83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2297 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2297  extensin family protein  100 
 
 
280 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.261426 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2814  Extensin family protein  46.56 
 
 
338 aa  269  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.52695  normal  0.0111316 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3080  Extensin family protein  46.6 
 
 
316 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3270  hypothetical protein  54.97 
 
 
319 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2107  extensin family protein  37.01 
 
 
278 aa  162  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.271433 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2121  extensin-like  42.7 
 
 
273 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0445  Extensin family protein  39.39 
 
 
305 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264041  normal  0.366578 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1611  extensin family protein  34.24 
 
 
390 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689957  normal  0.22002 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0412  extensin family protein  39.39 
 
 
305 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.531643 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2474  extensin family protein  38.62 
 
 
361 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.662773  normal  0.0514896 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0017  Extensin family protein  42.93 
 
 
248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638179  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1509  hypothetical protein  33.2 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0482  Extensin family protein  38.02 
 
 
315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1459  hypothetical protein  33.2 
 
 
299 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.970328  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2463  Extensin family protein  30.12 
 
 
438 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2180  Extensin family protein  33.87 
 
 
436 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  0.64676 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0012  extensin family protein  42.22 
 
 
265 aa  125  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1656  extensin family protein  34.25 
 
 
309 aa  125  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.281321  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2456  hypothetical protein  35.09 
 
 
403 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.926406  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1728  extensin family protein  35.53 
 
 
401 aa  123  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.833285 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2935  extensin family protein  38.3 
 
 
327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2120  extensin-like  36.67 
 
 
249 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2099  extensin-like  42.41 
 
 
288 aa  115  6e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4933  Extensin family protein  37.89 
 
 
359 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.895839  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1166  extensin-like protein  40.62 
 
 
343 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.27994 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0961  extensin family protein  42.11 
 
 
287 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0112544  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0760  extensin-like  40 
 
 
375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.800348  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2178  extensin-like  40.4 
 
 
393 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2458  extensin-like protein  41.89 
 
 
372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.480313  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2285  hypothetical protein  43.04 
 
 
285 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.272094  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4063  Extensin family protein  39.86 
 
 
413 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2211  extensin family protein  42.69 
 
 
287 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1268  extensin-like  39.75 
 
 
319 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.272059  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3312  extensin family protein  37.43 
 
 
353 aa  112  9e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.209178  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3408  extensin-like  39.6 
 
 
415 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0393857  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2885  extensin-like  41.22 
 
 
401 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6195  hypothetical protein  41.55 
 
 
391 aa  109  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4292  extensin-like  33.69 
 
 
325 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.780692  normal  0.0200352 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0618  extensin-like protein  38.57 
 
 
293 aa  107  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.568145  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0618  extensin-like protein  34.43 
 
 
233 aa  107  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2397  extensin family protein  31.62 
 
 
362 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1978  extensin-like protein  37.58 
 
 
402 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259223  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0950  extensin family protein  38.04 
 
 
335 aa  106  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00924534  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1300  Extensin family protein  38.17 
 
 
327 aa  105  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0538654  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2944  hypothetical protein  39.49 
 
 
271 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0362453 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3714  Extensin family protein  34.22 
 
 
341 aa  103  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0977597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0878  Extensin family protein  35.86 
 
 
329 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.17078 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0917  extensin family protein  35.86 
 
 
329 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0828  hypothetical protein  37.5 
 
 
323 aa  102  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0871  extensin family protein  30.9 
 
 
238 aa  102  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122985  normal  0.245287 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0822  hypothetical protein  37.5 
 
 
310 aa  101  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0853  Extensin family protein  34.34 
 
 
325 aa  100  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0848  extensin family protein  33.52 
 
 
250 aa  98.2  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846285  normal  0.166605 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2264  extensin family protein  33.18 
 
 
331 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.51352 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1036  hypothetical protein  35.44 
 
 
318 aa  96.7  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.507512  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3988  Extensin family protein  31.28 
 
 
278 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0664  extensin-like protein  37.4 
 
 
244 aa  90.9  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0161658  normal  0.321651 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1329  extensin family protein  32.18 
 
 
244 aa  89.4  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000000197088 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1323  extensin-like, C-terminal  30.94 
 
 
229 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0505628 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1513  hypothetical protein  30.21 
 
 
229 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1075  extensin-like protein  34.35 
 
 
230 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4106  extensin family protein  35.16 
 
 
224 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1529  extensin family protein  32.65 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2770  extensin-like  33.86 
 
 
220 aa  83.2  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39250  hypothetical protein  32.58 
 
 
222 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.926206  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2133  Extensin family protein  29.35 
 
 
231 aa  80.9  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1846  Extensin family protein  29.35 
 
 
231 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1458  hypothetical protein  30.34 
 
 
231 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1511  extensin family protein  32.81 
 
 
229 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.497355  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1661  extensin-like  29.52 
 
 
231 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.694438  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0656  extensin-like protein  31.21 
 
 
235 aa  76.3  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3302  Extensin family protein  32.78 
 
 
250 aa  75.5  0.0000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000699012 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4211  extensin family protein  33.33 
 
 
229 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.535482 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2632  Extensin family protein  39.5 
 
 
221 aa  74.7  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1116  extensin family protein  31.25 
 
 
229 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.822748 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16750  hypothetical protein  28.97 
 
 
231 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3354  extensin family protein  29.75 
 
 
233 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0851  extensin family protein  29.19 
 
 
227 aa  68.6  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.223472 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0435  extensin family protein  29.08 
 
 
227 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.250587  normal  0.722758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0477  extensin family protein  29.08 
 
 
227 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0423  extensin family protein  27.95 
 
 
227 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.933348  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0417  extensin family protein  27.95 
 
 
227 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.599448  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0416  extensin family protein  27.95 
 
 
237 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.039065 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>