More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1720 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 93 aa  181  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  77.53 
 
 		 102 aa  140  8e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4803  RNA-binding S4 domain-containing protein  92.47 
 
 		 93 aa  138  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0850807  decreased coverage  0.0000637783 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  73.03 
 
 		 91 aa  130  7.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  71.59 
 
 		 91 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  71.59 
 
 		 91 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  61.8 
 
 		 104 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  55.81 
 
 		 124 aa  103  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.33 
 
 		 99 aa  101  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  55.81 
 
 		 137 aa  96.7  9e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  55.81 
 
 		 133 aa  96.7  9e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.1 
 
 		 129 aa  95.9  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  53.93 
 
 		 95 aa  91.7  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  50.59 
 
 		 108 aa  91.7  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.56 
 
 		 131 aa  90.5  8e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.38 
 
 		 137 aa  89.4  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  49.4 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.63 
 
 		 98 aa  84.3  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  49.4 
 
 		 134 aa  84.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0549  RNA-binding S4  46.99 
 
 		 89 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213997  normal  0.0613086 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0122  RNA-binding S4  48.28 
 
 		 96 aa  82  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.6 
 
 		 98 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  49.4 
 
 		 98 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0254  RNA-binding S4 domain protein  53.33 
 
 		 109 aa  80.1  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0491  RNA-binding S4 domain protein  45.24 
 
 		 89 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  44.94 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  51.25 
 
 		 144 aa  77.4  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  45.24 
 
 		 122 aa  77.4  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  44.71 
 
 		 91 aa  77.4  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2572  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.59 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000329633 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  48.75 
 
 		 141 aa  75.9  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  42.53 
 
 		 133 aa  75.1  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 100 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1162  RNA-binding S4 domain protein  50.63 
 
 		 135 aa  74.3  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.7 
 
 		 95 aa  74.3  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.91 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  49.4 
 
 		 132 aa  73.9  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  48.81 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  48.81 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  48.81 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  48.81 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  48.81 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  48.81 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  48.81 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0095  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.62 
 
 		 134 aa  73.6  0.0000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  46.51 
 
 		 125 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  46.99 
 
 		 167 aa  73.2  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4593  heat shock protein 15  40.48 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4117  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.62 
 
 		 99 aa  72.8  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  44.71 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  47.06 
 
 		 89 aa  72  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.879286 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  44.83 
 
 		 142 aa  72.8  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  43.37 
 
 		 140 aa  72  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1649  heat shock protein 15  43.82 
 
 		 136 aa  72.8  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  47.56 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  47.62 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  47.06 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  48.78 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  47.62 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  47.62 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.21 
 
 		 93 aa  70.9  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.88 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03252  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  47.62 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03204  hypothetical protein  47.62 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  46.43 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  47.56 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  46.43 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.25 
 
 		 89 aa  70.5  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  47.62 
 
 		 134 aa  70.1  0.000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  45.78 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  42.53 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  47.56 
 
 		 123 aa  70.1  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  50 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  41.18 
 
 		 97 aa  68.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2740  RNA-binding S4  42.86 
 
 		 116 aa  69.3  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.944293 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.13 
 
 		 141 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  45.88 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  42.53 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.91 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.53 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.71 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1038  RNA-binding S4  46.34 
 
 		 131 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00599  heat shock protein  42.35 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  45.78 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.71 
 
 		 157 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0019  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.71 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.329407  normal  0.209211 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.78 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  45.88 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  45.88 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  45.88 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  45.88 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  44.71 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0280  RNA-binding S4  46.43 
 
 		 89 aa  66.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.16081 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  44.71 
 
 		 130 aa  65.9  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  45.88 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  45.88 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  45.88 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>