82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4292 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4292  extensin-like  100 
 
 		 325 aa  641    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.780692  normal  0.0200352 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0760  extensin-like  59.94 
 
 		 375 aa  350  1e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.800348  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1166  extensin-like protein  57.19 
 
 		 343 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27994 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4933  Extensin family protein  61.51 
 
 		 359 aa  338  7e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.895839  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1268  extensin-like  66.02 
 
 		 319 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.272059  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2456  hypothetical protein  56.52 
 
 		 403 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.926406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0618  extensin-like protein  61.4 
 
 		 293 aa  277  1e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.568145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2474  extensin family protein  43.59 
 
 		 361 aa  179  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.662773  normal  0.0514896 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3080  Extensin family protein  30.86 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1509  hypothetical protein  34.84 
 
 		 303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1459  hypothetical protein  34.84 
 
 		 299 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.970328  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1728  extensin family protein  34.21 
 
 		 401 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.833285 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2297  extensin family protein  33.33 
 
 		 280 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.354351  normal  0.261426 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1611  extensin family protein  34 
 
 		 390 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689957  normal  0.22002 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1656  extensin family protein  33.33 
 
 		 309 aa  112  7.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.281321  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3270  hypothetical protein  36.9 
 
 		 319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2814  Extensin family protein  32.12 
 
 		 338 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.52695  normal  0.0111316 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1300  Extensin family protein  34.43 
 
 		 327 aa  109  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0538654  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3312  extensin family protein  33.78 
 
 		 353 aa  108  9.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.209178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0950  extensin family protein  37.87 
 
 		 335 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00924534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3714  Extensin family protein  35.29 
 
 		 341 aa  108  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0977597 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2099  extensin-like  38.61 
 
 		 288 aa  106  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1036  hypothetical protein  33.2 
 
 		 318 aa  106  7e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.507512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0482  Extensin family protein  40.88 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2458  extensin-like protein  30.64 
 
 		 372 aa  102  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.480313  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2121  extensin-like  35.41 
 
 		 273 aa  102  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0871  extensin family protein  35.59 
 
 		 238 aa  102  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122985  normal  0.245287 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2885  extensin-like  38.13 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0445  Extensin family protein  38.69 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.264041  normal  0.366578 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2107  extensin family protein  36.43 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.271433 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2264  extensin family protein  38.14 
 
 		 331 aa  100  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.51352 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3408  extensin-like  36.36 
 
 		 415 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0393857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4063  Extensin family protein  38.13 
 
 		 413 aa  99.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6195  hypothetical protein  36.76 
 
 		 391 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0412  extensin family protein  37.96 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.531643 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2285  hypothetical protein  36 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.272094  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0917  extensin family protein  35.05 
 
 		 329 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2178  extensin-like  36.69 
 
 		 393 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.689596 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0878  Extensin family protein  35.05 
 
 		 329 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.17078 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0961  extensin family protein  35.33 
 
 		 287 aa  96.7  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0112544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0853  Extensin family protein  36.31 
 
 		 325 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2944  hypothetical protein  35.95 
 
 		 271 aa  95.9  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0362453 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2211  extensin family protein  33.95 
 
 		 287 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1978  extensin-like protein  34.53 
 
 		 402 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2180  Extensin family protein  33.17 
 
 		 436 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  0.64676 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2935  extensin family protein  37.23 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2463  Extensin family protein  32.16 
 
 		 438 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0017  Extensin family protein  38.99 
 
 		 248 aa  89  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638179  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0012  extensin family protein  40.94 
 
 		 265 aa  89  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0618  extensin-like protein  28.76 
 
 		 233 aa  85.1  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0664  extensin-like protein  35.61 
 
 		 244 aa  76.6  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0161658  normal  0.321651 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3988  Extensin family protein  32.81 
 
 		 278 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.377397  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2770  extensin-like  33.9 
 
 		 220 aa  75.1  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1513  hypothetical protein  27.13 
 
 		 229 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3302  Extensin family protein  30.26 
 
 		 250 aa  72  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000699012 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1529  extensin family protein  29.9 
 
 		 264 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2397  extensin family protein  26.64 
 
 		 362 aa  70.9  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1116  extensin family protein  28.18 
 
 		 229 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.822748 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1329  extensin family protein  31.13 
 
 		 244 aa  69.7  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000197088 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1661  extensin-like  30.82 
 
 		 231 aa  67.8  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.694438  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1323  extensin-like, C-terminal  33.03 
 
 		 229 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0505628 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39250  hypothetical protein  30.22 
 
 		 222 aa  64.7  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.926206  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4106  extensin family protein  33.33 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1846  Extensin family protein  27.4 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4211  extensin family protein  34.58 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.535482 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2120  extensin-like  26.13 
 
 		 249 aa  63.9  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1458  hypothetical protein  34.91 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1511  extensin family protein  34.58 
 
 		 229 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.497355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16750  hypothetical protein  33.96 
 
 		 231 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0848  extensin family protein  27.65 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846285  normal  0.166605 
 
 
-
 
NC_004310  BR0828  hypothetical protein  27.35 
 
 		 323 aa  60.5  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2133  Extensin family protein  26.81 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3354  extensin family protein  28.49 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0417  extensin family protein  27.81 
 
 		 227 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.599448  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0423  extensin family protein  27.81 
 
 		 227 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.933348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1075  extensin-like protein  30.56 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0416  extensin family protein  26.09 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.039065 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0435  extensin family protein  27.27 
 
 		 227 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.250587  normal  0.722758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0477  extensin family protein  27.81 
 
 		 227 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0656  extensin-like protein  30.46 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0822  hypothetical protein  27.5 
 
 		 310 aa  55.5  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0851  extensin family protein  25.62 
 
 		 227 aa  55.8  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.223472 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>