215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1408 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1408  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 141 aa  290  6e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0859  RNA-binding S4 domain protein  47.24 
 
 		 132 aa  114  5e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617037 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0188  RNA-binding S4 domain protein  41.13 
 
 		 120 aa  88.6  3e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.327144  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3883  RNA-binding S4 domain protein  38.52 
 
 		 293 aa  87.4  5e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0134863  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12510  heat shock protein Hsp15  37.5 
 
 		 135 aa  87.4  6e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.314217  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  40.65 
 
 		 123 aa  86.7  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0783  RNA-binding S4 domain protein  35 
 
 		 117 aa  85.9  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3582  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.67 
 
 		 127 aa  85.9  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  38.89 
 
 		 135 aa  85.9  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_002950  PG0165  heat shock protein 15  35.16 
 
 		 145 aa  85.1  3e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00885  heat shock protein 15  36 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.467007  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3766  RNA-binding S4 domain protein  39.34 
 
 		 122 aa  81.3  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  39.34 
 
 		 122 aa  80.9  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  37.1 
 
 		 134 aa  79.7  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3749  RNA-binding S4 domain protein  34.17 
 
 		 127 aa  79  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2104  RNA-binding S4 domain protein  35 
 
 		 128 aa  78.6  0.00000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0237  heat shock protein 15  36.96 
 
 		 135 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1642  RNA-binding S4  35.29 
 
 		 147 aa  77.8  0.00000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.605711  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  37.1 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  37.1 
 
 		 135 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5459  RNA-binding S4 domain protein  34.17 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507195  normal  0.0728213 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  39.37 
 
 		 132 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.89 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0170  RNA-binding S4  37.98 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.787324 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26490  heat shock protein Hsp15  33.88 
 
 		 127 aa  74.7  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.468539  normal  0.352785 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19320  ribosome-associated heat shock protein implicated in recycling of 50S subunit  36.67 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.1 
 
 		 135 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  39.17 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.1 
 
 		 149 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1306  RNA-binding S4 domain protein  36.36 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.424308  decreased coverage  0.000297946 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  36.29 
 
 		 135 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.29 
 
 		 135 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  37.1 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.19 
 
 		 137 aa  73.2  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.1 
 
 		 157 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  37.21 
 
 		 167 aa  72.4  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  34.92 
 
 		 132 aa  72  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  36 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0879  RNA-binding S4 domain protein  35 
 
 		 128 aa  72  0.000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  35.66 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.29 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  37.21 
 
 		 131 aa  72  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  33.86 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68630  putative heat shock protein  34.11 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  34.78 
 
 		 136 aa  70.5  0.000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  35.77 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6407  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.33 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0756783  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0365  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.29 
 
 		 170 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0250  RNA-binding S4 domain protein  33.59 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0157296 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0265  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.59 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.664213 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  35.71 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  35.25 
 
 		 128 aa  68.2  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4962  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.59 
 
 		 133 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.59 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0051  RNA-binding S4 domain-containing protein  29.66 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2659  RNA-binding S4  35.77 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.793293  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  33.33 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0265  RNA-binding S4  33.85 
 
 		 135 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  34.62 
 
 		 142 aa  67  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  34.15 
 
 		 134 aa  67  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.59 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  33.07 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0019  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.21 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.329407  normal  0.209211 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  35.04 
 
 		 108 aa  66.2  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  35.48 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.59 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  34.92 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0142  RNA-binding S4 domain protein  35.78 
 
 		 124 aa  65.9  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  34.92 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  32.8 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  32.8 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  34.92 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  34.92 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2738  RNA-binding S4 domain protein  34.86 
 
 		 132 aa  65.5  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000217923  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  34.92 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  34.92 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  34.92 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.59 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  33.58 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.58 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  33.58 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.08 
 
 		 133 aa  65.1  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  32.31 
 
 		 141 aa  64.3  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2398  RNA-binding S4 domain protein  35.48 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.136626  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.4 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  37.19 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  32.52 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.38 
 
 		 98 aa  63.9  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.33 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  35.77 
 
 		 137 aa  63.5  0.0000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.416109 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  33.83 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.83 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  37.93 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4615  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.62 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4071  RNA-binding S4 domain protein  32.81 
 
 		 136 aa  63.2  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.83 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.67 
 
 		 129 aa  63.2  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.83 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.83 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  33.83 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>