237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1065 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1065  YceI family protein  100 
 
 		 201 aa  398  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0148  YceI  51.18 
 
 		 188 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.229775  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3681  YceI  31.9 
 
 		 201 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.844775  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2323  YceI  29.12 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.977653 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0612  YceI family protein  30.77 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0392069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1933  YceI family protein  30.77 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.962178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5253  YceI family protein  31.71 
 
 		 202 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.717855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0861  YceI family protein  27.71 
 
 		 177 aa  71.2  0.000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.47771  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0955  YceI family protein  29.26 
 
 		 186 aa  71.2  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3638  YceI family protein  32.8 
 
 		 214 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.159017 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2180  YceI family protein  31.28 
 
 		 205 aa  70.9  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4763  YceI family protein  29.41 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4751  YceI family protein  31.11 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1126  hypothetical protein  26.35 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0634937  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2036  YceI family protein  40.23 
 
 		 195 aa  68.6  0.00000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460798 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1092  YceI family protein  25.75 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.346981  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3995  hypothetical protein  29.32 
 
 		 189 aa  67  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0645736  normal  0.347265 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1026  YceI family protein  28.26 
 
 		 225 aa  65.9  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03910  YceI like family  27.5 
 
 		 254 aa  65.5  0.0000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1870  YceI family protein  27.43 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0076574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3203  YceI family protein  27.33 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.422855 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0780  hypothetical protein  23.89 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.263048  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4400  YceI family protein  28.04 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.560218 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4023  YceI family protein  31.41 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.564771 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0621  YceI family protein  28.02 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0461  YceI-like family protein  28.02 
 
 		 213 aa  62.8  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.151619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3449  YceI  33.93 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3001  YceI family protein  33.98 
 
 		 195 aa  62  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000127378  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0473  hypothetical protein  31.06 
 
 		 189 aa  62  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.81293e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0963  YceI family protein  27.84 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00574961 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2933  YceI family protein  25.85 
 
 		 182 aa  61.2  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.258273 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2371  YceI family protein  30.87 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0890  YceI  23.66 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2283  YceI family protein  26.95 
 
 		 189 aa  59.7  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1988  YceI family protein  24.56 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0878  YceI family protein  28.23 
 
 		 182 aa  59.3  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3940  YceI family protein  36.36 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0411323 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0872  YceI family protein  29.41 
 
 		 180 aa  59.3  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467624  normal  0.0780201 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2233  YceI family protein  29.27 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.329585  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3331  YceI family protein  31.28 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.634515  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1848  YceI  26.14 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.735332 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0110  YceI family protein  31.45 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2493  YceI family protein  36.45 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4627  YceI family protein  27.14 
 
 		 175 aa  58.5  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1456  hypothetical protein  35.51 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0359  YceI family protein  24.53 
 
 		 235 aa  58.2  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2406  YceI family protein  35.51 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.213502  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0704  YceI family protein  26.18 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203879  normal  0.494453 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2530  YceI family protein  29.71 
 
 		 189 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1401  YceI family protein  31.48 
 
 		 190 aa  57.8  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2815  YceI family protein  28.93 
 
 		 175 aa  57.8  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2458  YceI family protein  30.33 
 
 		 187 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00319405  normal  0.0447487 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2185  hypothetical protein  30.65 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1047  YceI  29.45 
 
 		 191 aa  57  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.151047 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3066  YceI family protein  34.48 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0262369 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2032  YceI  28.98 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.267829  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4589  YceI  29.13 
 
 		 186 aa  56.2  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000628693  normal  0.988938 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0419  YceI family protein  31.43 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.197629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1264  YceI family protein  30.26 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556234  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3389  YceI family protein  26.24 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.013479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1467  YceI family protein  26.23 
 
 		 175 aa  56.2  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000602513  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1565  YceI family protein  29.08 
 
 		 182 aa  55.5  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3889  YceI family protein  33.63 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0543172  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1917  hypothetical protein  27.4 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000543514  hitchhiker  0.00086053 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3192  YceI family protein  28.46 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3967  YceI family protein  33.63 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0067  YceI family protein  26.56 
 
 		 171 aa  54.7  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1207  YceI family protein  33.62 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00184458  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000194  hypothetical protein  26.86 
 
 		 176 aa  54.7  0.0000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000000352716  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1281  YceI family protein  24.55 
 
 		 184 aa  54.7  0.0000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0382  YceI family protein  25.53 
 
 		 175 aa  54.3  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.350696 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3826  YceI  32.74 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0676  hypothetical protein  26.9 
 
 		 174 aa  54.3  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0885359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0927  YceI family protein  28.21 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.461867  normal  0.0884018 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1086  hypothetical protein  29.41 
 
 		 181 aa  53.9  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2875  hypothetical protein  25.42 
 
 		 191 aa  53.9  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.367031  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1457  YceI family protein  24.2 
 
 		 177 aa  53.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.83368  normal  0.522042 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1869  YceI family protein  30.97 
 
 		 189 aa  53.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.155995  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2790  hypothetical protein  27.23 
 
 		 193 aa  53.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.234701  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1121  hypothetical protein  26.02 
 
 		 177 aa  53.9  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000345646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0089  YceI family protein  27.34 
 
 		 184 aa  52.8  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1268  hypothetical protein  24.56 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2208  YceI  26.28 
 
 		 207 aa  52.8  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.690389  normal  0.024147 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3257  YceI family protein  30.52 
 
 		 178 aa  52.8  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0987348  normal  0.178917 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2216  hypothetical protein  24.56 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.933696  normal  0.515995 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1224  hypothetical protein  24.56 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.984654  normal  0.418516 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03250  YceI-like protein  29.91 
 
 		 192 aa  52.8  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4326  YceI family protein  27.86 
 
 		 187 aa  53.1  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.113695  normal  0.313074 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2032  hypothetical protein  24.56 
 
 		 191 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1831  YceI  24.83 
 
 		 193 aa  52.8  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.033679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1334  YceI  24.02 
 
 		 189 aa  52.4  0.000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000025527  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0903  YceI family protein  26.37 
 
 		 209 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.150803  normal  0.443368 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1609  YceI family protein  24.08 
 
 		 192 aa  52.4  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0366  YceI family protein  25.79 
 
 		 189 aa  52.4  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1092  YceI family protein  26.71 
 
 		 195 aa  52  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00011726  normal  0.0389048 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3656  YceI family protein  20.86 
 
 		 180 aa  52  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0464334  normal  0.0393691 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05924  hypothetical protein  26.9 
 
 		 189 aa  52  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3996  hypothetical protein  29.79 
 
 		 187 aa  51.6  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29888  normal  0.350257 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2208  YceI  27.01 
 
 		 212 aa  51.6  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0100235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1199  YceI family protein  34.68 
 
 		 183 aa  51.2  0.000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.144393  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>