More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1047 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1047  YceI  100 
 
 		 191 aa  392  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.151047 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2185  hypothetical protein  77.3 
 
 		 194 aa  293  8e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1401  YceI family protein  77.25 
 
 		 190 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0892  YceI family protein  48.19 
 
 		 193 aa  178  4.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1988  YceI family protein  47.37 
 
 		 196 aa  154  5.0000000000000005e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3681  YceI  40.46 
 
 		 201 aa  144  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.844775  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0359  YceI family protein  43.9 
 
 		 235 aa  142  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03910  YceI like family  43.37 
 
 		 254 aa  142  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1126  hypothetical protein  40.24 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0634937  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1092  YceI family protein  40.24 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.346981  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0612  YceI family protein  43.11 
 
 		 205 aa  128  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0392069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1917  hypothetical protein  33.86 
 
 		 207 aa  125  3e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000543514  hitchhiker  0.00086053 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2208  YceI  34.92 
 
 		 207 aa  124  8.000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.690389  normal  0.024147 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1618  hypothetical protein  36.65 
 
 		 197 aa  123  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01689  YceI like family  37.64 
 
 		 206 aa  123  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1371  YceI family protein  38.04 
 
 		 212 aa  123  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37826  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0110  YceI family protein  35.54 
 
 		 210 aa  122  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.180246 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1613  hypothetical protein  37.06 
 
 		 197 aa  119  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5253  YceI family protein  35.38 
 
 		 202 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.717855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4763  YceI family protein  37.5 
 
 		 213 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0419  YceI family protein  38.86 
 
 		 191 aa  118  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.197629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1519  YceI family protein  36.27 
 
 		 191 aa  117  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2323  YceI  34.54 
 
 		 199 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.977653 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3203  YceI family protein  35.47 
 
 		 205 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.422855 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4400  YceI family protein  35.18 
 
 		 206 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.560218 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1565  YceI family protein  38.29 
 
 		 182 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3638  YceI family protein  34.69 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.159017 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1933  YceI family protein  35.62 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.962178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1031  hypothetical protein  35.87 
 
 		 196 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.608738  normal  0.0254223 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0927  YceI family protein  36.59 
 
 		 213 aa  111  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.461867  normal  0.0884018 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2796  YceI  34.73 
 
 		 189 aa  110  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.552984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2265  YceI  37.87 
 
 		 219 aa  110  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0963  YceI family protein  36.59 
 
 		 213 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00574961 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0903  YceI family protein  37.2 
 
 		 209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.150803  normal  0.443368 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3154  YceI  35.6 
 
 		 192 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0257242  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2359  YceI family protein  37.76 
 
 		 193 aa  109  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2036  YceI family protein  39.57 
 
 		 195 aa  108  6e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460798 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2790  hypothetical protein  34.52 
 
 		 193 aa  107  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.234701  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1570  hypothetical protein  36.79 
 
 		 192 aa  107  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.599107 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0976  YceI  36.53 
 
 		 213 aa  106  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3389  YceI family protein  36.32 
 
 		 193 aa  105  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.013479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0780  hypothetical protein  36.46 
 
 		 196 aa  105  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.263048  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1859  YceI family protein  34.73 
 
 		 192 aa  106  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05510  hypothetical protein  36.93 
 
 		 191 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3499  YceI family protein  36.27 
 
 		 179 aa  105  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0890239  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01052  hypothetical protein  37.31 
 
 		 191 aa  105  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.772796  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2590  YceI family protein  37.31 
 
 		 191 aa  105  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.549032  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2074  hypothetical protein  37.31 
 
 		 191 aa  105  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.598885  normal  0.498469 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01060  hypothetical protein  37.31 
 
 		 191 aa  105  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880778  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2272  hypothetical protein  37.31 
 
 		 191 aa  105  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1435  hypothetical protein  37.31 
 
 		 191 aa  105  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.383161  normal  0.170982 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2180  YceI family protein  34.16 
 
