More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3190 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3644  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  70.66 
 
 
426 aa  647    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.329699  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3190  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 
426 aa  876    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0650  putative UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  72.71 
 
 
425 aa  664    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.634824 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  76.79 
 
 
425 aa  685    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.416504  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3997  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  72.66 
 
 
426 aa  649    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1654  nucleotide sugar dehydrogenase  87.09 
 
 
426 aa  767    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.974293  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0249  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  71.73 
 
 
428 aa  645    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.066145 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001773  UDP-glucose dehydrogenase  87.56 
 
 
426 aa  781    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.350291  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29910  polysaccharide biosynthesis protein  68.47 
 
 
425 aa  646    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00762868  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4704  nucleotide sugar dehydrogenase  70.82 
 
 
425 aa  630  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.963115  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1550  nucleotide sugar dehydrogenase  68.48 
 
 
424 aa  622  1e-177  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.896349  normal  0.523869 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0232  nucleotide sugar dehydrogenase  68.35 
 
 
427 aa  615  1e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2325  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  68.16 
 
 
424 aa  617  1e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2260  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  65.88 
 
 
425 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0462804  hitchhiker  0.00212267 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5375  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  66.82 
 
 
425 aa  600  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2973  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  67.78 
 
 
423 aa  598  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2637  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  65.41 
 
 
425 aa  596  1e-169  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0821  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  65.48 
 
 
431 aa  597  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2609  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  66.51 
 
 
420 aa  596  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0202798  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1493  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  65.71 
 
 
423 aa  587  1e-167  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887113 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0796  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  64 
 
 
439 aa  586  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2543  nucleotide sugar dehydrogenase  64.44 
 
 
429 aa  580  1e-164  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0214194  normal  0.0468694 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0613  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  62.35 
 
 
425 aa  575  1.0000000000000001e-163  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0611  nucleotide sugar dehydrogenase  63.96 
 
 
429 aa  570  1e-161  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15845  normal  0.0862821 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3606  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  61.72 
 
 
427 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.149588 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3014  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  62.44 
 
 
431 aa  556  1e-157  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1926  nucleotide sugar dehydrogenase  62.32 
 
 
431 aa  548  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.544899  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0461  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  60.49 
 
 
410 aa  545  1e-154  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.231921  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2267  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  62.26 
 
 
419 aa  543  1e-153  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0623  nucleotide sugar dehydrogenase  60.56 
 
 
432 aa  541  1e-153  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.786089  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0949  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  60.14 
 
 
432 aa  538  9.999999999999999e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.8164 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3130  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  60.96 
 
 
433 aa  540  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1221  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  60.24 
 
 
410 aa  534  1e-150  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00366346  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0356  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  61.58 
 
 
429 aa  533  1e-150  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01511  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  57.66 
 
 
430 aa  525  1e-148  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.098059  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4763  nucleotide sugar dehydrogenase  57.87 
 
 
442 aa  526  1e-148  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000048772  normal  0.305749 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4788  nucleotide sugar dehydrogenase  57.62 
 
 
421 aa  521  1e-147  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0406886 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0619  cellulose binding, type IV  59.28 
 
 
427 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13083  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  60.05 
 
 
433 aa  520  1e-146  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.28343  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0666  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  58.39 
 
 
423 aa  519  1e-146  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.306604  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1277  UDP-glucose-6 dehydrogenase, putative  59.32 
 
 
421 aa  510  1e-143  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3259  nucleotide sugar dehydrogenase  59.47 
 
 
426 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3952  nucleotide sugar dehydrogenase  56.09 
 
 
424 aa  502  1e-141  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.273153 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0525  polysaccharide biosynthetic protein  55.85 
 
 
430 aa  503  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.163274  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1397  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  60.36 
 
 
405 aa  500  1e-140  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4734  nucleotide sugar dehydrogenase  55.12 
 
 
428 aa  500  1e-140  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.740891  hitchhiker  0.000167734 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0464  nucleotide sugar dehydrogenase  55.61 
 
 
430 aa  499  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.148453  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1994  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  57.31 
 
 
429 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000749227  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0210  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  59.69 
 
 
440 aa  493  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125805  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1423  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.55 
 
 
421 aa  488  1e-137  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.807918  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1757  nucleotide sugar dehydrogenase  57.59 
 
 
437 aa  489  1e-137  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1942  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  58.62 
 
 
428 aa  488  1e-136  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.377359  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0667  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  59.13 
 
 
426 aa  487  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.569284  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0270  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  59.84 
 
