83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1978 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3408  extensin-like  84.5 
 
 		 415 aa  686    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0393857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1978  extensin-like protein  100 
 
 		 402 aa  812    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4063  Extensin family protein  78.86 
 
 		 413 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2178  extensin-like  64.32 
 
 		 393 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2885  extensin-like  61.85 
 
 		 401 aa  463  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2458  extensin-like protein  60.89 
 
 		 372 aa  414  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.480313  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6195  hypothetical protein  62.07 
 
 		 391 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1728  extensin family protein  63.01 
 
 		 401 aa  202  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.833285 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0950  extensin family protein  55.56 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00924534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1300  Extensin family protein  54.86 
 
 		 327 aa  162  7e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0538654  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0917  extensin family protein  55.56 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0878  Extensin family protein  55.56 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.17078 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0853  Extensin family protein  54.86 
 
 		 325 aa  157  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2264  extensin family protein  53.47 
 
 		 331 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.51352 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3312  extensin family protein  54.05 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.209178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3714  Extensin family protein  49.66 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0977597 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0618  extensin-like protein  35.82 
 
 		 233 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1656  extensin family protein  39.72 
 
 		 309 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.281321  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1459  hypothetical protein  40.43 
 
 		 299 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.970328  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1509  hypothetical protein  40.43 
 
 		 303 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2474  extensin family protein  43.17 
 
 		 361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.662773  normal  0.0514896 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1611  extensin family protein  36.3 
 
 		 390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689957  normal  0.22002 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0664  extensin-like protein  39.53 
 
 		 244 aa  111  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0161658  normal  0.321651 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2456  hypothetical protein  39.57 
 
 		 403 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.926406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0482  Extensin family protein  37.21 
 
 		 315 aa  109  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2180  Extensin family protein  34.2 
 
 		 436 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  0.64676 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2463  Extensin family protein  35.81 
 
 		 438 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2770  extensin-like  38.46 
 
 		 220 aa  108  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0412  extensin family protein  33.19 
 
 		 305 aa  106  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.531643 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0445  Extensin family protein  36.73 
 
 		 305 aa  106  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264041  normal  0.366578 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2297  extensin family protein  37.58 
 
 		 280 aa  106  9e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.261426 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0618  extensin-like protein  38.85 
 
 		 293 aa  105  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.568145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2935  extensin family protein  38.12 
 
 		 327 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0871  extensin family protein  38.85 
 
 		 238 aa  104  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122985  normal  0.245287 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2099  extensin-like  40.43 
 
 		 288 aa  102  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0017  Extensin family protein  40.29 
 
 		 248 aa  102  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638179  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2107  extensin family protein  38.06 
 
 		 278 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.271433 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1323  extensin-like, C-terminal  34.9 
 
 		 229 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0505628 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4106  extensin family protein  33.77 
 
 		 224 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0760  extensin-like  37.41 
 
 		 375 aa  99.8  7e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.800348  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2944  hypothetical protein  40 
 
 		 271 aa  100  7e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0362453 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39250  hypothetical protein  37.68 
 
 		 222 aa  98.2  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.926206  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1268  extensin-like  38.85 
 
 		 319 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.272059  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1166  extensin-like protein  36.69 
 
 		 343 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4211  extensin family protein  35.38 
 
 		 229 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.535482 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1513  hypothetical protein  36.15 
 
 		 229 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2121  extensin-like  35.62 
 
 		 273 aa  97.8  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1511  extensin family protein  35.38 
 
 		 229 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.497355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0012  extensin family protein  36.69 
 
 		 265 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1116  extensin family protein  35.38 
 
 		 229 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.822748 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4933  Extensin family protein  37.41 
 
 		 359 aa  96.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.895839  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1075  extensin-like protein  33.33 
 
 		 230 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3270  hypothetical protein  37.06 
 
 		 319 aa  95.1  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3080  Extensin family protein  35.71 
 
 		 316 aa  94.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4292  extensin-like  34.53 
 
 		 325 aa  94  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.780692  normal  0.0200352 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2814  Extensin family protein  36.43 
 
 		 338 aa  93.6  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.52695  normal  0.0111316 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0848  extensin family protein  38.52 
 
 		 250 aa  93.2  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846285  normal  0.166605 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0656  extensin-like protein  36.75 
 
 		 235 aa  93.2  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2397  extensin family protein  34.33 
 
 		 362 aa  93.2  8e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1661  extensin-like  35.2 
 
 		 231 aa  93.2  8e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.694438  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3354  extensin family protein  37.82 
 
 		 233 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1529  extensin family protein  36.09 
 
 		 264 aa  91.7  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3988  Extensin family protein  35.82 
 
 		 278 aa  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0828  hypothetical protein  30.32 
 
 		 323 aa  91.3  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2211  extensin family protein  34.46 
 
 		 287 aa  90.5  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1458  hypothetical protein  34.45 
 
 		 231 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0822  hypothetical protein  30.32 
 
 		 310 aa  89.7  8e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1329  extensin family protein  36.89 
 
 		 244 aa  89.7  8e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000197088 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2285  hypothetical protein  33.11 
 
 		 285 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.272094  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16750  hypothetical protein  35.29 
 
 		 231 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0961  extensin family protein  33.11 
 
 		 287 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0112544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2632  Extensin family protein  41.44 
 
 		 221 aa  88.2  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1036  hypothetical protein  29.5 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.507512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0851  extensin family protein  31.82 
 
 		 227 aa  82.4  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.223472 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2120  extensin-like  32.43 
 
 		 249 aa  82.8  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0423  extensin family protein  30.53 
 
 		 227 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.933348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0417  extensin family protein  30.53 
 
 		 227 aa  81.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.599448  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0435  extensin family protein  30.53 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.250587  normal  0.722758 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0416  extensin family protein  30.53 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.039065 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0477  extensin family protein  30.53 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1846  Extensin family protein  30.3 
 
 		 231 aa  79.7  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2133  Extensin family protein  27.48 
 
 		 231 aa  77.8  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3302  Extensin family protein  33.86 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000699012 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>