More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1754 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2494  nucleotide sugar dehydrogenase  97.43 
 
 
428 aa  830    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1754  nucleotide sugar dehydrogenase  100 
 
 
428 aa  875    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.470389  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1942  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  73.6 
 
 
428 aa  629  1e-179  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.377359  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2445  nucleotide sugar dehydrogenase  74.07 
 
 
428 aa  627  1e-179  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2441  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  73.13 
 
 
428 aa  626  1e-178  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1805  nucleotide sugar dehydrogenase  73.6 
 
 
449 aa  627  1e-178  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1994  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  74.12 
 
 
429 aa  624  1e-177  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000749227  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0910  UDP-N-acetyl-D-galactosamine 6-dehydrogenase  61.56 
 
 
429 aa  549  1e-155  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1105  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  61.32 
 
 
429 aa  546  1e-154  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0619  cellulose binding, type IV  61.79 
 
 
427 aa  539  9.999999999999999e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3259  nucleotide sugar dehydrogenase  63.62 
 
 
426 aa  531  1e-150  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0270  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  60.52 
 
 
424 aa  518  1e-146  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.404114  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0667  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  61.23 
 
 
426 aa  513  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.569284  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3069  nucleotide sugar dehydrogenase  62.65 
 
 
426 aa  505  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2440  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase:6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  60.05 
 
 
426 aa  499  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.406564  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0098  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  60.52 
 
 
426 aa  499  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15381  normal  0.264106 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3008  nucleotide sugar dehydrogenase  61.41 
 
 
436 aa  501  1e-140  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1757  nucleotide sugar dehydrogenase  58.22 
 
 
437 aa  500  1e-140  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0210  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  59.43 
 
 
440 aa  496  1e-139  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125805  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3187  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  59.25 
 
 
437 aa  491  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.878007  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1553  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  60.19 
 
 
423 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.782915  normal  0.750924 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5622  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  58.41 
 
 
427 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0664536  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2609  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  58.44 
 
 
420 aa  486  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0202798  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1910  nucleotide sugar dehydrogenase  58.96 
 
 
437 aa  487  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2494  nucleotide sugar dehydrogenase  60.38 
 
 
438 aa  484  1e-135  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2112  NDP-sugar dehydrogenase  60.05 
 
 
426 aa  481  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.441852  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1312  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.97 
 
 
437 aa  480  1e-134  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3190  polysaccharide biosynthesis protein  55.53 
 
 
426 aa  477  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5211  nucleotide sugar dehydrogenase  59.66 
 
 
429 aa  476  1e-133  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001773  UDP-glucose dehydrogenase  54.81 
 
 
426 aa  470  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.350291  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0232  nucleotide sugar dehydrogenase  56.34 
 
 
427 aa  470  1.0000000000000001e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0249  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.39 
 
 
428 aa  469  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.066145 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0650  putative UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.99 
 
 
425 aa  464  9.999999999999999e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.634824 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1926  nucleotide sugar dehydrogenase  54.55 
 
 
431 aa  466  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.544899  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1917  nucleotide sugar dehydrogenase  53.4 
 
 
438 aa  466  9.999999999999999e-131  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.247022  hitchhiker  0.00141201 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0638  nucleotide sugar dehydrogenase  52.45 
 
 
436 aa  466  9.999999999999999e-131  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3014  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  55.04 
 
 
431 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2340  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  52.78 
 
 
439 aa  468  9.999999999999999e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0461  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  54.74 
 
 
410 aa  464  1e-129  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.231921  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1221  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  54.74 
 
 
410 aa  463  1e-129  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00366346  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3997  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.72 
 
 
426 aa  463  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3130  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.91 
 
 
433 aa  464  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2415  nucleotide sugar dehydrogenase  54.69 
 
 
443 aa  462  1e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000438883 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3644  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  55.64 
 
 
426 aa  459  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.329699  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1654  nucleotide sugar dehydrogenase  54.57 
 
 
426 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.974293  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4077  nucleotide sugar dehydrogenase  55.72 
 
 
444 aa  460  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771769  normal  0.484559 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0949  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  53.5 
 
 
432 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.8164 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0666  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  53.27 
 
 
423 aa  454  1e-127  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.306604  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0613  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  55.26 
 
 
425 aa  455  1e-127  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1397  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  56.99 
 
 
405 aa  457  1e-127  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  55.26 
 
 
425 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.416504  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3606  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.28 
 
 
427 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.149588 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4788  nucleotide sugar dehydrogenase  54.15 
 
