More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2323 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2323  YceI  100 
 
 		 199 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.977653 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4763  YceI family protein  64.76 
 
 		 213 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5253  YceI family protein  62 
 
 		 202 aa  244  6e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.717855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4400  YceI family protein  63.32 
 
 		 206 aa  242  3e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.560218 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1933  YceI family protein  57.29 
 
 		 207 aa  218  6e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.962178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2180  YceI family protein  54.19 
 
 		 205 aa  217  7e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3203  YceI family protein  58.15 
 
 		 205 aa  214  5.9999999999999996e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.422855 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0110  YceI family protein  44.71 
 
 		 210 aa  167  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0612  YceI family protein  43.69 
 
 		 205 aa  166  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0392069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0963  YceI family protein  45.6 
 
 		 213 aa  164  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00574961 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0903  YceI family protein  45.29 
 
 		 209 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.150803  normal  0.443368 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1371  YceI family protein  42.39 
 
 		 212 aa  162  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37826  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0927  YceI family protein  45.05 
 
 		 213 aa  161  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.461867  normal  0.0884018 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3681  YceI  49.71 
 
 		 201 aa  156  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.844775  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0976  YceI  45.81 
 
 		 213 aa  152  2e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1988  YceI family protein  43.79 
 
 		 196 aa  151  5.9999999999999996e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1126  hypothetical protein  41.92 
 
 		 237 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0634937  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1092  YceI family protein  41.32 
 
 		 237 aa  145  4.0000000000000006e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.346981  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4023  YceI family protein  41.38 
 
 		 242 aa  144  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.564771 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5437  YceI family protein  42.46 
 
 		 193 aa  140  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1618  hypothetical protein  45.29 
 
 		 197 aa  139  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03910  YceI like family  43.98 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1613  hypothetical protein  41.54 
 
 		 197 aa  138  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0359  YceI family protein  43.56 
 
 		 235 aa  135  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2265  YceI  43.58 
 
 		 219 aa  135  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0890  YceI  35.33 
 
 		 220 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01689  YceI like family  44.44 
 
 		 206 aa  133  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3019  putative YceI like family protein  34.85 
 
 		 216 aa  131  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7002  YceI family protein  34.65 
 
 		 216 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4161  YceI family protein  37.79 
 
 		 211 aa  122  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2283  YceI family protein  34.69 
 
 		 189 aa  122  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3389  YceI family protein  36.41 
 
 		 193 aa  121  7e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.013479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0834  YceI family protein  37.24 
 
 		 201 aa  121  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.929023  hitchhiker  0.00225936 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1401  YceI family protein  38.12 
 
 		 190 aa  120  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1917  hypothetical protein  38.36 
 
 		 207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000543514  hitchhiker  0.00086053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3326  YceI family protein  31.79 
 
 		 190 aa  119  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000103156 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2208  YceI  36.21 
 
 		 207 aa  119  3e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.690389  normal  0.024147 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0892  YceI family protein  36.32 
 
 		 193 aa  117  7.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0461  YceI-like family protein  38.71 
 
 		 213 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.151619  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0621  YceI family protein  38.71 
 
 		 213 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0008  YceI like family protein  36.57 
 
 		 199 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0007  YceI like family protein  36.57 
 
 		 217 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1513  YceI-like family protein  36.72 
 
 		 185 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.137036  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1154  putative lipoprotein  36.57 
 
 		 217 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0009  YceI like family protein  35.88 
 
 		 216 aa  115  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1434  YceI like family protein  36.57 
 
 		 199 aa  115  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.311091  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0008  putative lipoprotein  36.57 
 
 		 217 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0009  putative lipoprotein  36.57 
 
 		 199 aa  115  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.686573  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3638  YceI family protein  38.62 
 
 		 214 aa  115  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.159017 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1047  YceI  35.62 
 
 		 191 aa  115  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.151047 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4488  YceI family protein  35.57 
 