 		 205 aa  105  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4425  YceI family protein  36.52 
 
 		 188 aa  104  8e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1224  hypothetical protein  36.27 
 
 		 191 aa  104  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.984654  normal  0.418516 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2216  hypothetical protein  36.27 
 
 		 191 aa  104  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.933696  normal  0.515995 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1178  hypothetical protein  37.31 
 
 		 191 aa  104  9e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1609  YceI family protein  38.25 
 
 		 192 aa  104  9e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1268  hypothetical protein  36.27 
 
 		 191 aa  104  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3940  YceI family protein  36.21 
 
 		 200 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0411323 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2544  hypothetical protein  36.79 
 
 		 191 aa  103  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.162419  normal  0.478359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0523  hypothetical protein  36.93 
 
 		 191 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1179  hypothetical protein  36.79 
 
 		 191 aa  103  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.537467  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2518  hypothetical protein  36.27 
 
 		 192 aa  104  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2032  hypothetical protein  37.11 
 
 		 191 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0366  YceI family protein  35.42 
 
 		 189 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5284  hypothetical protein  35.96 
 
 		 208 aa  102  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.547725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1887  YceI family protein  35.6 
 
 		 192 aa  102  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.810222  hitchhiker  0.000541612 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1253  hypothetical protein  35.75 
 
 		 191 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.845086 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4326  YceI family protein  35.39 
 
 		 187 aa  101  6e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.113695  normal  0.313074 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4023  YceI family protein  36.26 
 
 		 242 aa  100  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.564771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3326  YceI family protein  32.98 
 
 		 190 aa  100  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000103156 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0687  hypothetical protein  32.61 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1405  YceI family protein  33.33 
 
 		 201 aa  99.8  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247492 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1680  YceI family protein  31.55 
 
 		 200 aa  99.8  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0457  hypothetical protein  35.84 
 
 		 192 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0484  hypothetical protein  36.21 
 
 		 192 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.611751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0604  YceI family protein  32.42 
 
 		 234 aa  98.6  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03250  YceI-like protein  36.26 
 
 		 192 aa  99  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2823  hypothetical protein  34.72 
 
 		 192 aa  98.6  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5030  hypothetical protein  35.63 
 
 		 192 aa  98.2  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727283  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5071  YceI-like family protein  35.26 
 
 		 192 aa  97.8  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0765  YceI family protein  33.15 
 
 		 204 aa  97.1  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1179  hypothetical protein  33.85 
 
 		 191 aa  97.1  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000115477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1281  YceI family protein  37.5 
 
 		 184 aa  96.3  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1178  hypothetical protein  33.85 
 
 		 191 aa  96.7  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000879388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0621  YceI family protein  29.85 
 
 		 213 aa  96.3  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0461  YceI-like family protein  29.85 
 
 		 213 aa  96.3  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.151619  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3043  YceI family protein  30.69 
 
 		 210 aa  95.5  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1249  hypothetical protein  33.85 
 
 		 191 aa  95.5  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00199018  normal  0.506862 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1041  hypothetical protein  34.52 
 
 		 189 aa  95.5  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.570231  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4981  hypothetical protein  34.48 
 
 		 204 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.94461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3967  YceI family protein  35 
 
 		 201 aa  95.1  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3055  hypothetical protein  34.69 
 
 		 191 aa  95.1  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0011163  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4854  hypothetical protein  34.48 
 
 		 192 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.393068  normal  0.0523451 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1323  hypothetical protein  34.69 
 
 		 191 aa  95.1  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00141701  normal  0.012746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1870  YceI family protein  36.16 
 
 		 182 aa  94.7  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0076574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2271  YceI family protein  34.13 
 
 		 180 aa  95.1  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2451  YceI family protein  33.85 
 
 		 205 aa  94.7  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3041  hypothetical protein  34.69 
 
 		 191 aa  94.7  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000749458  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2493  YceI family protein  33.52 
 
 		 201 aa  94.4  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>