More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0778 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_0778  glycolate reductase  100 
 
 
332 aa  668    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4583  glyoxylate reductase  67.67 
 
 
332 aa  437  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2308  glycolate reductase  64.09 
 
 
339 aa  433  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3790  glycolate reductase  60.94 
 
 
328 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2177  2-hydroxyacid dehydrogenase  60.49 
 
 
334 aa  398  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3943  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  60.92 
 
 
333 aa  399  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3643  glyoxylate reductase  59.44 
 
 
330 aa  394  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000307425 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0734  glyoxylate reductase  58.97 
 
 
334 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.995552  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0480  glycolate reductase  59.5 
 
 
328 aa  393  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.330194  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2089  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  59.82 
 
 
360 aa  393  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4089  Glyoxylate reductase  59.76 
 
 
333 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4126  glyoxylate reductase  59.82 
 
 
333 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23218  normal  0.483261 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5058  glyoxylate reductase  57.01 
 
 
328 aa  386  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2970  glyoxylate reductase  58.57 
 
 
328 aa  385  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4409  Glyoxylate reductase  59.76 
 
 
333 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0915  glycolate reductase  58.57 
 
 
328 aa  383  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0314  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  57.93 
 
 
334 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907206  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3380  glyoxylate reductase  58.23 
 
 
357 aa  378  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254511  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0073  putative glyoxylate reductase  57.85 
 
 
333 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.692518 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2485  Glyoxylate reductase  59.26 
 
 
331 aa  377  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2688  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  56.62 
 
 
332 aa  372  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265599  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0616  glycolate reductase  56.88 
 
 
333 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.164009  normal  0.739165 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0511  glyoxylate reductase  56.44 
 
 
331 aa  373  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.503847  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0491  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  57.14 
 
 
334 aa  372  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.159466 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0454  Glyoxylate reductase  56.84 
 
 
334 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.461257  normal  0.15119 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2232  glyoxylate reductase  57.45 
 
 
334 aa  369  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770624  normal  0.0720055 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0421  glyoxylate reductase  56.84 
 
 
334 aa  370  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.370797 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0354  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  56.31 
 
 
333 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0426  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  56.06 
 
 
333 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0217  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  56.4 
 
 
333 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.660632  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0378  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  56.53 
 
 
334 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1941  glyoxylate reductase  58.9 
 
 
336 aa  362  5.0000000000000005e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  decreased coverage  0.00730231 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0037  2-hydroxyacid dehydrogenase  56.31 
 
 
333 aa  358  6e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.256698 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0045  glycolate reductase  55.08 
 
 
333 aa  356  2.9999999999999997e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2187  glyoxylate reductase  57.63 
 
 
328 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.521168  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0987  glyoxylate reductase  57.63 
 
 
328 aa  352  5e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2313  2-hydroxyacid dehydrogenase  57.63 
 
 
328 aa  352  5e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.48395  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1407  2-hydroxyacid dehydrogenase  48.12 
 
 
323 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1147  glyoxylate reductase  47.63 
 
 
317 aa  298  6e-80  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2390  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  47.5 
 
 
324 aa  298  9e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.129625 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2807  glyoxylate reductase  47.52 
 
 
321 aa  283  4.0000000000000003e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.949498 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3322  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  46.89 
 
 
323 aa  281  9e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1872  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  51.57 
 
 
319 aa  281  9e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0089  Glyoxylate reductase  47.92 
 
 
319 aa  275  9e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1815  glycolate reductase  45.79 
 
 
323 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.802319  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1522  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  44.56 
 
 
320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.417299  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1344  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.9 
 
 
338 aa  261  1e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000916966  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3914  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  45.4 
 
 
327 aa  261  1e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.430325 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0025  lactate dehydrogenase related enzyme  43.49 
 
 
319 aa  261  2e-68  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0619  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding protein  48.43 
 
 
327 aa  256  3e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0592  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  41.59 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.80162  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12970  lactate dehydrogenase-like oxidoreductase  49.52 
 
 
321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01261  glyoxylate reductase  45.43 
 
 
357 aa  252  6e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0731  Glyoxylate reductase  44.3 
 
 
322 aa  252  7e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1325  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  44.68 
 
 
315 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21840  glycerate dehydrogenase  49.08 
 
 
274 aa  250  2e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0628061  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0384  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.15 
 
 
338 aa  250  2e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2897  Glyoxylate reductase  45.09 
 
 
327 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000351696  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3042  Glyoxylate reductase  45.91 
 
 
324 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1700  glyoxylate reductase  44.44 
 
 
329 aa  247  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142261  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5114  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  41.64 
 
 
323 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0811  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  46.1 
 
 
329 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.868894  normal  0.495014 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0892  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  44.03 
 
 
318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0266088  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2820  Glyoxylate reductase  40.88 
 
 
334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000566306  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2388  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.85 
 
 
323 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00285003  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0052  Glyoxylate reductase  44.48 
 
 
316 aa  243  3e-63  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0350  Glyoxylate reductase  44.55 
 
 
319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2082  putative glyoxylate reductase  43.77 
 
 
311 aa  242  5e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3305  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  43.77 
 
 
326 aa  242  5e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106249  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1989  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.41 
 
 
332 aa  242  6e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000514509 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2957  Glyoxylate reductase  41.64 
 
 
320 aa  242  7e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000000853458  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5009  Glyoxylate reductase  47.13 
 
 
345 aa  241  1e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2029  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  43.77 
 
 
331 aa  241  1e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.658247 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0823  glyoxylate reductase  42.32 
 
 
339 aa  241  1e-62  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5902  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic region:D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.38 
 
 
327 aa  240  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0476763  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3011  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  44.2 
 
 
315 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1954  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.86 
 
 
329 aa  240  2e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0249135 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0625  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  43.21 
 
 
322 aa  241  2e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.464742 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2196  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  44.97 
 
 
316 aa  240  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00601884  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1370  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.99 
 
 
326 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2536  Glyoxylate reductase  44.38 
 
 
318 aa  239  2.9999999999999997e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.400778  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2490  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.99 
 
 
326 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.56603  normal  0.0359578 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2643  putative glycerate dehydrogenase  45.45 
 
 
316 aa  239  4e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3366  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase  44.51 
 
 
315 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1774  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.53 
 
 
328 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0412  glyoxylate reductase  40.06 
 
 
322 aa  238  1e-61  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.281575 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4738  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.59 
 
 
335 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.373917 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2870  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  41.4 
 
 
352 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156686  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2809  glyoxylate reductase  41.59 
 
 
348 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00726035  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2926  2-hydroxyacid dehydrogenase  42.28 
 
 
329 aa  235  8e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00357192  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2784  glyoxylate reductase  41.4 
 
 
352 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0203307  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4324  glyoxylate reductase  42.73 
 
 
341 aa  234  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0151043  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3326  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  41.74 
 
 
316 aa  233  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.428897 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1821  glyoxylate reductase  41.4 
 
 
346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.011783  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2498  glyoxylate reductase  41.4 
 
 
346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.175353  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0513  2-hydroxyacid dehydrogenase  42.28 
 
 
329 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3078  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  43.67 
 
 
328 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.431872  normal  0.295585 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2929  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.06 
 
 
329 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.501657  normal  0.548764 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2855  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  44.23 
 
 
345 aa  233  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2281  2-hydroxyacid dehydrogenase  41.25 
 
 
331 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>