More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2187 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2187  glyoxylate reductase  100 
 
 
328 aa  663    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.521168  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2313  2-hydroxyacid dehydrogenase  92.38 
 
 
328 aa  584  1e-166  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.48395  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0987  glyoxylate reductase  92.68 
 
 
328 aa  586  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2970  glyoxylate reductase  82.01 
 
 
328 aa  542  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0480  glycolate reductase  80.49 
 
 
328 aa  537  1e-151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.330194  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0915  glycolate reductase  76.22 
 
 
328 aa  524  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1941  glyoxylate reductase  81.17 
 
 
336 aa  512  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  decreased coverage  0.00730231 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5058  glyoxylate reductase  68.9 
 
 
328 aa  463  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0378  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  68.31 
 
 
334 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2232  glyoxylate reductase  67.38 
 
 
334 aa  435  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770624  normal  0.0720055 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4126  glyoxylate reductase  67.48 
 
 
333 aa  436  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23218  normal  0.483261 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2688  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  66.46 
 
 
332 aa  434  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265599  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0491  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  67.08 
 
 
334 aa  432  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.159466 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0454  Glyoxylate reductase  66.46 
 
 
334 aa  427  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.461257  normal  0.15119 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0073  putative glyoxylate reductase  66.77 
 
 
333 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.692518 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0421  glyoxylate reductase  66.46 
 
 
334 aa  427  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.370797 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0037  2-hydroxyacid dehydrogenase  65.54 
 
 
333 aa  426  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.256698 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0734  glyoxylate reductase  64.2 
 
 
334 aa  425  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.995552  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0045  glycolate reductase  64.26 
 
 
333 aa  425  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3943  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  64.72 
 
 
333 aa  421  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0511  glyoxylate reductase  63.58 
 
 
331 aa  421  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.503847  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2485  Glyoxylate reductase  65.74 
 
 
331 aa  424  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_004310  BR2177  2-hydroxyacid dehydrogenase  63.58 
 
 
334 aa  421  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0616  glycolate reductase  65.23 
 
 
333 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.164009  normal  0.739165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0217  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  65.23 
 
 
333 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.660632  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3380  glyoxylate reductase  63 
 
 
357 aa  419  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254511  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2089  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  63.27 
 
 
360 aa  418  1e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0426  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  64.92 
 
 
333 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0354  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  64 
 
 
333 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3643  glyoxylate reductase  63.03 
 
 
330 aa  416  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000307425 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4089  Glyoxylate reductase  62.23 
 
 
333 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4409  Glyoxylate reductase  62.23 
 
 
333 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3790  glycolate reductase  61.59 
 
 
328 aa  412  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0314  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  60.86 
 
 
334 aa  408  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907206  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0778  glycolate reductase  57.63 
 
 
332 aa  374  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2308  glycolate reductase  53.27 
 
 
339 aa  346  3e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4583  glyoxylate reductase  55.62 
 
 
332 aa  330  2e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1147  glyoxylate reductase  44.65 
 
 
317 aa  272  7e-72  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1407  2-hydroxyacid dehydrogenase  44.79 
 
 
323 aa  266  4e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1522  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.31 
 
 
320 aa  260  2e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.417299  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1344  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.9 
 
 
338 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000916966  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0089  Glyoxylate reductase  43.91 
 
 
319 aa  258  7e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2390  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.31 
 
 
324 aa  255  7e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.129625 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1872  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  44.16 
 
 
319 aa  249  6e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2807  glyoxylate reductase  41.49 
 
 
321 aa  248  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.949498 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1815  glycolate reductase  41.69 
 
 
323 aa  246  4e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.802319  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3914  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.41 
 
 
327 aa  245  9e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.430325 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2388  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.08 
 
 
323 aa  243  3e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00285003  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2897  Glyoxylate reductase  43.85 
 
 
327 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000351696  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21840  glycerate dehydrogenase  45.59 
 
 
274 aa  242  7.999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0628061  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0025  lactate dehydrogenase related enzyme  37.26 
 
 
319 aa  241  2e-62  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2820  Glyoxylate reductase  40.25 
 
 
334 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000566306  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3042  Glyoxylate reductase  44.44 
 
 
324 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5902  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic region:D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  41.25 
 
 
327 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0476763  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0892  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.14 
 
 
318 aa  237  2e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0266088  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3322  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.31 
 
 
323 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0592  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.38 
 
 
326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.80162  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1989  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.62 
 
 
332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000514509 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0731  Glyoxylate reductase  42.72 
 
 
322 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2082  putative glyoxylate reductase  44.04 
 
 
311 aa  233  4.0000000000000004e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2029  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.01 
 
 
331 aa  230  3e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.658247 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0350  Glyoxylate reductase  41.12 
 
 
319 aa  229  6e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2929  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.01 
 
 
329 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.501657  normal  0.548764 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1700  glyoxylate reductase  40.49 
 
 
329 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142261  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0811  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  43.46 
 
 
329 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.868894  normal  0.495014 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0619  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding protein  42.68 
 
 
327 aa  227  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1298  glycerate dehydrogenase  41.67 
 
 
323 aa  225  1e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.952061  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1055  putative 2-ketogluconate reductase  41.07 
 
 
329 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.453288  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0624  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  41.38 
 
 
329 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.627467  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1062  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.38 
 
 
329 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000558591  normal  0.288694 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1103  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  41.38 
 
 
329 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341973  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2809  glyoxylate reductase  40.63 
 
 
348 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00726035  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1954  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.53 
 
 
329 aa  224  2e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0249135 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3876  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  41.67 
 
 
323 aa  223  3e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0823  glyoxylate reductase  40.13 
 
 
339 aa  223  3e-57  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1535  glycerate dehydrogenase  41.35 
 
 
323 aa  223  4e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2926  2-hydroxyacid dehydrogenase  40.44 
 
 
329 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00357192  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2870  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  40.44 
 
 
352 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156686  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0216  glyoxylate reductase  41.61 
 
 
340 aa  223  4e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1468  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  41.35 
 
 
323 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1325  glycerate dehydrogenase  41.67 
 
 
323 aa  222  6e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1078  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.81 
 
 
323 aa  222  6e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1434  glycerate dehydrogenase  41.67 
 
 
323 aa  222  6e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.215188  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5114  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.2 
 
 
323 aa  222  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1506  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  41.67 
 
 
339 aa  222  7e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0180022 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4216  2-hydroxyacid dehydrogenase  41.07 
 
 
329 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.243967  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1574  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  41.16 
 
 
323 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1821  glyoxylate reductase  40.13 
 
 
346 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.011783  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0513  2-hydroxyacid dehydrogenase  40.13 
 
 
329 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4324  glyoxylate reductase  41.52 
 
 
341 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0151043  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2784  glyoxylate reductase  40.13 
 
 
352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0203307  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1337  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.71 
 
 
323 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2498  glyoxylate reductase  40.13 
 
 
346 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.175353  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1299  glycerate dehydrogenase  41.35 
 
 
323 aa  220  3e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5009  Glyoxylate reductase  45.05 
 
 
345 aa  220  3e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1511  putative 2-hydroxyacid dehydrogenase  40.85 
 
 
330 aa  220  3e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.480657  normal  0.0780281 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3326  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.75 
 
 
316 aa  220  3e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.428897 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0052  Glyoxylate reductase  39.69 
 
 
316 aa  219  3.9999999999999997e-56  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3011  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.94 
 
 
315 aa  219  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12970  lactate dehydrogenase-like oxidoreductase  42.45 
 
 
321 aa  218  7.999999999999999e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>