 
421 aa  449  1e-125  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0406886 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5375  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.69 
 
 
425 aa  451  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0821  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  55.04 
 
 
431 aa  448  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2214  nucleotide sugar dehydrogenase  50.23 
 
 
439 aa  450  1e-125  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0680742  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0611  nucleotide sugar dehydrogenase  54.83 
 
 
429 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15845  normal  0.0862821 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3392  UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronic acid dehydrogenase  52.4 
 
 
432 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.111608  normal  0.0970629 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2325  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  51.54 
 
 
424 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1550  nucleotide sugar dehydrogenase  56.13 
 
 
424 aa  442  1e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.896349  normal  0.523869 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2973  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  52.64 
 
 
423 aa  442  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0623  nucleotide sugar dehydrogenase  52.97 
 
 
432 aa  442  1e-123  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.786089  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29910  polysaccharide biosynthesis protein  54.77 
 
 
425 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00762868  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2543  nucleotide sugar dehydrogenase  53.62 
 
 
429 aa  441  1e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0214194  normal  0.0468694 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0356  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.52 
 
 
429 aa  442  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2267  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  53.59 
 
 
419 aa  440  9.999999999999999e-123  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0796  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  53.48 
 
 
439 aa  439  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1493  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.11 
 
 
423 aa  441  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887113 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4704  nucleotide sugar dehydrogenase  54.39 
 
 
425 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.963115  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2637  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.45 
 
 
425 aa  436  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4763  nucleotide sugar dehydrogenase  50.23 
 
 
442 aa  432  1e-120  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000048772  normal  0.305749 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2260  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  52.08 
 
 
425 aa  432  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0462804  hitchhiker  0.00212267 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01511  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  51.57 
 
 
430 aa  428  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.098059  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1423  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  48.91 
 
 
421 aa  427  1e-118  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.807918  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4734  nucleotide sugar dehydrogenase  50.6 
 
 
428 aa  428  1e-118  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.740891  hitchhiker  0.000167734 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1176  nucleotide sugar dehydrogenase  54.25 
 
 
443 aa  427  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.111976  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3952  nucleotide sugar dehydrogenase  49.76 
 
 
424 aa  423  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.273153 
 
 
-
 
NC_002950  PG1277  UDP-glucose-6 dehydrogenase, putative  50.85 
 
 
421 aa  419  1e-116  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13083  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  50.59 
 
 
433 aa  417  9.999999999999999e-116  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.28343  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0464  nucleotide sugar dehydrogenase  50.6 
 
 
430 aa  412  1e-114  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.148453  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0525  polysaccharide biosynthetic protein  50.84 
 
 
430 aa  413  1e-114  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.163274  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1202  nucleotide sugar dehydrogenase  50.36 
 
 
423 aa  406  1.0000000000000001e-112  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.358663  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1201  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  51.76 
 
 
425 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20693  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3150  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  52.87 
 
 
441 aa  388  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1431  nucleotide sugar dehydrogenase  49.02 
 
 
428 aa  387  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.869359  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1141  nucleotide sugar dehydrogenase  44.26 
 
 
461 aa  379  1e-104  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3288  nucleotide sugar dehydrogenase  43.63 
 
 
453 aa  377  1e-103  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.178741  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0929  nucleotide sugar dehydrogenase  48.33 
 
 
416 aa  374  1e-102  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.099852 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2131  nucleotide sugar dehydrogenase  47.62 
 
 
417 aa  371  1e-101  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0699  UDP-glucose 6-dehydrogenase  46.03 
 
 
419 aa  353  4e-96  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.136765  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2901  nucleotide sugar dehydrogenase  39.85 
 
 
434 aa  318  1e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0636  nucleotide sugar dehydrogenase  40 
 
 
439 aa  257  3e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.96458 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2168  nucleotide sugar dehydrogenase  37.17 
 
 
426 aa  253  3e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0240  nucleotide sugar dehydrogenase  40 
 
 
453 aa  251  2e-65  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.836377  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0575  nucleotide sugar dehydrogenase  34.87 
 
 
432 aa  246  6e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3256  nucleotide sugar dehydrogenase  39.94 
 
 
437 aa  245  9e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1238  nucleotide sugar dehydrogenase  38.81 
 
 
437 aa  242  1e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.836268  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4278  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  36.36 
 
 
441 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0162  nucleotide sugar dehydrogenase  39.38 
 
 
420 aa  233  5e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.454835  normal  0.490943 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0429  UDP-glucose 6-dehydrogenase  38.67 
 
 
423 aa  231  1e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>