25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0784 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0784  RNA-binding S4  100 
 
 		 82 aa  163  6.9999999999999995e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000665287  normal  0.0698441 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  54.55 
 
 		 108 aa  81.6  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  53.52 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.93 
 
 		 98 aa  62.8  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  58.93 
 
 		 98 aa  62.8  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  46.84 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  46.84 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.14 
 
 		 100 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.53 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.08 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.63 
 
 		 93 aa  51.2  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  57.78 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  60.98 
 
 		 95 aa  48.9  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.64 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.76 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  48 
 
 		 95 aa  47.8  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.55 
 
 		 131 aa  47.4  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  43.9 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7545  hypothetical protein  52.17 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  47.83 
 
 		 89 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.879286 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  41.33 
 
 		 134 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  51.22 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2293  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0107303  normal  0.537391 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.76 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  32.97 
 
 		 135 aa  40.4  0.009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>