226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1559 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 
100 aa  197  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  85.87 
 
 
98 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  85.87 
 
 
98 aa  160  8.000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  55.56 
 
 
124 aa  104  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  51.14 
 
 
108 aa  94  7e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.56 
 
 
131 aa  88.6  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.61 
 
 
99 aa  87.8  5e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2293  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.87 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0107303  normal  0.537391 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  49.45 
 
 
167 aa  85.5  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  50 
 
 
95 aa  85.1  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4117  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.46 
 
 
99 aa  80.9  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  51.81 
 
 
104 aa  79  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  46.39 
 
 
137 aa  78.6  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.56 
 
 
129 aa  78.6  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  46.39 
 
 
133 aa  78.6  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.56 
 
 
89 aa  78.6  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.25 
 
 
102 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.12 
 
 
98 aa  77  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  49.4 
 
 
89 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.879286 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 
93 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  45.45 
 
 
133 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  45.45 
 
 
133 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  45.45 
 
 
133 aa  75.1  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.88 
 
 
93 aa  74.3  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  44.32 
 
 
133 aa  74.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  44.32 
 
 
133 aa  74.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  48.75 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  48.75 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  48.75 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  44.32 
 
 
97 aa  72.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  48.75 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  48.75 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0549  RNA-binding S4  42.17 
 
 
89 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213997  normal  0.0613086 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2740  RNA-binding S4  42.22 
 
 
116 aa  73.2  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.944293 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  48.75 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  48.75 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  46.25 
 
 
91 aa  72.8  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  45 
 
 
95 aa  72.4  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  41.11 
 
 
134 aa  72  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  51.9 
 
 
144 aa  71.6  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  51.28 
 
 
141 aa  71.6  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.13 
 
 
137 aa  70.9  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2572  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.83 
 
 
153 aa  70.9  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000329633 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0122  RNA-binding S4  43.96 
 
 
96 aa  70.5  0.000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03252  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  47.5 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03204  hypothetical protein  47.5 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  42.22 
 
 
134 aa  69.7  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  42.5 
 
 
133 aa  70.1  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  47.06 
 
 
91 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0491  RNA-binding S4 domain protein  44.58 
 
 
89 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0328  RNA-binding S4 domain protein  43.9 
 
 
137 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  47.44 
 
 
91 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.17 
 
 
135 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  42.17 
 
 
135 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  47.19 
 
 
132 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0249  RNA-binding S4 domain protein  45 
 
 
137 aa  67.8  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.44 
 
 
91 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  42.17 
 
 
135 aa  67.4  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  43.21 
 
 
134 aa  67  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.04 
 
 
142 aa  66.2  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  44.94 
 
 
122 aa  66.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  43.96 
 
 
132 aa  66.6  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  45 
 
 
142 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2659  RNA-binding S4  44.09 
 
 
130 aa  66.2  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.793293  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.62 
 
 
135 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  43.18 
 
 
131 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  41.77 
 
 
140 aa  66.6  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  46.15 
 
 
127 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  46.59 
 
 
132 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 
149 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  46.43 
 
 
135 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3894  RNA-binding S4 domain protein  41.25 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4071  RNA-binding S4 domain protein  41.25 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  44.71 
 
 
133 aa  65.9  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.57 
 
 
135 aa  65.5  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.75 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  43.18 
 
 
131 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02152  putative heat shock protein 15-like protein  45.24 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  44.94 
 
 
135 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.02 
 
 
130 aa  64.7  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  45.24 
 
 
135 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.94 
 
 
135 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1649  heat shock protein 15  41.77 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4593  heat shock protein 15  38.75 
 
 
134 aa  63.9  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  43.59 
 
 
125 aa  63.9  0.0000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4615  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.45 
 
 
135 aa  63.9  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  43.82 
 
 
135 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.82 
 
 
135 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.44 
 
 
139 aa  63.5  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  42.05 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  45 
 
 
134 aa  62.8  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  47.62 
 
 
135 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.05 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  45 
 
 
141 aa  63.2  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  43.68 
 
 
123 aa  62.8  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  47.62 
 
 
135 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  47.62 
 
 
135 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  47.62 
 
 
135 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  47.62 
 
 
135 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  47.62 
 
 
135 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>