 
124 aa  140  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.424308  decreased coverage  0.000297946 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2252  putative lipoprotein LprB  44.64 
 
 
193 aa  139  7e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3766  RNA-binding S4 domain protein  64.96 
 
 
122 aa  137  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2398  RNA-binding S4 domain protein  65.83 
 
 
121 aa  135  8e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.136626  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4439  putative lipoprotein LprB  43.45 
 
 
193 aa  135  8e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134109  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3582  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.26 
 
 
127 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19320  ribosome-associated heat shock protein implicated in recycling of 50S subunit  65.52 
 
 
122 aa  132  6e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  61.21 
 
 
136 aa  132  6.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3749  RNA-binding S4 domain protein  54.7 
 
 
127 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3939  putative lipoprotein LprB  44.1 
 
 
195 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4013  putative lipoprotein LprB  44.1 
 
 
195 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282117  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3953  putative lipoprotein LprB  44.1 
 
 
195 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.825869  normal  0.0126764 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2951  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.07 
 
 
127 aa  122  7e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.139909 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0142  RNA-binding S4 domain protein  58.49 
 
 
124 aa  120  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2663  RNA-binding S4  58.49 
 
 
120 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.173796  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2708  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.49 
 
 
120 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0322974 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2693  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.49 
 
 
120 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.375467  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4432  RNA-binding S4 domain protein  66.04 
 
 
138 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0188  RNA-binding S4 domain protein  53.45 
 
 
120 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.327144  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3238  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.77 
 
 
121 aa  115  6e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.103498  normal  0.852323 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0879  RNA-binding S4 domain protein  58.26 
 
 
128 aa  113  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0859  RNA-binding S4 domain protein  40.16 
 
 
132 aa  93.2  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00617037 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2104  RNA-binding S4 domain protein  34.71 
 
 
128 aa  87.8  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1408  RNA-binding S4 domain protein  38.52 
 
 
141 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  36.67 
 
 
125 aa  79.7  0.00000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  40.5 
 
 
135 aa  79  0.00000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  37.3 
 
 
167 aa  78.6  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  39.66 
 
 
134 aa  76.6  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.36 
 
 
130 aa  75.9  0.0000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.7 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  38.84 
 
 
133 aa  75.5  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0051  RNA-binding S4 domain-containing protein  30.89 
 
 
131 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0165  heat shock protein 15  34.17 
 
 
145 aa  74.3  0.000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.66 
 
 
129 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  39.84 
 
 
135 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00885  heat shock protein 15  32.79 
 
 
125 aa  73.9  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.467007  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  39.52 
 
 
131 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  38.02 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  38.79 
 
 
132 aa  72  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  38.33 
 
 
131 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.2 
 
 
149 aa  72  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  39.66 
 
 
134 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  33.88 
 
 
128 aa  71.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  39.34 
 
 
125 aa  71.6  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  37.9 
 
 
131 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  40 
 
 
122 aa  70.9  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  37.7 
 
 
133 aa  70.9  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  39.17 
 
 
132 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.02 
 
 
135 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.07 
 
 
138 aa  70.1  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  39.02 
 
 
142 aa  69.7  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00599  heat shock protein  33.33 
 
 
128 aa  70.1  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  38.02 
 
 
132 aa  70.1  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  38.02 
 
 
135 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.02 
 
 
157 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  37.7 
 
 
141 aa  69.3  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  37.19 
 
 
135 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.19 
 
 
135 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  39.66 
 
 
124 aa  68.6  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1277  hypothetical protein  29.34 
 
 
178 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.11092  normal  0.882339 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.43 
 
 
135 aa  68.2  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  39.83 
 
 
133 aa  68.6  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.4 
 
 
133 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.02 
 
 
135 aa  67  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  37.6 
 
 
133 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  38.33 
 
 
130 aa  67  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  37.4 
 
 
135 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4615  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.92 
 
 
135 aa  67  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4962  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.6 
 
 
133 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00162426 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1173  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.21 
 
 
136 aa  66.6  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.116219 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.51 
 
 
135 aa  67  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  36.51 
 
 
135 aa  67  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.6 
 
 
133 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  36.51 
 
 
135 aa  66.6  0.0000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  38.98 
 
 
137 aa  66.2  0.0000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.36 
 
 
135 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  35.96 
 
 
108 aa  65.5  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  34.17 
 
 
127 aa  65.1  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  36.44 
 
 
144 aa  64.3  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  36.36 
 
 
123 aa  63.9  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  37.19 
 
 
131 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  35 
 
 
131 aa  63.5  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5080  hypothetical protein  28.66 
 
 
176 aa  63.5  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.912849 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4071  RNA-binding S4 domain protein  35 
 
 
136 aa  63.2  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.71 
 
 
149 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0365  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.19 
 
 
170 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3894  RNA-binding S4 domain protein  35 
 
 
136 aa  62.8  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0982  hypothetical protein  30.08 
 
 
172 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1000  hypothetical protein  30.08 
 
 
172 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  39.32 
 
 
137 aa  62.8  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.416109 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>