More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3053 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E3053  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  100 
 
 
281 aa  577  1e-164  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2958  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  95.37 
 
 
315 aa  548  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.405227  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0128  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.15 
 
 
320 aa  187  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0232098  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3546  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.85 
 
 
531 aa  185  6e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1775  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  35.4 
 
 
318 aa  182  8.000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.26 
 
 
531 aa  179  4.999999999999999e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.94 
 
 
529 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0567  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.69 
 
 
523 aa  178  9e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1436  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.14 
 
 
524 aa  176  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1084  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.26 
 
 
524 aa  176  4e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00214537  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0103  phosphoglycerate dehydrogenase  37.28 
 
 
303 aa  176  5e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2856  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  33.94 
 
 
528 aa  173  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3620  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.68 
 
 
525 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.737909  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0709  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.57 
 
 
530 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.484859  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.69 
 
 
523 aa  171  9e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0835  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.89 
 
 
523 aa  170  2e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0271  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.76 
 
 
524 aa  169  3e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.353808  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2054  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  35.74 
 
 
320 aa  169  3e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15551  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.26 
 
 
528 aa  170  3e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1082  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.29 
 
 
523 aa  169  5e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0263  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.6 
 
 
524 aa  169  6e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.542041  normal  0.03617 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0823  glyoxylate reductase  35.52 
 
 
339 aa  169  7e-41  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0039  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.83 
 
 
525 aa  168  8e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00530837  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0574  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.86 
 
 
526 aa  167  1e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1452  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.84 
 
 
528 aa  168  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.95 
 
 
525 aa  168  1e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.173691  hitchhiker  0.000002432 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0077  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.63 
 
 
528 aa  168  1e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1224  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.54 
 
 
523 aa  167  1e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0599  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.25 
 
 
526 aa  167  2e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0013465  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0900  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.29 
 
 
523 aa  167  2e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8047  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.2 
 
 
529 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0328727  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1543  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.69 
 
 
527 aa  167  2e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00623773  hitchhiker  0.0000362163 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15401  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.84 
 
 
528 aa  166  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0931759  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1887  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  33.22 
 
 
528 aa  166  2.9999999999999998e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2820  Glyoxylate reductase  30.71 
 
 
334 aa  166  4e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000566306  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0112  phosphoglycerate dehydrogenase  38.31 
 
 
303 aa  166  4e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2164  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.51 
 
 
534 aa  166  4e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3637  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.64 
 
 
529 aa  166  5e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_539  phosphoglycerate dehydrogenase  35.86 
 
 
526 aa  166  5e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.366241  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1471  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.63 
 
 
530 aa  166  5e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00147089  normal  0.075058 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.71 
 
 
525 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1558  Phosphoglycerate dehydrogenase  33.71 
 
 
324 aa  164  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1126  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.5 
 
 
531 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.82 
 
 
531 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1093  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.73 
 
 
529 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2378  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.8 
 
 
541 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0367603  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1236  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.5 
 
 
531 aa  163  3e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.276789 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3063  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.8 
 
 
528 aa  163  3e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.737613  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1520  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.03 
 
 
526 aa  163  3e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0002199  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0432  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.11 
 
 
524 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0793  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  33.85 
 
 
529 aa  163  3e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.29 
 
 
526 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1994  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  34.38 
 
 
365 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0261  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.68 
 
 
531 aa  162  5.0000000000000005e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0967  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.29 
 
 
526 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.37 
 
 
526 aa  162  7e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.58 
 
 
528 aa  162  7e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1956  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.58 
 
 
528 aa  162  7e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176743  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1890  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.67 
 
 
528 aa  162  7e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168381 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1198  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  33.6 
 
 
542 aa  161  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0190635  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2822  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  34.57 
 
 
359 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.242974  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3225  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.93 
 
 
531 aa  161  1e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0503  lactate dehydrogenase related enzyme  34.98 
 
 
314 aa  161  1e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.51 
 
 
527 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3486  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.08 
 
 
531 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.158391 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.34 
 
 
652 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1089  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  33.2 
 
 
526 aa  160  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.150639  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0115  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.48 
 
 
531 aa  159  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.385317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0639  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.09 
 
 
535 aa  159  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.295873 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4312  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.2 
 
 
533 aa  159  4e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.29 
 
 
527 aa  159  6e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0174  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.17 
 
 
529 aa  158  9e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.996447  normal  0.371451 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7791  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.77 
 
 
535 aa  158  9e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.443673 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.89 
 
 
529 aa  158  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119542  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0672  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.29 
 
 
535 aa  158  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  0.0431754 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1382  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  33.7 
 
 
308 aa  157  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000550702  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2650  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.08 
 
 
528 aa  158  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3192  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.68 
 
 
531 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6017  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.68 
 
 
532 aa  158  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.214925  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0870  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  34.07 
 
 
317 aa  157  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0719335  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13011  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.31 
 
 
528 aa  157  1e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000841945  normal  0.820914 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1916  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  35.55 
 
 
324 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0616  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.8 
 
 
528 aa  156  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0660  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.89 
 
 
535 aa  156  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.288846 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1233  lactate dehydrogenase related dehydrogenase  35.45 
 
 
312 aa  156  3e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18780  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.86 
 
 
535 aa  156  4e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0156164  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4467  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.68 
 
 
526 aa  156  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0468875  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.76 
 
 
526 aa  155  5.0000000000000005e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.68 
 
 
531 aa  155  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1352  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.27 
 
 
534 aa  155  7e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.27 
 
 
531 aa  155  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1421  Phosphoglycerate dehydrogenase  38.98 
 
 
304 aa  155  8e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1269  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.27 
 
 
529 aa  155  9e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0254425 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08560  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  32.97 
 
 
531 aa  155  9e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.461142  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1760  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.08 
 
 
531 aa  155  9e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.38 
 
 
525 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.436149 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2276  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.8 
 
 
529 aa  154  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000102369 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2694  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.82 
 
 
528 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1202  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.68 
 
 
528 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  32.49 
 
 
526 aa  154  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>