 
424 aa  482  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.404114  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3069  nucleotide sugar dehydrogenase  55.53 
 
 
426 aa  484  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2494  nucleotide sugar dehydrogenase  57.07 
 
 
438 aa  483  1e-135  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0098  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.52 
 
 
426 aa  481  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15381  normal  0.264106 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1805  nucleotide sugar dehydrogenase  57 
 
 
449 aa  479  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2440  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase:6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  54.85 
 
 
426 aa  478  1e-133  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.406564  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1910  nucleotide sugar dehydrogenase  54.94 
 
 
437 aa  476  1e-133  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3187  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  55.61 
 
 
437 aa  475  1e-133  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.878007  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2445  nucleotide sugar dehydrogenase  56.52 
 
 
428 aa  476  1e-133  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2441  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  55.07 
 
 
428 aa  475  1e-133  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1431  nucleotide sugar dehydrogenase  51.91 
 
 
428 aa  474  1e-132  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.869359  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2494  nucleotide sugar dehydrogenase  55.53 
 
 
428 aa  472  1e-132  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1754  nucleotide sugar dehydrogenase  55.53 
 
 
428 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.470389  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3008  nucleotide sugar dehydrogenase  53.48 
 
 
436 aa  464  1e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0638  nucleotide sugar dehydrogenase  53.81 
 
 
436 aa  464  1e-129  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0910  UDP-N-acetyl-D-galactosamine 6-dehydrogenase  52.15 
 
 
429 aa  458  9.999999999999999e-129  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2112  NDP-sugar dehydrogenase  53.7 
 
 
426 aa  455  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.441852  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1105  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  52.15 
 
 
429 aa  458  1e-127  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1553  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.92 
 
 
423 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.782915  normal  0.750924 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5211  nucleotide sugar dehydrogenase  53.75 
 
 
429 aa  451  1e-125  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1202  nucleotide sugar dehydrogenase  53.41 
 
 
423 aa  447  1.0000000000000001e-124  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.358663  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2415  nucleotide sugar dehydrogenase  53.16 
 
 
443 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000438883 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5622  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  50.84 
 
 
427 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0664536  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4077  nucleotide sugar dehydrogenase  51.21 
 
 
444 aa  443  1e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771769  normal  0.484559 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3392  UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronic acid dehydrogenase  51.08 
 
 
432 aa  440  9.999999999999999e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.111608  normal  0.0970629 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1176  nucleotide sugar dehydrogenase  54.37 
 
 
443 aa  434  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.111976  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1312  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  50.24 
 
 
437 aa  433  1e-120  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2214  nucleotide sugar dehydrogenase  48.69 
 
 
439 aa  431  1e-119  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0680742  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1917  nucleotide sugar dehydrogenase  48.92 
 
 
438 aa  429  1e-119  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.247022  hitchhiker  0.00141201 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1201  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.22 
 
 
425 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20693  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2340  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  47.49 
 
 
439 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3150  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  50.47 
 
 
441 aa  399  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0929  nucleotide sugar dehydrogenase  45.08 
 
 
416 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.099852 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3288  nucleotide sugar dehydrogenase  41.79 
 
 
453 aa  356  3.9999999999999996e-97  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.178741  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1141  nucleotide sugar dehydrogenase  40.62 
 
 
461 aa  349  4e-95  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2131  nucleotide sugar dehydrogenase  43.9 
 
 
417 aa  344  2e-93  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0699  UDP-glucose 6-dehydrogenase  42 
 
 
419 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.136765  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2901  nucleotide sugar dehydrogenase  38.04 
 
 
434 aa  300  3e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0023  UDP-glucose 6-dehydrogenase  40.34 
 
 
432 aa  284  2.0000000000000002e-75  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000576582  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1238  nucleotide sugar dehydrogenase  36.64 
 
 
437 aa  275  9e-73  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.836268  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1339  UDP-glucose 6-dehydrogenase  37.53 
 
 
434 aa  271  1e-71  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0636  nucleotide sugar dehydrogenase  35.73 
 
 
439 aa  266  5e-70  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.96458 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4504  nucleotide sugar dehydrogenase  40.62 
 
 
451 aa  263  4e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.377712  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3256  nucleotide sugar dehydrogenase  36.96 
 
 
437 aa  262  8.999999999999999e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0961  nucleotide sugar dehydrogenase  36.32 
 
 
435 aa  259  4e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0705  UDP-glucose 6-dehydrogenase  34.38 
 
 
438 aa  258  1e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000613921  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0335  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.38 
 
 
434 aa  255  9e-67  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>