More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_13090 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_13090  transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  635    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.393584  normal  0.531505 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08730  transcriptional regulator  32.89 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.188975 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09290  transcriptional regulator  32.28 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.240748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1847  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 315 aa  139  4.999999999999999e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1383  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.87 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1845  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.313803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 299 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.2 
 
 		 290 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  31.34 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  30.05 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.76 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 301 aa  97.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 302 aa  95.9  7e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 308 aa  95.5  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 		 306 aa  95.1  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 		 306 aa  95.1  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3663  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.148857  normal  0.207098 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 303 aa  93.2  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 303 aa  93.2  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 297 aa  92.8  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5500  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 297 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 289 aa  92.4  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.8 
 
 		 302 aa  92.4  8e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 308 aa  91.7  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 317 aa  91.7  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1748  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.8769 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  28.7 
 
 		 297 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  27.18 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.9 
 
 		 296 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2919  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 290 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.226862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.14 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 293 aa  91.7  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  29.95 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6344  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 297 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.552099  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  25 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4333  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 325 aa  91.3  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1735  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 297 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.34 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.34 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.34 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 299 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.34 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.34 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.93 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.93 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.34 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  32.34 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 303 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.34 
 
 		 305 aa  90.9  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 303 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 313 aa  90.5  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.5 
 
 		 300 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  30.57 
 
 		 301 aa  90.1  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 298 aa  90.5  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  29.56 
 
 		 292 aa  89.7  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 304 aa  90.1  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>