62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7545 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7545  hypothetical protein  100 
 
 		 75 aa  146  8e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0491  RNA-binding S4 domain protein  75.71 
 
 		 89 aa  104  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0549  RNA-binding S4  70.42 
 
 		 89 aa  103  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213997  normal  0.0613086 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  64.86 
 
 		 91 aa  99  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  66.2 
 
 		 89 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.879286 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  62.86 
 
 		 97 aa  94.4  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.29 
 
 		 95 aa  94  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0280  RNA-binding S4  71.93 
 
 		 89 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.16081 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.29 
 
 		 99 aa  73.2  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  54.29 
 
 		 104 aa  70.5  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  47.14 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.3 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.14 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  49.3 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  43.84 
 
 		 91 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  47.14 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  47.14 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  46.38 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.07 
 
 		 100 aa  60.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.89 
 
 		 137 aa  60.5  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  47.14 
 
 		 95 aa  59.7  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.43 
 
 		 91 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  45.71 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  41.43 
 
 		 91 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.89 
 
 		 102 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  40 
 
 		 108 aa  58.2  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.53 
 
 		 98 aa  57  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  42.47 
 
 		 93 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.71 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.29 
 
 		 89 aa  48.1  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0122  RNA-binding S4  39.71 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  39.44 
 
 		 135 aa  48.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2740  RNA-binding S4  32.39 
 
 		 116 aa  47.4  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.944293 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.44 
 
 		 93 aa  46.6  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  38.03 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0784  RNA-binding S4  52.17 
 
 		 82 aa  45.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000665287  normal  0.0698441 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4117  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.21 
 
 		 99 aa  45.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  37.68 
 
 		 133 aa  44.7  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  38.16 
 
 		 136 aa  44.3  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  36.23 
 
 		 140 aa  43.9  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.99 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  38.67 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0254  RNA-binding S4 domain protein  42.86 
 
 		 109 aa  43.5  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  39.13 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.99 
 
 		 157 aa  42.7  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4803  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.47 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0850807  decreased coverage  0.0000637783 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.99 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  36.99 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.99 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.99 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4593  heat shock protein 15  34.78 
 
 		 134 aa  42  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  36.23 
 
 		 133 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  36.99 
 
 		 135 aa  42  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.68 
 
 		 138 aa  41.2  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  35.62 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  35.62 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  35.62 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  35.62 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  35.62 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  35.62 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  35.62 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2293  RNA-binding S4 domain-containing protein  36 
 
 		 109 aa  40  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0107303  normal  0.537391 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>