188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0410 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  100 
 
 		 97 aa  191  3e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  70.79 
 
 		 91 aa  137  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0491  RNA-binding S4 domain protein  66.67 
 
 		 89 aa  120  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0549  RNA-binding S4  63.1 
 
 		 89 aa  115  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213997  normal  0.0613086 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  65.12 
 
 		 89 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.879286 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.09 
 
 		 95 aa  106  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0280  RNA-binding S4  63.53 
 
 		 89 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.16081 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7545  hypothetical protein  62.86 
 
 		 75 aa  94.4  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.41 
 
 		 99 aa  85.9  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  45.98 
 
 		 124 aa  82.8  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.67 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  47.67 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  48.86 
 
 		 95 aa  78.6  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  48.81 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.59 
 
 		 129 aa  77.4  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  46.43 
 
 		 91 aa  77  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  46.99 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  46.99 
 
 		 133 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.98 
 
 		 102 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.32 
 
 		 100 aa  72.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.02 
 
 		 137 aa  70.1  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  41.18 
 
 		 93 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  43.96 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  38.55 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.05 
 
 		 98 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  40.45 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.84 
 
 		 98 aa  66.2  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  40 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.51 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  41.3 
 
 		 167 aa  64.7  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  37.65 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  41.25 
 
 		 108 aa  64.3  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0254  RNA-binding S4 domain protein  43.21 
 
 		 109 aa  60.5  0.000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.24 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2738  RNA-binding S4 domain protein  39.29 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000217923  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  34.94 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.33 
 
 		 138 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  34.94 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.51 
 
 		 93 aa  59.3  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  37.97 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  37.97 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  37.97 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  37.97 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  37.97 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  37.97 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  37.97 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0095  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.94 
 
 		 134 aa  57  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4593  heat shock protein 15  35.44 
 
 		 134 aa  56.6  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  37.97 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4803  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.18 
 
 		 93 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0850807  decreased coverage  0.0000637783 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.48 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.25 
 
 		 89 aa  55.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  29.55 
 
 		 142 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  40.24 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  36.59 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0167  heat shock protein 15  32.95 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0728996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  31.33 
 
 		 134 aa  54.7  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  35.44 
 
 		 135 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  36.14 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  36.14 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0165  heat shock protein 15  30.59 
 
 		 145 aa  53.9  0.0000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.07 
 
 		 142 aa  54.3  0.0000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  31.03 
 
 		 141 aa  53.9  0.0000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3569  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.94 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0348447  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2740  RNA-binding S4  35.23 
 
 		 116 aa  53.5  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.944293 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.22 
 
 		 135 aa  53.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.73 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4117  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.02 
 
 		 99 aa  53.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3766  RNA-binding S4 domain protein  34.52 
 
 		 122 aa  53.1  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  36.14 
 
 		 131 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.71 
 
 		 132 aa  52.8  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.18465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.94 
 
 		 135 aa  53.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.73 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.73 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02152  putative heat shock protein 15-like protein  43.82 
 
 		 176 aa  52.8  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.73 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.73 
 
 		 133 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.73 
 
 		 133 aa  52.8  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1408  RNA-binding S4 domain protein  30.85 
 
 		 141 aa  52  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  33.72 
 
 		 127 aa  52.4  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  40.23 
 
 		 130 aa  52.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  33.73 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  32.22 
 
 		 135 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1649  heat shock protein 15  37.5 
 
 		 136 aa  51.6  0.000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.56 
 
 		 139 aa  52  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.73 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.91 
 
 		 135 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.91 
 
 		 157 aa  51.6  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  34.52 
 
 		 135 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  33.77 
 
 		 135 aa  50.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2293  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.78 
 
 		 109 aa  51.2  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0107303  normal  0.537391 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.77 
 
 		 135 aa  50.8  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  36.71 
 
 		 131 aa  50.8  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  33.77 
 
 		 135 aa  50.8  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  28.74 
 
 		 128 aa  50.8  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3238  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.73 
 
 		 121 aa  50.8  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.103498  normal  0.852323 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  32.53 
 
 		 133 aa  50.1  0.000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0142  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.8 
 
 		 132 aa  50.4  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  32.53 
 
 		 133 aa  50.1  0.000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.77 
 
 		 135 aa  50.4  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>