211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0280 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0280  RNA-binding S4  100 
 
 		 89 aa  175  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.16081 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0549  RNA-binding S4  87.64 
 
 		 89 aa  160  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213997  normal  0.0613086 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0491  RNA-binding S4 domain protein  86.52 
 
 		 89 aa  157  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  68.97 
 
 		 89 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.879286 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  71.76 
 
 		 91 aa  128  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  63.53 
 
 		 97 aa  117  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.9 
 
 		 95 aa  113  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7545  hypothetical protein  70 
 
 		 75 aa  99  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.38 
 
 		 99 aa  88.2  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  53.16 
 
 		 91 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.16 
 
 		 91 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  51.9 
 
 		 91 aa  84  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  42.05 
 
 		 124 aa  83.6  9e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.19 
 
 		 102 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.41 
 
 		 129 aa  83.2  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  51.22 
 
 		 104 aa  82  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  46.43 
 
 		 93 aa  80.1  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  50.6 
 
 		 137 aa  79.7  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  50.6 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  48.24 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  46.43 
 
 		 95 aa  77.4  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  45.98 
 
 		 134 aa  77  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.78 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.31 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 98 aa  72.4  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.37 
 
 		 100 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.19 
 
 		 98 aa  71.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  40 
 
 		 108 aa  70.1  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  44.19 
 
 		 98 aa  68.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  46.43 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  45.24 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.68 
 
 		 149 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4803  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.62 
 
 		 93 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0850807  decreased coverage  0.0000637783 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  43.02 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  43.02 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.02 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.02 
 
 		 157 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  43.02 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  43.02 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  36.14 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  43.02 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  43.02 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  43.02 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.9 
 
 		 93 aa  62  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  42.86 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  42.86 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.86 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.96 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  38.82 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.86 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4593  heat shock protein 15  36.71 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0254  RNA-binding S4 domain protein  43.75 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  40.7 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2740  RNA-binding S4  37.04 
 
 		 116 aa  58.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.944293 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  42.68 
 
 		 167 aa  58.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  38.55 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.67 
 
 		 135 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  38.27 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.5 
 
 		 89 aa  58.2  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  36.71 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  40.24 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  37.35 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26490  heat shock protein Hsp15  42.35 
 
 		 127 aa  57.4  0.00000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.468539  normal  0.352785 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  39.76 
 
 		 141 aa  57  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  37.35 
 
 		 125 aa  57  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0142  RNA-binding S4 domain protein  37.35 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3883  RNA-binding S4 domain protein  38.55 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0134863  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0122  RNA-binding S4  34.94 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2293  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.57 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0107303  normal  0.537391 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.27 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1162  RNA-binding S4 domain protein  38.27 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  36.47 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2663  RNA-binding S4  34.48 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.173796  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0783  RNA-binding S4 domain protein  39.76 
 
 		 117 aa  55.5  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2708  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.48 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0322974 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2693  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.48 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.375467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1038  RNA-binding S4  39.51 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5459  RNA-binding S4 domain protein  33.73 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507195  normal  0.0728213 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3766  RNA-binding S4 domain protein  38.1 
 
 		 122 aa  54.3  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4432  RNA-binding S4 domain protein  37.8 
 
 		 138 aa  53.9  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  35.44 
 
 		 133 aa  52.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  35.44 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  35.44 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2951  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.73 
 
 		 127 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139909 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.53 
 
 		 135 aa  52.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  35.44 
 
 		 133 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  35.44 
 
 		 133 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  38.37 
 
 		 131 aa  52.8  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1642  RNA-binding S4  36.71 
 
 		 147 aa  52.8  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.605711  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  36.78 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  36.71 
 
 		 135 aa  52.4  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0095  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.8 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.94 
 
 		 149 aa  52.4  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3238  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.53 
 
 		 121 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.103498  normal  0.852323 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  39.51 
 
 		 131 aa  51.6  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  35.44 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  35.44 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  35.44 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  35.44 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  32.1 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>