189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0075 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  100 
 
 		 144 aa  282  1.0000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  45.97 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  45.97 
 
 		 134 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.44 
 
 		 131 aa  98.6  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.94 
 
 		 130 aa  96.3  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  46.55 
 
 		 108 aa  95.5  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  48.33 
 
 		 133 aa  94  7e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  48.33 
 
 		 137 aa  93.6  8e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.38 
 
 		 137 aa  92.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.67 
 
 		 129 aa  90.5  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  50.83 
 
 		 135 aa  87.4  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  39.84 
 
 		 133 aa  86.3  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  44.54 
 
 		 122 aa  85.1  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  44.54 
 
 		 124 aa  84  7e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.48 
 
 		 149 aa  82  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.61 
 
 		 139 aa  80.9  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.7 
 
 		 138 aa  80.5  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  43.09 
 
 		 134 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.52 
 
 		 141 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  53.66 
 
 		 95 aa  78.2  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  42.86 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  40.16 
 
 		 167 aa  77.8  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  52.56 
 
 		 93 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  43.22 
 
 		 142 aa  77.4  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0249  RNA-binding S4 domain protein  39.84 
 
 		 137 aa  76.3  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  43.33 
 
 		 123 aa  76.3  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  42.74 
 
 		 131 aa  75.9  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.06 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2572  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.19 
 
 		 153 aa  75.9  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000329633 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.06 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.06 
 
 		 133 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  43.7 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.28 
 
 		 133 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  42.37 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.28 
 
 		 133 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.35 
 
 		 133 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  44.53 
 
 		 137 aa  74.7  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.416109 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  48.81 
 
 		 98 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.81 
 
 		 98 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.7 
 
 		 135 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  42.86 
 
 		 135 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.86 
 
 		 135 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  39.84 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.65 
 
 		 133 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.84 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  44.54 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.65 
 
 		 133 aa  73.2  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  42.02 
 
 		 131 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.84 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  45.16 
 
 		 130 aa  73.6  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.84 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.84 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  42.74 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  44.54 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  44.54 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0328  RNA-binding S4 domain protein  38.64 
 
 		 137 aa  72.8  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6407  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.54 
 
 		 140 aa  72.4  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0756783  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.86 
 
 		 157 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  44.54 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  44.54 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  44.54 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  44.54 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  44.54 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.74 
 
 		 133 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.89 
 
 		 142 aa  72  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.22 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.16 
 
 		 98 aa  71.6  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  42.86 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  42.5 
 
 		 136 aa  71.6  0.000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  48.15 
 
 		 104 aa  71.6  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0950  heat shock RNA-binding protein  37.5 
 
 		 146 aa  70.9  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  40.32 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.9 
 
 		 100 aa  71.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.33 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  53.16 
 
 		 141 aa  70.9  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.02 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5459  RNA-binding S4 domain protein  39.83 
 
 		 127 aa  70.5  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507195  normal  0.0728213 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0859  RNA-binding S4 domain protein  40.34 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617037 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  43.09 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  41.32 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.71 
 
 		 135 aa  70.1  0.000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0879  RNA-binding S4 domain protein  40.52 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  41.32 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4962  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.88 
 
 		 133 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03252  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.02 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3749  RNA-binding S4 domain protein  39.67 
 
 		 127 aa  68.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  38.81 
 
 		 141 aa  68.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3766  RNA-binding S4 domain protein  40.17 
 
 		 122 aa  68.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  41.18 
 
 		 131 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.25 
 
 		 102 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03204  hypothetical protein  39.02 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1468  RNA-binding S4  35.25 
 
 		 146 aa  68.2  0.00000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.369867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3894  RNA-binding S4 domain protein  36.29 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  38.52 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  45 
 
 		 99 aa  67.8  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2951  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.72 
 
 		 127 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139909 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3238  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.82 
 
 		 121 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.103498  normal  0.852323 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0365  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 		 170 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  38.94 
 
 		 127 aa  67.8  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1642  RNA-binding S4  40.34 
 
 		 147 aa  67.4  0.00000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.605711  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>