212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4348 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  100 
 
 		 133 aa  268  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  57.25 
 
 		 134 aa  153  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  55.73 
 
 		 134 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.63 
 
 		 137 aa  131  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  50.83 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  50 
 
 		 137 aa  109  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 129 aa  108  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  55.81 
 
 		 95 aa  92  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  39.84 
 
 		 144 aa  86.3  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.41 
 
 		 131 aa  84.3  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  39.06 
 
 		 167 aa  84.3  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  35.11 
 
 		 133 aa  82  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  38.89 
 
 		 135 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  44.71 
 
 		 104 aa  78.6  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  38.66 
 
 		 122 aa  79  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  37.31 
 
 		 134 aa  78.2  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3582  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.4 
 
 		 127 aa  77.4  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  37.4 
 
 		 135 aa  77.8  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  37.01 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  38.46 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  38.89 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  38.89 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3749  RNA-binding S4 domain protein  37.29 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  39.84 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  38.89 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  38.89 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  38.89 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  38.89 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  38.89 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  36.96 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  37.01 
 
 		 135 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3883  RNA-binding S4 domain protein  38.84 
 
 		 293 aa  75.5  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0134863  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.3 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  37.3 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.3 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  42.53 
 
 		 93 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.9 
 
 		 99 aa  73.9  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  36.51 
 
 		 135 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.51 
 
 		 149 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.51 
 
 		 135 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  37.5 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.51 
 
 		 157 aa  72  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.3 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  40 
 
 		 137 aa  72  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.416109 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  38.71 
 
 		 125 aa  72  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.46 
 
 		 102 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  36 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.29 
 
 		 139 aa  71.2  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0859  RNA-binding S4 domain protein  34.59 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617037 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.86 
 
 		 89 aa  70.9  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.96 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  38.21 
 
 		 125 aa  70.5  0.000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.96 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  34.96 
 
 		 133 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.96 
 
 		 133 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.96 
 
 		 133 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.96 
 
 		 133 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.96 
 
 		 133 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.92 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26490  heat shock protein Hsp15  37.5 
 
 		 127 aa  69.7  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.468539  normal  0.352785 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6407  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.83 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0756783  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0783  RNA-binding S4 domain protein  38.46 
 
 		 117 aa  69.3  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  37.29 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12510  heat shock protein Hsp15  38.46 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.314217  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.92 
 
 		 133 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.92 
 
 		 133 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5459  RNA-binding S4 domain protein  37.93 
 
 		 127 aa  68.6  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507195  normal  0.0728213 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.13 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  35.71 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.13 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1038  RNA-binding S4  39.09 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  35.71 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  41.77 
 
 		 91 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  38.79 
 
 		 108 aa  67.4  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03252  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.15 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03204  hypothetical protein  34.15 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3766  RNA-binding S4 domain protein  42.37 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  34.45 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1306  RNA-binding S4 domain protein  37.07 
 
 		 124 aa  66.6  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.424308  decreased coverage  0.000297946 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.51 
 
 		 91 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  40.51 
 
 		 91 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  37.1 
 
 		 142 aa  66.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1642  RNA-binding S4  38.14 
 
 		 147 aa  65.5  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.605711  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2398  RNA-binding S4 domain protein  36.36 
 
 		 121 aa  65.5  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.136626  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  33.06 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  35.71 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.4 
 
 		 138 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  35.2 
 
 		 141 aa  64.3  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.77 
 
 		 98 aa  64.3  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1408  RNA-binding S4 domain protein  32.52 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.16 
 
 		 141 aa  63.5  0.0000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  34.56 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  33.06 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0188  RNA-binding S4 domain protein  38.98 
 
 		 120 aa  63.2  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.327144  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  35.59 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1162  RNA-binding S4 domain protein  36.3 
 
 		 135 aa  62  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4803  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.38 
 
 		 93 aa  62  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0850807  decreased coverage  0.0000637783 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0142  RNA-binding S4 domain protein  37.96 
 
 		 124 aa  61.6  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.92 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.664213 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>