More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1926 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1926  nucleotide sugar dehydrogenase  100 
 
 
431 aa  887    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.544899  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0949  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  79.81 
 
 
432 aa  727    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.8164 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3130  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  81.12 
 
 
433 aa  731    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3014  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  80.97 
 
 
431 aa  736    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5375  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  65.63 
 
 
425 aa  559  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3190  polysaccharide biosynthesis protein  62.32 
 
 
426 aa  548  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0232  nucleotide sugar dehydrogenase  63.79 
 
 
427 aa  545  1e-154  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001773  UDP-glucose dehydrogenase  61.11 
 
 
426 aa  542  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.350291  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0821  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  64.39 
 
 
431 aa  543  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0461  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  66.15 
 
 
410 aa  540  9.999999999999999e-153  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.231921  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3997  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  62.84 
 
 
426 aa  539  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0613  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  62.98 
 
 
425 aa  540  9.999999999999999e-153  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  62.41 
 
 
425 aa  540  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.416504  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2609  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  63.66 
 
 
420 aa  536  1e-151  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0202798  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1654  nucleotide sugar dehydrogenase  60.72 
 
 
426 aa  537  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.974293  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2325  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  58.67 
 
 
424 aa  530  1e-149  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1493  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  60.38 
 
 
423 aa  529  1e-149  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887113 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0650  putative UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  59.43 
 
 
425 aa  526  1e-148  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.634824 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1550  nucleotide sugar dehydrogenase  61.28 
 
 
424 aa  526  1e-148  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.896349  normal  0.523869 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0249  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  59.14 
 
 
428 aa  525  1e-148  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.066145 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1221  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  64.62 
 
 
410 aa  523  1e-147  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00366346  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4704  nucleotide sugar dehydrogenase  61.5 
 
 
425 aa  522  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.963115  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29910  polysaccharide biosynthesis protein  60.92 
 
 
425 aa  518  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00762868  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3644  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  58.03 
 
 
426 aa  519  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.329699  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0619  cellulose binding, type IV  58.64 
 
 
427 aa  518  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0210  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  60.32 
 
 
440 aa  516  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.125805  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0270  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  59.43 
 
 
424 aa  514  1e-144  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.404114  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1910  nucleotide sugar dehydrogenase  57.41 
 
 
437 aa  509  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2440  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase:6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  57.51 
 
 
426 aa  509  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.406564  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3259  nucleotide sugar dehydrogenase  60.19 
 
 
426 aa  511  1e-143  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2973  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  61.5 
 
 
423 aa  511  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0796  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  58.65 
 
 
439 aa  509  1e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0623  nucleotide sugar dehydrogenase  59.62 
 
 
432 aa  511  1e-143  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.786089  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4763  nucleotide sugar dehydrogenase  57.88 
 
 
442 aa  505  9.999999999999999e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000048772  normal  0.305749 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1994  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  59.16 
 
 
429 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000749227  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2260  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  58.89 
 
 
425 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0462804  hitchhiker  0.00212267 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4788  nucleotide sugar dehydrogenase  58.84 
 
 
421 aa  505  9.999999999999999e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0406886 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0098  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  59.35 
 
 
426 aa  502  1e-141  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.15381  normal  0.264106 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2543  nucleotide sugar dehydrogenase  58.11 
 
 
429 aa  500  1e-140  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0214194  normal  0.0468694 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2637  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  55.83 
 
 
425 aa  501  1e-140  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2494  nucleotide sugar dehydrogenase  58.92 
 
 
438 aa  499  1e-140  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1942  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  59.3 
 
 
428 aa  496  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.377359  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01511  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  58.25 
 
 
430 aa  497  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.098059  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2267  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  58.51 
 
 
419 aa  494  1e-139  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1757  nucleotide sugar dehydrogenase  54.4 
 
 
437 aa  496  1e-139  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3069  nucleotide sugar dehydrogenase  58.14 
 
 
426 aa  493  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13083  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  59.16 
 
 
433 aa  493  9.999999999999999e-139  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.28343  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2441  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  58.82 
 
 
428 aa  492  9.999999999999999e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3187  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  56.71 
 
 
437 aa  491  1e-137  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.878007  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2445  nucleotide sugar dehydrogenase  59.91 
 
 
428 aa  490  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0666  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  54.76 
 
 
423 aa  488  1e-137  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.306604  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1397  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  60.46 
 
 
405 aa  488  1e-137  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4734  nucleotide sugar dehydrogenase  56.13 
 
 
428 aa  484  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.740891  hitchhiker  0.000167734 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3606  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  57.87 
 
