83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2178 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2178  extensin-like  100 
 
 		 393 aa  798    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3408  extensin-like  63.18 
 
 		 415 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0393857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1978  extensin-like protein  64.32 
 
 		 402 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2885  extensin-like  65.28 
 
 		 401 aa  480  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4063  Extensin family protein  63.15 
 
 		 413 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6195  hypothetical protein  64.08 
 
 		 391 aa  435  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2458  extensin-like protein  61.21 
 
 		 372 aa  426  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.480313  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1728  extensin family protein  63.45 
 
 		 401 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.833285 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0950  extensin family protein  56.25 
 
 		 335 aa  166  8e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00924534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1300  Extensin family protein  54.17 
 
 		 327 aa  163  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0538654  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3714  Extensin family protein  51.7 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0977597 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0917  extensin family protein  57.64 
 
 		 329 aa  157  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0878  Extensin family protein  57.64 
 
 		 329 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.17078 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0853  Extensin family protein  51.79 
 
 		 325 aa  157  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2264  extensin family protein  55.56 
 
 		 331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.51352 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3312  extensin family protein  52.7 
 
 		 353 aa  154  4e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.209178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0618  extensin-like protein  38.83 
 
 		 233 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1611  extensin family protein  38.22 
 
 		 390 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689957  normal  0.22002 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0871  extensin family protein  44.6 
 
 		 238 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122985  normal  0.245287 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2180  Extensin family protein  41.4 
 
 		 436 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  0.64676 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2297  extensin family protein  40.4 
 
 		 280 aa  112  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.261426 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2770  extensin-like  43.8 
 
 		 220 aa  111  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1656  extensin family protein  39.72 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.281321  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1509  hypothetical protein  40.43 
 
 		 303 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1459  hypothetical protein  40.43 
 
 		 299 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.970328  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2463  Extensin family protein  37.66 
 
 		 438 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0482  Extensin family protein  39.74 
 
 		 315 aa  110  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0445  Extensin family protein  38.16 
 
 		 305 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264041  normal  0.366578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2474  extensin family protein  42.45 
 
 		 361 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.662773  normal  0.0514896 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0664  extensin-like protein  40.31 
 
 		 244 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0161658  normal  0.321651 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0412  extensin family protein  37.5 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.531643 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3270  hypothetical protein  38.01 
 
 		 319 aa  107  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1323  extensin-like, C-terminal  41.61 
 
 		 229 aa  106  8e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0505628 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0618  extensin-like protein  39.57 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.568145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2121  extensin-like  39.6 
 
 		 273 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2397  extensin family protein  35.81 
 
 		 362 aa  105  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2456  hypothetical protein  42.86 
 
 		 403 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.926406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2107  extensin family protein  41.04 
 
 		 278 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.271433 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0760  extensin-like  39.57 
 
 		 375 aa  103  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.800348  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1529  extensin family protein  41.35 
 
 		 264 aa  103  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2935  extensin family protein  41.72 
 
 		 327 aa  102  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2099  extensin-like  31.62 
 
 		 288 aa  102  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1166  extensin-like protein  38.85 
 
 		 343 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27994 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2814  Extensin family protein  35.76 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.52695  normal  0.0111316 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3080  Extensin family protein  36.17 
 
 		 316 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39250  hypothetical protein  42.97 
 
 		 222 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.926206  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0828  hypothetical protein  35.82 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1513  hypothetical protein  40 
 
 		 229 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4933  Extensin family protein  37.93 
 
 		 359 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.895839  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0822  hypothetical protein  35.82 
 
 		 310 aa  99.4  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2944  hypothetical protein  39.85 
 
 		 271 aa  99  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0362453 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1268  extensin-like  40.29 
 
 		 319 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.272059  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1075  extensin-like protein  37.58 
 
 		 230 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3354  extensin family protein  40 
 
 		 233 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1329  extensin family protein  39.34 
 
 		 244 aa  97.8  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000197088 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0848  extensin family protein  41.8 
 
 		 250 aa  97.8  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846285  normal  0.166605 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4106  extensin family protein  36.97 
 
 		 224 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0017  Extensin family protein  37.09 
 
 		 248 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638179  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1511  extensin family protein  35.61 
 
 		 229 aa  96.7  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.497355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4292  extensin-like  36.69 
 
 		 325 aa  96.3  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.780692  normal  0.0200352 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0961  extensin family protein  35.34 
 
 		 287 aa  95.9  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0112544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1036  hypothetical protein  35.94 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.507512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2211  extensin family protein  36.84 
 
 		 287 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3988  Extensin family protein  38.89 
 
 		 278 aa  95.1  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2285  hypothetical protein  35.34 
 
 		 285 aa  95.1  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.272094  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1116  extensin family protein  31.37 
 
 		 229 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.822748 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4211  extensin family protein  36.36 
 
 		 229 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.535482 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0656  extensin-like protein  39.5 
 
 		 235 aa  94  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0012  extensin family protein  38.13 
 
 		 265 aa  94  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1458  hypothetical protein  35.29 
 
 		 231 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1661  extensin-like  38.02 
 
 		 231 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.694438  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2133  Extensin family protein  32.06 
 
 		 231 aa  85.5  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1846  Extensin family protein  32.58 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2120  extensin-like  32.89 
 
 		 249 aa  84  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16750  hypothetical protein  35.29 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0435  extensin family protein  30.53 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.250587  normal  0.722758 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0416  extensin family protein  30.53 
 
 		 237 aa  80.1  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.039065 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0417  extensin family protein  30.53 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.599448  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0423  extensin family protein  30.53 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.933348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0477  extensin family protein  30.53 
 
 		 227 aa  79.7  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0851  extensin family protein  30.53 
 
 		 227 aa  78.2  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.223472 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2632  Extensin family protein  36.75 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3302  Extensin family protein  34.33 
 
 		 250 aa  70.9  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000699012 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>