219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1827 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 89 aa  178  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  59.26 
 
 		 98 aa  95.5  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  52.33 
 
 		 124 aa  95.5  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.02 
 
 		 98 aa  92.8  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.56 
 
 		 100 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  47.5 
 
 		 134 aa  81.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  47.73 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  45.57 
 
 		 134 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.72 
 
 		 131 aa  77  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.75 
 
 		 99 aa  76.3  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  43.04 
 
 		 108 aa  75.5  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  45 
 
 		 95 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 98 aa  75.9  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  51.25 
 
 		 93 aa  74.7  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  47.06 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  47.5 
 
 		 95 aa  75.1  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1038  RNA-binding S4  45.45 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  46.59 
 
 		 132 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  46.59 
 
 		 132 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  43.82 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  43.82 
 
 		 137 aa  73.9  0.0000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  42.86 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.57 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  45.57 
 
 		 140 aa  72  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  47.06 
 
 		 91 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.06 
 
 		 91 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2293  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.98 
 
 		 109 aa  71.6  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0107303  normal  0.537391 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  44.32 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  44.32 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  44.32 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  44.32 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  44.32 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  44.32 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  44.32 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  43.18 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 102 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  44.32 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.32 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.32 
 
 		 135 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  46.59 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  46.59 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  43.18 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.45 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.32 
 
 		 157 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  48.19 
 
 		 91 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.18 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  46.67 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.15 
 
 		 141 aa  70.1  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  46.59 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  46.59 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  46.59 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  46.59 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  46.59 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  48.15 
 
 		 135 aa  68.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  42.05 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  45 
 
 		 141 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  42.05 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.91 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.91 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  46.25 
 
 		 89 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.879286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.38 
 
 		 149 aa  68.2  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  47.78 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.15 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  42.5 
 
 		 141 aa  67.4  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03252  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  43.18 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  42.5 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0549  RNA-binding S4  42.5 
 
 		 89 aa  67  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213997  normal  0.0613086 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03204  hypothetical protein  43.18 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.44 
 
 		 93 aa  66.6  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.05 
 
 		 135 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  44.32 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4117  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.21 
 
 		 99 aa  65.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  45 
 
 		 142 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2572  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.99 
 
 		 153 aa  65.5  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000329633 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0464  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.84 
 
 		 130 aa  65.9  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  36.36 
 
 		 133 aa  66.2  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  44.05 
 
 		 134 aa  65.1  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.75 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  41.25 
 
 		 91 aa  64.3  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  43.75 
 
 		 167 aa  64.3  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  46.91 
 
 		 137 aa  64.3  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.416109 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  41.25 
 
 		 97 aa  64.3  0.0000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0491  RNA-binding S4 domain protein  41.25 
 
 		 89 aa  62.8  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  40.91 
 
 		 130 aa  63.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0249  RNA-binding S4 domain protein  41.46 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4803  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.5 
 
 		 93 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0850807  decreased coverage  0.0000637783 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  42.05 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  45.57 
 
 		 144 aa  62  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  40.91 
 
 		 131 aa  62  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  40.51 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  40.91 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1173  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.25 
 
 		 136 aa  61.2  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116219 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0228  RNA-binding S4  41.98 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2740  RNA-binding S4  39.77 
 
 		 116 aa  60.5  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.944293 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7545  hypothetical protein  44.29 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  43.04 
 
 		 125 aa  60.1  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  40.96 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>