 
427 aa  486  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.149588 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0611  nucleotide sugar dehydrogenase  57.91 
 
 
429 aa  487  1e-136  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15845  normal  0.0862821 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1805  nucleotide sugar dehydrogenase  59.67 
 
 
449 aa  487  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0667  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.44 
 
 
426 aa  483  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.569284  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3952  nucleotide sugar dehydrogenase  55.11 
 
 
424 aa  483  1e-135  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.273153 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3008  nucleotide sugar dehydrogenase  55.81 
 
 
436 aa  476  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0464  nucleotide sugar dehydrogenase  57.14 
 
 
430 aa  473  1e-132  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.148453  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0356  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  56.29 
 
 
429 aa  473  1e-132  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2112  NDP-sugar dehydrogenase  57.18 
 
 
426 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.441852  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0525  polysaccharide biosynthetic protein  57.14 
 
 
430 aa  471  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.163274  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2494  nucleotide sugar dehydrogenase  55.01 
 
 
428 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1105  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  52.67 
 
 
429 aa  465  9.999999999999999e-131  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0910  UDP-N-acetyl-D-galactosamine 6-dehydrogenase  52.67 
 
 
429 aa  466  9.999999999999999e-131  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5211  nucleotide sugar dehydrogenase  57.11 
 
 
429 aa  465  9.999999999999999e-131  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1423  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  52.98 
 
 
421 aa  464  1e-129  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.807918  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5622  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  56.43 
 
 
427 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0664536  normal  0.659782 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1754  nucleotide sugar dehydrogenase  54.55 
 
 
428 aa  458  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.470389  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1431  nucleotide sugar dehydrogenase  53.96 
 
 
428 aa  454  1e-127  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.869359  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1553  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  53.95 
 
 
423 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.782915  normal  0.750924 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1312  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  52.08 
 
 
437 aa  456  1e-127  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1277  UDP-glucose-6 dehydrogenase, putative  54.24 
 
 
421 aa  454  1.0000000000000001e-126  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0638  nucleotide sugar dehydrogenase  50.82 
 
 
436 aa  447  1.0000000000000001e-124  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1176  nucleotide sugar dehydrogenase  55.4 
 
 
443 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.111976  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2415  nucleotide sugar dehydrogenase  51.51 
 
 
443 aa  444  1e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000438883 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3392  UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronic acid dehydrogenase  50 
 
 
432 aa  435  1e-121  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.111608  normal  0.0970629 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1917  nucleotide sugar dehydrogenase  50.58 
 
 
438 aa  434  1e-120  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.247022  hitchhiker  0.00141201 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4077  nucleotide sugar dehydrogenase  50.12 
 
 
444 aa  426  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.771769  normal  0.484559 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2340  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  47.22 
 
 
439 aa  423  1e-117  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1202  nucleotide sugar dehydrogenase  54.45 
 
 
423 aa  417  9.999999999999999e-116  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.358663  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2214  nucleotide sugar dehydrogenase  46.06 
 
 
439 aa  410  1e-113  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0680742  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1201  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  50.84 
 
 
425 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20693  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3150  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  50.72 
 
 
441 aa  381  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0929  nucleotide sugar dehydrogenase  43.69 
 
 
416 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.099852 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2131  nucleotide sugar dehydrogenase  45.39 
 
 
417 aa  352  1e-95  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3288  nucleotide sugar dehydrogenase  42.23 
 
 
453 aa  352  1e-95  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.178741  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0699  UDP-glucose 6-dehydrogenase  44.63 
 
 
419 aa  352  1e-95  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.136765  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1141  nucleotide sugar dehydrogenase  42.59 
 
 
461 aa  341  1e-92  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2901  nucleotide sugar dehydrogenase  39.64 
 
 
434 aa  300  3e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1238  nucleotide sugar dehydrogenase  37 
 
 
437 aa  263  4e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.836268  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4504  nucleotide sugar dehydrogenase  38.5 
 
 
451 aa  250  3e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.377712  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0240  nucleotide sugar dehydrogenase  37.06 
 
 
453 aa  249  5e-65  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.836377  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0961  nucleotide sugar dehydrogenase  34.84 
 
 
435 aa  249  5e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2474  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.59 
 
 
449 aa  249  9e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.323827  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0636  nucleotide sugar dehydrogenase  34.72 
 
 
439 aa  248  1e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.96458 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0023  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.19 
 
 
432 aa  243  3e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000576582  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4589  UDP-glucose 6-dehydrogenase  35.4 
 
 
465 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.338579  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3939  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  34.82 
 
 
505 aa  242  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.809757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>