More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0480 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0480  glycolate reductase  100 
 
 
328 aa  657    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.330194  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2970  glyoxylate reductase  81.4 
 
 
328 aa  546  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0915  glycolate reductase  78.35 
 
 
328 aa  533  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2187  glyoxylate reductase  80.49 
 
 
328 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.521168  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2313  2-hydroxyacid dehydrogenase  78.96 
 
 
328 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.48395  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1941  glyoxylate reductase  78.22 
 
 
336 aa  500  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  decreased coverage  0.00730231 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0987  glyoxylate reductase  78.96 
 
 
328 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5058  glyoxylate reductase  67.99 
 
 
328 aa  471  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3643  glyoxylate reductase  67.8 
 
 
330 aa  455  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000307425 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4126  glyoxylate reductase  66.37 
 
 
333 aa  449  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23218  normal  0.483261 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0491  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  67.08 
 
 
334 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.159466 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3790  glycolate reductase  66.46 
 
 
328 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2688  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  65.66 
 
 
332 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265599  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0073  putative glyoxylate reductase  66.06 
 
 
333 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.692518 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0421  glyoxylate reductase  66.46 
 
 
334 aa  442  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.370797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0378  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  67.38 
 
 
334 aa  443  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0454  Glyoxylate reductase  66.46 
 
 
334 aa  442  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.461257  normal  0.15119 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2232  glyoxylate reductase  66.77 
 
 
334 aa  441  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770624  normal  0.0720055 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0511  glyoxylate reductase  64.35 
 
 
331 aa  440  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.503847  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2485  Glyoxylate reductase  65.86 
 
 
331 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0616  glycolate reductase  64.85 
 
 
333 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.164009  normal  0.739165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0217  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  64.85 
 
 
333 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.660632  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0426  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  64.55 
 
 
333 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3943  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  63.94 
 
 
333 aa  436  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0354  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  64.31 
 
 
333 aa  431  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0734  glyoxylate reductase  63.41 
 
 
334 aa  434  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.995552  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2177  2-hydroxyacid dehydrogenase  62.8 
 
 
334 aa  430  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0037  2-hydroxyacid dehydrogenase  63.64 
 
 
333 aa  429  1e-119  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.256698 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2089  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  62.5 
 
 
360 aa  427  1e-119  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3380  glyoxylate reductase  62.2 
 
 
357 aa  430  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254511  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0045  glycolate reductase  63.36 
 
 
333 aa  427  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4409  Glyoxylate reductase  61.89 
 
 
333 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4089  Glyoxylate reductase  60.98 
 
 
333 aa  418  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0314  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  59.76 
 
 
334 aa  409  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907206  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0778  glycolate reductase  59.5 
 
 
332 aa  393  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2308  glycolate reductase  55.45 
 
 
339 aa  369  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4583  glyoxylate reductase  56.04 
 
 
332 aa  333  3e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1407  2-hydroxyacid dehydrogenase  46.54 
 
 
323 aa  280  3e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1147  glyoxylate reductase  44.97 
 
 
317 aa  279  4e-74  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2390  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  43.75 
 
 
324 aa  272  6e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.129625 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1872  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  47.63 
 
 
319 aa  269  5e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1522  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.81 
 
 
320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.417299  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2807  glyoxylate reductase  45.06 
 
 
321 aa  263  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.949498 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3322  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  44.03 
 
 
323 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1815  glycolate reductase  43.89 
 
 
323 aa  261  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.802319  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0089  Glyoxylate reductase  44.87 
 
 
319 aa  255  7e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21840  glycerate dehydrogenase  47.43 
 
 
274 aa  250  2e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0628061  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0025  lactate dehydrogenase related enzyme  38.54 
 
 
319 aa  250  2e-65  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2820  Glyoxylate reductase  41.36 
 
 
334 aa  248  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000566306  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2388  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.04 
 
 
323 aa  247  2e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00285003  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3914  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.72 
 
 
327 aa  246  4e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.430325 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0619  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding protein  45.59 
 
 
327 aa  245  9.999999999999999e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1344  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.95 
 
 
338 aa  243  3e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000916966  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2897  Glyoxylate reductase  42.9 
 
 
327 aa  241  1e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000351696  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2082  putative glyoxylate reductase  41.58 
 
 
311 aa  240  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3042  Glyoxylate reductase  44.13 
 
 
324 aa  238  9e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1954  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.25 
 
 
329 aa  234  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0249135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3326  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.75 
 
 
316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.428897 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2029  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  43.04 
 
 
331 aa  233  2.0000000000000002e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.658247 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0892  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.88 
 
 
318 aa  233  3e-60  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0266088  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1325  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.19 
 
 
315 aa  231  9e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0592  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.58 
 
 
326 aa  231  1e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.80162  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0731  Glyoxylate reductase  44.44 
 
 
322 aa  231  2e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5009  Glyoxylate reductase  48.24 
 
 
345 aa  230  3e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0823  glyoxylate reductase  40.75 
 
 
339 aa  229  3e-59  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3011  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.94 
 
 
315 aa  229  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0350  Glyoxylate reductase  40.57 
 
 
319 aa  229  4e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2536  Glyoxylate reductase  41.54 
 
 
318 aa  228  8e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.400778  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5902  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic region:D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.25 
 
 
327 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0476763  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3366  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase  40.94 
 
 
315 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12970  lactate dehydrogenase-like oxidoreductase  45.03 
 
 
321 aa  228  1e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0625  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.99 
 
 
322 aa  228  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.464742 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0052  Glyoxylate reductase  39.13 
 
 
316 aa  227  2e-58  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1989  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40 
 
 
332 aa  222  7e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000514509 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1078  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.85 
 
 
323 aa  222  8e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4738  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.3 
 
 
335 aa  220  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.373917 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5114  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.46 
 
 
323 aa  219  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3073  Glyoxylate reductase  40.27 
 
 
322 aa  219  7e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0551614  normal  0.953247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2490  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.19 
 
 
326 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.56603  normal  0.0359578 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1370  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.19 
 
 
326 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3049  Glyoxylate reductase  40.27 
 
 
322 aa  216  5e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4216  2-hydroxyacid dehydrogenase  40.87 
 
 
329 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.243967  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1700  glyoxylate reductase  38.77 
 
 
329 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142261  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2643  putative glycerate dehydrogenase  40.31 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1062  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.56 
 
 
329 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000558591  normal  0.288694 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0624  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.56 
 
 
329 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.627467  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1103  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.56 
 
 
329 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341973  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1511  putative 2-hydroxyacid dehydrogenase  39.26 
 
 
330 aa  212  7e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.480657  normal  0.0780281 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0412  glyoxylate reductase  37.22 
 
 
322 aa  211  1e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.281575 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1806  glyoxylate reductase, NADH-dependent  38.3 
 
 
318 aa  211  1e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.276672  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1337  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.62 
 
 
323 aa  211  1e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2809  glyoxylate reductase  38.94 
 
 
348 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00726035  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05388  2-hydroxyacid dehydrogenase  40.61 
 
 
331 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2196  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.87 
 
 
316 aa  209  4e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00601884  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3305  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.62 
 
 
326 aa  209  4e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106249  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6081  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  45.67 
 
 
320 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.582344 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01500  lactate dehydrogenase-like oxidoreductase  42.28 
 
 
329 aa  209  6e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2926  2-hydroxyacid dehydrogenase  38.46 
 
 
329 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00357192  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2870  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  38.46 
 
 
352 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.156686  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2498  glyoxylate reductase  38.15 
 
 
346 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.175353  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>