More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2113 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2113  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
361 aa  748    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.663781 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0602  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.27 
 
 
379 aa  455  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.159192  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0441  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.27 
 
 
379 aa  455  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3235  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.78 
 
 
352 aa  436  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.26 
 
 
366 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.26 
 
 
366 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2639  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.71 
 
 
356 aa  402  1e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.997652  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0494  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.38 
 
 
355 aa  402  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.774907  normal  0.262414 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0481  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.1 
 
 
355 aa  399  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.66 
 
 
354 aa  399  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.85 
 
 
354 aa  398  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 
397 aa  394  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 
353 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 
400 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 
353 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.15 
 
 
352 aa  391  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 
400 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 
400 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 
353 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 
353 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.43 
 
 
356 aa  391  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.19 
 
 
354 aa  388  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.03 
 
 
355 aa  390  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.42 
 
 
354 aa  385  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.901656 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  52.63 
 
 
354 aa  386  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.91 
 
 
353 aa  385  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.63 
 
 
353 aa  385  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.42 
 
 
353 aa  385  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.850535  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.71 
 
 
360 aa  387  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.63 
 
 
350 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0957  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.1 
 
 
357 aa  387  1e-106  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.71 
 
 
352 aa  387  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.81 
 
 
355 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.81 
 
 
355 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.76 
 
 
353 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4166  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.31 
 
 
361 aa  383  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.167438  normal  0.0625555 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.32 
 
 
353 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.04 
 
 
353 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.71 
 
 
356 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.81 
 
 
355 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.89 
 
 
353 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.81 
 
 
355 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.04 
 
 
353 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.09 
 
 
355 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.47 
 
 
355 aa  384  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.31 
 
 
353 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.44 
 
 
353 aa  380  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.08 
 
 
355 aa  378  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3727  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.51 
 
 
353 aa  378  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1714  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.51 
 
 
353 aa  378  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1275  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.6 
 
 
356 aa  380  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.76 
 
 
353 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.2 
 
 
353 aa  381  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.86 
 
 
342 aa  381  1e-104  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.63 
 
 
355 aa  380  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.07 
 
 
353 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  53.63 
 
 
352 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.2 
 
 
354 aa  376  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.04 
 
 
360 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.35 
 
 
355 aa  376  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.01 
 
 
366 aa  377  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6725  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.65 
 
 
353 aa  376  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.11 
 
 
367 aa  375  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  53.76 
 
 
352 aa  378  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.11 
 
 
360 aa  375  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  51.81 
 
 
355 aa  372  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0553  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.75 
 
 
355 aa  372  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  51.82 
 
 
363 aa  372  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.61 
 
 
351 aa  374  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.81 
 
 
355 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.81 
 
 
355 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  51.82 
 
 
363 aa  372  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.84 
 
 
355 aa  374  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.92 
 
 
360 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.93 
 
 
355 aa  371  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.68 
 
 
360 aa  368  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.66 
 
 
355 aa  368  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.37 
 
 
351 aa  369  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3273  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.82 
 
 
357 aa  369  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.52 
 
 
362 aa  369  1e-101  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4812  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.79 
 
 
355 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.93 
 
 
355 aa  370  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.87 
 
 
354 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.66 
 
 
355 aa  368  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0861  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.01 
 
 
337 aa  368  1e-101  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.18378  hitchhiker  0.0000000578516 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.38 
 
 
355 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.66 
 
 
355 aa  367  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0574  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.58 
 
 
354 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.389781  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.14 
 
 
353 aa  367  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.54 
 
 
360 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.52 
 
 
362 aa  365  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.56 
 
 
363 aa  365  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.42 
 
 
358 aa  365  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0899  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.56 
 
 
355 aa  366  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4439400000000002e-32 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4128  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.73 
 
 
352 aa  367  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0972084  hitchhiker  0.00000000618238 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.72 
 
 
352 aa  366  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3346  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.56 
 
 
355 aa  367  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.85 
 
 
367 aa  365  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  51.38 
 
 
355 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.38 
 
 
355 aa  364  1e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>