186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2398 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2398  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 121 aa  236  9e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.136626  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1642  RNA-binding S4  75.42 
 
 		 147 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.605711  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2663  RNA-binding S4  74.77 
 
 		 120 aa  159  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.173796  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2708  RNA-binding S4 domain-containing protein  74.77 
 
 		 120 aa  159  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0322974 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2693  RNA-binding S4 domain-containing protein  74.77 
 
 		 120 aa  159  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.375467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2951  RNA-binding S4 domain-containing protein  75.21 
 
 		 127 aa  157  4e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139909 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3883  RNA-binding S4 domain protein  65.83 
 
 		 293 aa  151  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0134863  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3238  RNA-binding S4 domain-containing protein  75 
 
 		 121 aa  150  7e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.103498  normal  0.852323 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0783  RNA-binding S4 domain protein  65.22 
 
 		 117 aa  141  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5459  RNA-binding S4 domain protein  59.83 
 
 		 127 aa  138  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507195  normal  0.0728213 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4432  RNA-binding S4 domain protein  73.58 
 
 		 138 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3582  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.03 
 
 		 127 aa  131  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6407  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.62 
 
 		 140 aa  130  6e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0756783  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3749  RNA-binding S4 domain protein  54.31 
 
 		 127 aa  128  3e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2738  RNA-binding S4 domain protein  62.26 
 
 		 132 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000217923  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1306  RNA-binding S4 domain protein  60.87 
 
 		 124 aa  123  7e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.424308  decreased coverage  0.000297946 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26490  heat shock protein Hsp15  60.17 
 
 		 127 aa  122  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.468539  normal  0.352785 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12510  heat shock protein Hsp15  52.99 
 
 		 135 aa  118  3e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.314217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3766  RNA-binding S4 domain protein  58.47 
 
 		 122 aa  115  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0879  RNA-binding S4 domain protein  59.65 
 
 		 128 aa  111  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0142  RNA-binding S4 domain protein  54.72 
 
 		 124 aa  110  8.000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  53.91 
 
 		 136 aa  110  9e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19320  ribosome-associated heat shock protein implicated in recycling of 50S subunit  53.39 
 
 		 122 aa  107  4.0000000000000004e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0859  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 		 132 aa  97.1  8e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00617037 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0188  RNA-binding S4 domain protein  49.14 
 
 		 120 aa  90.9  5e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.327144  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2104  RNA-binding S4 domain protein  36.75 
 
 		 128 aa  87  8e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0165  heat shock protein 15  38.21 
 
 		 145 aa  82  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00885  heat shock protein 15  35.9 
 
 		 125 aa  80.1  0.000000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.467007  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  37.4 
 
 		 125 aa  79  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0051  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.17 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  37.01 
 
 		 135 aa  73.6  0.0000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  37.98 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1408  RNA-binding S4 domain protein  35.48 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.22 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  36.22 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  38.52 
 
 		 135 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.52 
 
 		 135 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  38.94 
 
 		 108 aa  71.2  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  39.83 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.52 
 
 		 157 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 		 137 aa  70.9  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  37.7 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.7 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.54 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.92 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  37.5 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  38.84 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.34 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  36.36 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  37.5 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  37.5 
 
 		 132 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2640  RNA-binding S4  36.72 
 
 		 141 aa  67.8  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414836  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  39.82 
 
 		 124 aa  67.8  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  38.79 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.89 
 
 		 135 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  36.8 
 
 		 133 aa  67.4  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  38.79 
 
 		 137 aa  66.6  0.00000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  38.02 
 
 		 134 aa  67  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00599  heat shock protein  33.06 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  39.5 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4615  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.07 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  37.12 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.62 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  34.62 
 
 		 167 aa  64.7  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  38.02 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  35.66 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2329  heat shock protein 15  38.52 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3325  heat shock protein 15  38.52 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0870  RNA-binding S4  33.61 
 
 		 132 aa  62.8  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.774132  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0497  heat shock protein 15  38.52 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.673566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1102  heat shock protein 15  38.52 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.346027  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3281  heat shock protein 15  38.52 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3314  heat shock protein 15  38.52 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2209  heat shock protein 15  38.52 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.19 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  36.8 
 
 		 122 aa  62  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  33.58 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1649  heat shock protein 15  30.33 
 
 		 136 aa  61.6  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  35.83 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2926  heat shock protein 15  32.28 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5939  putative heat shock protein  34.68 
 
 		 131 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.97 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  36.89 
 
 		 135 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  30.4 
 
 		 127 aa  59.7  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  30.33 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0328  RNA-binding S4 domain protein  32.8 
 
 		 137 aa  58.2  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.92 
 
 		 149 aa  58.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  30.89 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  31.45 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3894  RNA-binding S4 domain protein  31.2 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  30.16 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  36.59 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4071  RNA-binding S4 domain protein  30.4 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  31.45 
 
 		 133 aa  57  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  31.45 
 
 		 133 aa  57  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  31.45 
 
 		 133 aa  57  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4705  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  31.45 
 
 		 133 aa  57  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.39239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3778  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  31.45 
 
 		 133 aa  57  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  31.45 
 
 		 133 aa  57  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  31.45 
 
 		 133 aa  57  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>