240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1002 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  100 
 
 		 131 aa  269  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1038  RNA-binding S4  80 
 
 		 131 aa  211  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  58.78 
 
 		 131 aa  156  9e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  58.78 
 
 		 132 aa  155  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  58.02 
 
 		 132 aa  156  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  58.91 
 
 		 135 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  58.91 
 
 		 135 aa  152  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  58.91 
 
 		 135 aa  153  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  58.14 
 
 		 135 aa  152  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  58.91 
 
 		 135 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  58.91 
 
 		 135 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  58.91 
 
 		 135 aa  152  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  58.91 
 
 		 135 aa  152  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  58.91 
 
 		 135 aa  152  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.73 
 
 		 149 aa  150  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  60.16 
 
 		 135 aa  150  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.15 
 
 		 135 aa  149  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  56.15 
 
 		 135 aa  149  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.15 
 
 		 135 aa  149  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  56.15 
 
 		 135 aa  148  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.15 
 
 		 135 aa  148  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.38 
 
 		 157 aa  147  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.38 
 
 		 135 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.87 
 
 		 139 aa  139  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.2 
 
 		 149 aa  132  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  52.07 
 
 		 122 aa  129  9e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.03 
 
 		 138 aa  128  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  56.9 
 
 		 141 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  54.62 
 
 		 142 aa  127  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  50.41 
 
 		 133 aa  122  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  53.17 
 
 		 134 aa  121  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  55.37 
 
 		 134 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1639  RNA-binding S4 domain-containing protein  56 
 
 		 141 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.290258 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  50.83 
 
 		 125 aa  115  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  53.39 
 
 		 137 aa  114  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.416109 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  49.59 
 
 		 123 aa  111  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  49.58 
 
 		 135 aa  110  8.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.8 
 
 		 130 aa  109  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  48.82 
 
 		 167 aa  107  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  46.03 
 
 		 131 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  51.02 
 
 		 140 aa  105  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1173  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.34 
 
 		 136 aa  102  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116219 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.24 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  45.24 
 
 		 133 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4962  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.24 
 
 		 133 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.24 
 
 		 133 aa  101  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1468  RNA-binding S4  43.85 
 
 		 146 aa  100  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.369867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  43.08 
 
 		 135 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  43.09 
 
 		 130 aa  98.6  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  45.16 
 
 		 132 aa  98.2  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1162  RNA-binding S4 domain protein  46.55 
 
 		 135 aa  98.2  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  58.75 
 
 		 141 aa  98.2  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0950  heat shock RNA-binding protein  42.75 
 
 		 146 aa  97.4  5e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  41.98 
 
 		 135 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2572  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.6 
 
 		 153 aa  97.1  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000329633 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  42.74 
 
 		 131 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0142  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.44 
 
 		 132 aa  95.9  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0119  RNA-binding S4  40.62 
 
 		 132 aa  96.7  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0359647  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0365  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.75 
 
 		 170 aa  95.9  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0228  RNA-binding S4  44.17 
 
 		 138 aa  96.3  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0265  RNA-binding S4  43.65 
 
 		 135 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00599  heat shock protein  42.98 
 
 		 128 aa  94.4  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02152  putative heat shock protein 15-like protein  41.04 
 
 		 176 aa  94  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  38.84 
 
 		 128 aa  92.8  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4736  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.62 
 
 		 132 aa  93.2  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00728557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3621  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.94 
 
 		 130 aa  92  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0308418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2926  heat shock protein 15  41.32 
 
 		 133 aa  91.7  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.09 
 
 		 135 aa  91.7  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4360  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.98 
 
 		 132 aa  91.3  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.8 
 
 		 142 aa  90.9  5e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3569  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.64 
 
 		 132 aa  90.9  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0348447  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0103  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.16 
 
 		 132 aa  90.5  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0151  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.17 
 
 		 132 aa  90.1  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.245693 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0147  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.17 
 
 		 132 aa  90.1  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.834314  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4208  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.17 
 
 		 132 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.513978  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0150  RNA-binding S4 domain protein  39.17 
 
 		 132 aa  90.1  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2659  RNA-binding S4  42.5 
 
 		 130 aa  89  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.793293  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  39.52 
 
 		 131 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 		 133 aa  88.2  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40 
 
 		 133 aa  88.2  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40 
 
 		 133 aa  88.2  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40 
 
 		 133 aa  88.2  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40 
 
 		 133 aa  88.2  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40 
 
 		 133 aa  88.2  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40 
 
 		 133 aa  88.2  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  39.17 
 
 		 134 aa  87.8  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.83 
 
 		 133 aa  88.2  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.83 
 
 		 133 aa  87.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.83 
 
 		 133 aa  87.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0167  heat shock protein 15  38.79 
 
 		 134 aa  87  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0728996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.2 
 
 		 133 aa  86.7  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40 
 
 		 133 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40 
 
 		 133 aa  86.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  40.94 
 
 		 125 aa  86.3  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.34 
 
 		 132 aa  86.3  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.18465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0464  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.42 
 
 		 130 aa  86.7  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0164  heat shock protein 15  39.34 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2104  RNA-binding S4 domain protein  35.29 
 
 		 128 aa  85.1  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.34 
 
 		 132 aa  85.1  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0154  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.34 
 
 		 132 aa  84.7  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.29084  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>