215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3894 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3894  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 136 aa  279  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4071  RNA-binding S4 domain protein  97.06 
 
 		 136 aa  273  5e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0328  RNA-binding S4 domain protein  82.48 
 
 		 137 aa  231  3e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4615  RNA-binding S4 domain-containing protein  79.26 
 
 		 135 aa  227  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0249  RNA-binding S4 domain protein  82.68 
 
 		 137 aa  220  4e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  77.1 
 
 		 133 aa  217  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  77.1 
 
 		 133 aa  216  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  77.1 
 
 		 133 aa  216  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  77.1 
 
 		 133 aa  216  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  77.1 
 
 		 133 aa  216  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  75.57 
 
 		 133 aa  215  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  78.4 
 
 		 133 aa  212  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  78.4 
 
 		 133 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  78.4 
 
 		 133 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  78.4 
 
 		 133 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  78.4 
 
 		 133 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  78.4 
 
 		 133 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  78.4 
 
 		 133 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  77.95 
 
 		 135 aa  211  3.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  77.95 
 
 		 135 aa  211  3.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  77.17 
 
 		 135 aa  209  7.999999999999999e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03252  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  77.6 
 
 		 133 aa  209  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03204  hypothetical protein  77.6 
 
 		 133 aa  209  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1649  heat shock protein 15  72.22 
 
 		 136 aa  196  7.999999999999999e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2926  heat shock protein 15  68.29 
 
 		 133 aa  181  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00599  heat shock protein  67.2 
 
 		 128 aa  176  7e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4360  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.66 
 
 		 132 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  64.57 
 
 		 127 aa  172  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4736  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.6 
 
 		 132 aa  165  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00728557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3621  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.24 
 
 		 130 aa  165  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0308418  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0164  heat shock protein 15  62.02 
 
 		 132 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0103  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.67 
 
 		 132 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.81 
 
 		 132 aa  160  7e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.18465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0167  heat shock protein 15  61.29 
 
 		 134 aa  160  7e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0728996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.11 
 
 		 132 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0154  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.3 
 
 		 132 aa  158  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.29084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0142  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.14 
 
 		 132 aa  155  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3569  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.35 
 
 		 132 aa  155  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0348447  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0119  RNA-binding S4  57.72 
 
 		 132 aa  152  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0359647  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  60.83 
 
 		 134 aa  151  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0151  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.33 
 
 		 132 aa  150  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.245693 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0147  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.33 
 
 		 132 aa  150  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.834314  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0150  RNA-binding S4 domain protein  58.33 
 
 		 132 aa  150  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4208  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.5 
 
 		 132 aa  148  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.513978  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0228  RNA-binding S4  54.03 
 
 		 138 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0365  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.14 
 
 		 170 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4593  heat shock protein 15  56.67 
 
 		 134 aa  138  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0095  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.65 
 
 		 134 aa  139  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.87 
 
 		 135 aa  138  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  55.91 
 
 		 131 aa  138  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  55.56 
 
 		 130 aa  136  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  55.12 
 
 		 131 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.6 
 
 		 142 aa  134  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001894  ribosome-associated heat shock protein  67 
 
 		 100 aa  134  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0019  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.38 
 
 		 138 aa  133  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.329407  normal  0.209211 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2659  RNA-binding S4  54.1 
 
 		 130 aa  130  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.793293  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  53.6 
 
 		 133 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.6 
 
 		 133 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4962  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.46 
 
 		 133 aa  128  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0265  RNA-binding S4  54.2 
 
 		 135 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  53.66 
 
 		 135 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  52 
 
 		 135 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.8 
 
 		 133 aa  125  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1468  RNA-binding S4  49.62 
 
 		 146 aa  126  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.369867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  51.64 
 
 		 128 aa  125  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0950  heat shock RNA-binding protein  49.22 
 
 		 146 aa  123  9e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  48.82 
 
 		 132 aa  116  9e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1173  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.04 
 
 		 136 aa  115  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116219 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  47.93 
 
 		 125 aa  113  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  48.78 
 
 		 142 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  44.53 
 
 		 131 aa  110  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.83 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  47.06 
 
 		 133 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.72 
 
 		 139 aa  99  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  47.62 
 
 		 137 aa  98.2  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.416109 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1817  heat shock protein 15  43.94 
 
 		 141 aa  96.7  9e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  44.92 
 
 		 141 aa  95.1  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 		 167 aa  94.7  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  44.92 
 
 		 135 aa  94.7  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.09 
 
 		 138 aa  94.4  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.84 
 
 		 130 aa  90.5  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.84 
 
 		 141 aa  88.2  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  44.14 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  38.81 
 
 		 134 aa  85.9  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1162  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 		 135 aa  85.1  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  37.7 
 
 		 122 aa  84.3  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02152  putative heat shock protein 15-like protein  40 
 
 		 176 aa  84.3  5e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  42.98 
 
 		 140 aa  84.3  5e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  39.17 
 
 		 123 aa  84  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  38.1 
 
 		 134 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  38.76 
 
 		 131 aa  82  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  46.25 
 
 		 125 aa  82  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  37.98 
 
 		 132 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  37.21 
 
 		 132 aa  80.9  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  36.8 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  41.18 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.19 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  37.19 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.19 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  36.36 
 
 		 135 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>