More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3380 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3380  glyoxylate reductase  100 
 
 
357 aa  721    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254511  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4089  Glyoxylate reductase  85.29 
 
 
333 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4409  Glyoxylate reductase  85.29 
 
 
333 aa  590  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0314  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  85.03 
 
 
334 aa  587  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907206  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0734  glyoxylate reductase  78.68 
 
 
334 aa  546  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.995552  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2177  2-hydroxyacid dehydrogenase  78.38 
 
 
334 aa  544  1e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2089  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  77.91 
 
 
360 aa  543  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3943  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  78.85 
 
 
333 aa  534  1e-151  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4126  glyoxylate reductase  74.77 
 
 
333 aa  519  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23218  normal  0.483261 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0511  glyoxylate reductase  72.95 
 
 
331 aa  497  1e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.503847  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0378  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  73.86 
 
 
334 aa  496  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2232  glyoxylate reductase  73.86 
 
 
334 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770624  normal  0.0720055 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0426  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  70.78 
 
 
333 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2485  Glyoxylate reductase  73.78 
 
 
331 aa  488  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0616  glycolate reductase  70.78 
 
 
333 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.164009  normal  0.739165 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0421  glyoxylate reductase  72.34 
 
 
334 aa  483  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.370797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0073  putative glyoxylate reductase  70.09 
 
 
333 aa  481  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.692518 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0037  2-hydroxyacid dehydrogenase  71 
 
 
333 aa  483  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.256698 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0217  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  70.48 
 
 
333 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.660632  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0454  Glyoxylate reductase  72.34 
 
 
334 aa  483  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.461257  normal  0.15119 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0491  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  72.34 
 
 
334 aa  484  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.159466 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2688  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  70.61 
 
 
332 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265599  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0354  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  69.18 
 
 
333 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0045  glycolate reductase  69.18 
 
 
333 aa  475  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3643  glyoxylate reductase  67.78 
 
 
330 aa  461  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000307425 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5058  glyoxylate reductase  67.17 
 
 
328 aa  452  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3790  glycolate reductase  66.77 
 
 
328 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0480  glycolate reductase  62.2 
 
 
328 aa  430  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.330194  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0915  glycolate reductase  60.98 
 
 
328 aa  416  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2970  glyoxylate reductase  62.39 
 
 
328 aa  417  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2187  glyoxylate reductase  63 
 
 
328 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.521168  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1941  glyoxylate reductase  61.09 
 
 
336 aa  393  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  decreased coverage  0.00730231 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2313  2-hydroxyacid dehydrogenase  62.2 
 
 
328 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.48395  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0987  glyoxylate reductase  62.2 
 
 
328 aa  391  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2308  glycolate reductase  57.75 
 
 
339 aa  380  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0778  glycolate reductase  58.23 
 
 
332 aa  378  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4583  glyoxylate reductase  57.32 
 
 
332 aa  350  2e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1407  2-hydroxyacid dehydrogenase  45.23 
 
 
323 aa  281  1e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2807  glyoxylate reductase  46.18 
 
 
321 aa  268  8.999999999999999e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.949498 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1815  glycolate reductase  44.95 
 
 
323 aa  268  1e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.802319  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2390  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.73 
 
 
324 aa  265  5.999999999999999e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.129625 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1147  glyoxylate reductase  43.61 
 
 
317 aa  265  1e-69  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3322  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  44.04 
 
 
323 aa  262  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0089  Glyoxylate reductase  44.83 
 
 
319 aa  259  4e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3914  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.95 
 
 
327 aa  252  6e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.430325 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1872  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  43.48 
 
 
319 aa  252  7e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21840  glycerate dehydrogenase  46.74 
 
 
274 aa  250  3e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0628061  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1344  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.59 
 
 
338 aa  249  5e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000916966  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2820  Glyoxylate reductase  42.86 
 
 
334 aa  248  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000566306  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1522  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.32 
 
 
320 aa  246  4.9999999999999997e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.417299  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0592  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.96 
 
 
326 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.80162  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2897  Glyoxylate reductase  43.83 
 
 
327 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000351696  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0025  lactate dehydrogenase related enzyme  37.93 
 
 
319 aa  238  1e-61  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2082  putative glyoxylate reductase  41.54 
 
 
311 aa  238  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1370  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.62 
 
 
326 aa  236  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0823  glyoxylate reductase  40.87 
 
 
339 aa  236  4e-61  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2490  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.62 
 
 
326 aa  236  4e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.56603  normal  0.0359578 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2388  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.75 
 
 
323 aa  235  7e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00285003  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1954  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  41.16 
 
 
329 aa  235  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0249135 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0892  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  44.55 
 
 
318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0266088  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4738  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.3 
 
 
335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.373917 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3305  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.63 
 
 
326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106249  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1774  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.69 
 
 
328 aa  233  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0619  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding protein  43.34 
 
 
327 aa  233  5e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0052  Glyoxylate reductase  43.6 
 
 
316 aa  231  1e-59  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3073  Glyoxylate reductase  40.43 
 
 
322 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0551614  normal  0.953247 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12970  lactate dehydrogenase-like oxidoreductase  45.09 
 
 
321 aa  231  2e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1989  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  38.97 
 
 
332 aa  230  3e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000514509 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3042  Glyoxylate reductase  44.27 
 
 
324 aa  228  9e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0350  Glyoxylate reductase  41.64 
 
 
319 aa  228  2e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5902  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic region:D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.92 
 
 
327 aa  227  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0476763  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0731  Glyoxylate reductase  39.87 
 
 
322 aa  226  4e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2069  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.9 
 
 
338 aa  226  5.0000000000000005e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  hitchhiker  0.00440451 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3049  Glyoxylate reductase  40.12 
 
 
322 aa  226  6e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2029  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.36 
 
 
331 aa  225  9e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.658247 
 
 
-
 
NC_003296  RS05388  2-hydroxyacid dehydrogenase  42.68 
 
 
331 aa  225  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2536  Glyoxylate reductase  40.87 
 
 
318 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.400778  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1511  putative 2-hydroxyacid dehydrogenase  40.99 
 
 
330 aa  224  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.480657  normal  0.0780281 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2957  Glyoxylate reductase  37.22 
 
 
320 aa  223  4e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000000853458  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4324  glyoxylate reductase  40.9 
 
 
341 aa  222  6e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0151043  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5114  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.56 
 
 
323 aa  222  8e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0384  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.51 
 
 
338 aa  222  8e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3011  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  43.34 
 
 
315 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5009  Glyoxylate reductase  45.28 
 
 
345 aa  220  3e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2809  glyoxylate reductase  41.51 
 
 
348 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00726035  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1622  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  41.12 
 
 
328 aa  218  8.999999999999998e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3366  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase  43.34 
 
 
315 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1325  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  41.8 
 
 
315 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2855  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.55 
 
 
345 aa  218  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0216  glyoxylate reductase  41.37 
 
 
340 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1700  glyoxylate reductase  41.3 
 
 
329 aa  218  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3078  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.68 
 
 
328 aa  217  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.431872  normal  0.295585 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01261  glyoxylate reductase  41.32 
 
 
357 aa  216  4e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3326  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.27 
 
 
316 aa  216  4e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.428897 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2196  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.75 
 
 
316 aa  215  9e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00601884  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0513  2-hydroxyacid dehydrogenase  40.99 
 
 
329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1821  glyoxylate reductase  40.99 
 
 
346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.011783  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2784  glyoxylate reductase  40.99 
 
 
352 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0203307  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2498  glyoxylate reductase  40.99 
 
 
346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.175353  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0625  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.94 
 
 
322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.464742 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>