204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1589 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  100 
 
 		 136 aa  261  2e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6407  RNA-binding S4 domain-containing protein  68.29 
 
 		 140 aa  162  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0756783  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5459  RNA-binding S4 domain protein  58.02 
 
 		 127 aa  142  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507195  normal  0.0728213 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26490  heat shock protein Hsp15  64.75 
 
 		 127 aa  141  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.468539  normal  0.352785 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3883  RNA-binding S4 domain protein  61.21 
 
 		 293 aa  132  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0134863  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2738  RNA-binding S4 domain protein  62.5 
 
 		 132 aa  130  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000217923  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3766  RNA-binding S4 domain protein  58.68 
 
 		 122 aa  129  9e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3582  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.4 
 
 		 127 aa  128  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12510  heat shock protein Hsp15  53.28 
 
 		 135 aa  127  4.0000000000000003e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.314217  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3749  RNA-binding S4 domain protein  53.6 
 
 		 127 aa  126  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1306  RNA-binding S4 domain protein  57.38 
 
 		 124 aa  120  4e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.424308  decreased coverage  0.000297946 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0783  RNA-binding S4 domain protein  54.87 
 
 		 117 aa  117  3.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19320  ribosome-associated heat shock protein implicated in recycling of 50S subunit  62.18 
 
 		 122 aa  116  9.999999999999999e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1642  RNA-binding S4  55.75 
 
 		 147 aa  116  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.605711  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0142  RNA-binding S4 domain protein  53.33 
 
 		 124 aa  110  7.000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2951  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.1 
 
 		 127 aa  105  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139909 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0188  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 		 120 aa  103  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.327144  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4432  RNA-binding S4 domain protein  50.89 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2104  RNA-binding S4 domain protein  41.88 
 
 		 128 aa  100  6e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3238  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.57 
 
 		 121 aa  100  6e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.103498  normal  0.852323 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0879  RNA-binding S4 domain protein  52.21 
 
 		 128 aa  99.4  2e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2663  RNA-binding S4  49.52 
 
 		 120 aa  98.2  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.173796  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2708  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.52 
 
 		 120 aa  98.2  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0322974 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2693  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.52 
 
 		 120 aa  98.2  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.375467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2398  RNA-binding S4 domain protein  53.91 
 
 		 121 aa  97.8  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.136626  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00885  heat shock protein 15  38.66 
 
 		 125 aa  88.2  3e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.467007  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0859  RNA-binding S4 domain protein  37.82 
 
 		 132 aa  86.7  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617037 
 
 
-
 
NC_002950  PG0165  heat shock protein 15  36.67 
 
 		 145 aa  84.7  3e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.72 
 
 		 130 aa  83.6  8e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  38.46 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  38.89 
 
 		 131 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.17 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0051  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.52 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  37.5 
 
 		 167 aa  79.7  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00599  heat shock protein  33.82 
 
 		 128 aa  79.7  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.3 
 
 		 149 aa  77  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  39.23 
 
 		 134 aa  77  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  33.08 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  41.32 
 
 		 141 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.35 
 
 		 135 aa  75.9  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.68 
 
 		 137 aa  75.9  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  38.93 
 
 		 134 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  32.77 
 
 		 128 aa  74.7  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  37.4 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  37.3 
 
 		 135 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  37.82 
 
 		 131 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  37.19 
 
 		 130 aa  73.2  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  38.14 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  36.76 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  42.5 
 
 		 144 aa  71.6  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0365  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.02 
 
 		 170 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.14 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.14 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2926  heat shock protein 15  32.33 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  33.33 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  40.48 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  37.29 
 
 		 124 aa  70.5  0.000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  39.68 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.68 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1408  RNA-binding S4 domain protein  34.78 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.31 
 
 		 139 aa  70.5  0.000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  37.82 
 
 		 135 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.71 
 
 		 138 aa  70.1  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4962  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.14 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162426 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  35.82 
 
 		 133 aa  70.1  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.68 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.2 
 
 		 157 aa  68.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  35.29 
 
 		 131 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0265  RNA-binding S4  33.9 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  36.43 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  37.5 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  36.22 
 
 		 132 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  37.21 
 
 		 135 aa  67  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.89 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.88 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  35.96 
 
 		 108 aa  65.9  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.13 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  26.92 
 
 		 132 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.18465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  34.13 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0103  RNA-binding S4 domain-containing protein  28.36 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4615  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.15 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  36.43 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0164  heat shock protein 15  27.07 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  34.13 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  39.02 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  34.56 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  30.53 
 
 		 142 aa  63.5  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  36.13 
 
 		 122 aa  62  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1649  heat shock protein 15  29.27 
 
 		 136 aa  62.4  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3569  RNA-binding S4 domain-containing protein  27.48 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0348447  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  35.11 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  31.45 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  31.45 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  31.45 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  31.45 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0228  RNA-binding S4  29.77 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  31.45 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  31.45 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>