 		 252 aa  115  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.644863  normal  0.336697 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1268  hypothetical protein  38.8 
 
 		 191 aa  114  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2216  hypothetical protein  38.8 
 
 		 191 aa  114  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.933696  normal  0.515995 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1224  hypothetical protein  38.8 
 
 		 191 aa  114  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.984654  normal  0.418516 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2185  hypothetical protein  35.39 
 
 		 194 aa  114  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3940  YceI family protein  35.09 
 
 		 200 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0411323 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1026  YceI family protein  36.31 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2032  hypothetical protein  38.8 
 
 		 191 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2544  hypothetical protein  37.76 
 
 		 191 aa  112  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.162419  normal  0.478359 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1179  hypothetical protein  37.76 
 
 		 191 aa  112  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.537467  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3307  YceI family protein  35.93 
 
 		 182 aa  112  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.872006  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1253  hypothetical protein  38.25 
 
 		 191 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.845086 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3736  YceI  32.52 
 
 		 218 aa  111  8.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.192641 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01052  hypothetical protein  37.24 
 
 		 191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.772796  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2590  YceI family protein  37.24 
 
 		 191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.549032  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2074  hypothetical protein  37.24 
 
 		 191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.598885  normal  0.498469 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01060  hypothetical protein  37.24 
 
 		 191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880778  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1435  hypothetical protein  37.24 
 
 		 191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383161  normal  0.170982 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2272  hypothetical protein  37.24 
 
 		 191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3639  YceI family protein  34.94 
 
 		 182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.162528 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0366  YceI family protein  35.26 
 
 		 189 aa  109  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0067  YceI family protein  33.12 
 
 		 171 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1178  hypothetical protein  36.73 
 
 		 191 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0861  YceI family protein  34.94 
 
 		 177 aa  109  3e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.47771  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1887  YceI family protein  37.57 
 
 		 192 aa  109  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.810222  hitchhiker  0.000541612 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0992  YceI family protein  34.34 
 
 		 183 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00460227  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2933  YceI family protein  37.65 
 
 		 182 aa  108  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.258273 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0989  YceI family protein  34.94 
 
 		 183 aa  108  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.324604  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1314  hypothetical protein  37.01 
 
 		 198 aa  108  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0185349  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2790  hypothetical protein  33.67 
 
 		 193 aa  107  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.234701  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05510  hypothetical protein  37.06 
 
 		 191 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0457  YceI family protein  38.14 
 
 		 189 aa  107  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0523  hypothetical protein  37.06 
 
 		 191 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0736  YceI family protein  36.7 
 
 		 187 aa  106  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193865  normal  0.716983 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0932  YceI  34.94 
 
 		 183 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.656064  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3826  YceI  35.8 
 
 		 201 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5284  hypothetical protein  36.18 
 
 		 208 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.547725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1405  YceI family protein  34.32 
 
 		 201 aa  105  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247492 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2796  YceI  36.65 
 
 		 189 aa  105  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.552984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1570  hypothetical protein  34.02 
 
 		 192 aa  105  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.599107 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0806  YceI family protein  34.81 
 
 		 187 aa  105  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3043  YceI family protein  35.6 
 
 		 210 aa  105  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0333  YceI family protein  34.02 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192845  normal  0.888817 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1519  YceI family protein  32.99 
 
 		 191 aa  104  7e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0604  YceI family protein  35.39 
 
 		 234 aa  104  7e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4183  YceI family protein  35.2 
 
 		 192 aa  104  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2224  hypothetical protein  34.97 
 
 		 192 aa  104  9e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0021514  hitchhiker  0.00838786 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1821  hypothetical protein  34.97 
 
 		 192 aa  104  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.129752  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1931  hypothetical protein  34.97 
 
 		 192 aa  104  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3001  YceI family protein  33.53 
 
 		 195 aa  104  9e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000127378  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>